# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj00476s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1344.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1344, 858 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826679 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0389+/-0.000181; mu= 13.7729+/- 0.010 mean_var=72.4073+/-14.331, 0's: 26 Z-trim: 33 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.150724 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|152012498|gb|AAI50206.1| Thioredoxin domain con ( 825) 5355 1174.4 0 gi|219521271|gb|AAI44470.1| Unknown (protein for M ( 820) 5302 1162.8 0 gi|109083582|ref|XP_001103706.1| PREDICTED: simila ( 825) 5128 1125.0 0 gi|73963807|ref|XP_537446.2| PREDICTED: similar to ( 821) 4745 1041.7 0 gi|148688739|gb|EDL20686.1| RIKEN cDNA 5730420B22, ( 838) 4222 928.0 0 gi|81912006|sp|Q7TN22.1|TXD16_MOUSE RecName: Full= ( 820) 4189 920.8 0 gi|26338115|dbj|BAC32743.1| unnamed protein produc ( 819) 4173 917.3 0 gi|109502273|ref|XP_001072487.1| PREDICTED: hypoth ( 854) 4073 895.6 0 gi|149033498|gb|EDL88296.1| similar to 5730420B22R ( 853) 4057 892.1 0 gi|109501509|ref|XP_341302.3| PREDICTED: hypotheti ( 852) 3977 874.7 0 gi|112418480|gb|AAI21863.1| Hypothetical protein M ( 771) 2396 530.9 7.9e-148 gi|10434025|dbj|BAB14101.1| unnamed protein produc ( 357) 2327 515.6 1.4e-143 gi|12856893|dbj|BAB30819.1| unnamed protein produc ( 354) 1910 424.9 2.8e-116 gi|125841541|ref|XP_685017.2| PREDICTED: similar t ( 747) 1106 250.4 2.1e-63 gi|20071984|gb|AAH27108.1| Txndc16 protein [Mus mu ( 225) 1060 240.0 8.8e-61 gi|210117516|gb|EEA65253.1| hypothetical protein B ( 620) 555 130.5 2.2e-27 gi|210116783|gb|EEA64525.1| hypothetical protein B ( 832) 456 109.1 8.2e-21 gi|115625659|ref|XP_788739.2| PREDICTED: hypotheti (1038) 381 92.8 7.9e-16 gi|115931013|ref|XP_001190577.1| PREDICTED: hypoth (1288) 381 92.9 9.3e-16 gi|198428968|ref|XP_002126329.1| PREDICTED: simila ( 457) 327 80.8 1.4e-12 gi|156206976|gb|EDO29138.1| predicted protein [Nem ( 226) 269 68.0 5.3e-09 gi|221101959|ref|XP_002169077.1| PREDICTED: simila ( 751) 258 66.0 6.9e-08 gi|187026455|emb|CAP34591.1| Hypothetical protein ( 616) 210 55.5 8.3e-05 gi|210115359|gb|EEA63111.1| hypothetical protein B ( 604) 203 53.9 0.00023 gi|210095452|gb|EEA43616.1| hypothetical protein B ( 605) 202 53.7 0.00027 gi|13124789|sp|P34329.2|PDIA4_CAEEL RecName: Full= ( 618) 197 52.7 0.00059 gi|49257115|dbj|BAD24715.1| protein disulfide isom ( 362) 194 51.8 0.00061 gi|190581240|gb|EDV21318.1| hypothetical protein T ( 929) 196 52.6 0.00093 gi|222844476|gb|EEE82023.1| predicted protein [Pop ( 359) 191 51.2 0.00096 gi|47214695|emb|CAG01048.1| unnamed protein produc ( 490) 191 51.3 0.0012 gi|147821099|emb|CAN70962.1| hypothetical protein ( 357) 187 50.3 0.0017 gi|157347072|emb|CAO17454.1| unnamed protein produ ( 357) 187 50.3 0.0017 gi|40742826|gb|EAA62016.1| hypothetical protein AN ( 513) 187 50.4 0.0023 gi|116789846|gb|ABK25411.1| unknown [Picea sitchen ( 359) 185 49.9 0.0024 gi|1848212|emb|CAA72092.1| protein disulfide-isome ( 359) 185 49.9 0.0024 gi|215708806|dbj|BAG94075.1| unnamed protein produ ( 367) 184 49.6 0.0028 gi|189234306|ref|XP_971669.2| PREDICTED: similar t ( 384) 184 49.7 0.0029 gi|68353341|gb|EAN34101.1| protein disulfide isome ( 387) 184 49.7 0.0029 gi|52421800|gb|AAU45393.1| protein disulfide isome ( 337) 183 49.4 0.0031 gi|56467297|gb|EAL45264.1| protein disulfide isome ( 368) 183 49.4 0.0033 gi|118482960|gb|ABK93392.1| unknown [Populus trich ( 318) 182 49.2 0.0034 gi|165903553|gb|EDR29051.1| protein disulfide isom ( 337) 177 48.1 0.0076 gi|94468776|gb|ABF18237.1| thioredoxin/protein dis ( 397) 177 48.1 0.0086 gi|42571269|ref|NP_973708.1| ATPDIL2-1/MEE30/UNE5 ( 266) 174 47.4 0.0099 gi|108882047|gb|EAT46272.1| protein disulfide isom ( 397) 176 47.9 0.0099 >>gi|152012498|gb|AAI50206.1| Thioredoxin domain contain (825 aa) initn: 5355 init1: 5355 opt: 5355 Z-score: 6287.2 bits: 1174.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 5355; 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99.152% identity (99.394% similar) in 825 aa overlap (34-858:1-820) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 QRTAWKCCLRKQNTAVKKQTKSAQIQLQLIMFSGFNVFRVGISFVIMCIFYMPTVNSLPE :::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 MFSGFNVFRVGISFVIMCIFYMPTVNSLPE 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA13 LSPQKYFSTLQPGKASLAYFCQADSPRTSVFLEELNEAVRPLQDYGISVAKVNCVKEEIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 LSPQKYFSTLQPGKASLAYFCQADSPRTSVFLEELNEAVRPLQDYGISVAKVNCVKEEIS 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA13 RYCGKEKDLMKAYLFKGNILLREFPTDTLFDVNAIVAHVLFALLFSEVKYITNLEDLQNI ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: gi|219 RYCGKEKDLMKAYLFKGNILLREFPTDTLFDVNAIVAHVLF-----EVKYITNLEDLQNI 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 240 KIAA13 ENALKGKANIIFSYVRAIGIPEHRAVMEAGFVYGTTYQFVLTTEIALLESIGSEDVEYAH :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 ENALKGKANIIFSYVRAIGIPEHRAVMEAAFVYGTTYQFVLTTEIALLESIGSEDVEYAH 150 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 300 KIAA13 LYFFHCKLVLDLTQQCRRTLMEQPLTTLNIHLFIKTMKAPLLTEVAEDPQQVSTVHLQLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 LYFFHCKLVLDLTQQCRRTLMEQPLTTLNIHLFIKTMKAPLLTEVAEDPQQVSTVHLQLG 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 KIAA13 LPLVFIVSQQATYEADRRTAEWVAWRLLGKAGVLLLLRDSLEVNIPQDANVVFKRAEEGV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 LPLVFIVSQQATYEADRRTAEWVAWRLLGKAGVLLLLRDSLEVNIPQDANVVFKRAEEGV 270 280 290 300 310 320 370 380 390 400 410 420 KIAA13 PVEFLVLHDVDLIISHVENNMHIEEIQEDEDNDMEGPDIDVQDDEVAETVFRDRKRKLPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 PVEFLVLHDVDLIISHVENNMHIEEIQEDEDNDMEGPDIDVQDDEVAETVFRDRKRKLPL 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 480 KIAA13 ELTVELTEETFNATVMASDSIVLFYAGWQAVSMAFLQSYIDVAVKLKGTSTMLLTRINCA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 ELTVELTEETFNATVMASDSIVLFYAGWQAVSMAFLQSYIDVAVKLKGTSTMLLTRINCA 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 KIAA13 DWSDVCTKQNVTEFPIIKMYKKGENPVSYAGMLGTKDLLKFIQLNRISYPVNITSIQEAE :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::: gi|219 DWSDVCTKQNVTEFPIIKMYKKGENPVSYAGMLGTEDLLKFIQLNRISYPVNITSIQEAE 450 460 470 480 490 500 550 560 570 580 590 600 KIAA13 EYLSGELYKDLILYSSVSVLGLFSPTMKTAKEDFSEAGNYLKGYVITGIYSEEDVLLLST :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 EYLSGELYKDLILYSSVSVLGLFSPTMKTAKEDFSEAGNYLKGYVITGIYSEEDVLLLST 510 520 530 540 550 560 610 620 630 640 650 660 KIAA13 KYAASLPALLLARHTEGKIESIPLASTHAQDIVQIITDALLEMFPEITVENLPSYFRLQK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 KYAASLPALLLARHTEGKIESIPLASTHAQDIVQIITDALLEMFPEITVENLPSYFRLQK 570 580 590 600 610 620 670 680 690 700 710 720 KIAA13 PLLILFSDGTVNPQYKKAILTLVKQKYLDSFTPCWLNLKNTPVGRGILRAYFDPLPPLPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 PLLILFSDGTVNPQYKKAILTLVKQKYLDSFTPCWLNLKNTPVGRGILRAYFDPLPPLPL 630 640 650 660 670 680 730 740 750 760 770 780 KIAA13 LVLVNLHSGGQVFAFPSDQAIIEENLVLWLKKLEAGLENHITILPAQEWKPPLPAYDFLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 LVLVNLHSGGQVFAFPSDQAIIEENLVLWLKKLEAGLENHITILPAQEWKPPLPAYDFLS 690 700 710 720 730 740 790 800 810 820 830 840 KIAA13 MIDAATSQRGTRKVPKCMKETDVQENDKEQHEDKSAVRKEPIETLRIKHWNRSNWFKEAE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|219 MIDAATSQRGTRKVPKCMKETDVQENDKEQHEDKSAVRKEPIETLRIKHWNRSNWFKEAE 750 760 770 780 790 800 850 KIAA13 KSFRRDKELGCSKVN ::::::::::::::: gi|219 KSFRRDKELGCSKVN 810 820 >>gi|109083582|ref|XP_001103706.1| PREDICTED: similar to (825 aa) initn: 5128 init1: 5128 opt: 5128 Z-score: 6020.4 bits: 1125.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 5128; 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