# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14788.fasta.huge -Q ../query/KIAA1329.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1329, 907 aa vs ./tmplib.24314 library 1986598 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3136+/-0.00485; mu= 20.1574+/- 0.331 mean_var=85.3505+/-19.453, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.138826 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1059 ( 1297 res) hh12158 (1297) 2753 562.2 1.4e-160 >>KIAA1059 ( 1297 res) hh12158 (1297 aa) initn: 2686 init1: 1553 opt: 2753 Z-score: 2974.6 bits: 562.2 E(): 1.4e-160 Smith-Waterman score: 2753; 45.045% identity (75.225% similar) in 888 aa overlap (1-880:375-1251) 10 20 30 KIAA13 LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKW :.::::.:: ::::. ..::: : :.:..: KIAA10 SDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRW 350 360 370 380 390 400 40 50 60 70 80 90 KIAA13 TLLQERVTKDHVFWSVSGVDADPDLVHVEAQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPI :..::.: .. .:::.:.: . ::::.:.. : .:.:: :..:.: ..::: : KIAA10 QLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSI 410 420 430 440 450 460 100 110 120 130 140 150 KIAA13 DHGSLTVQDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVA : .::.:::.:::...:......:::::::. :. .:::::.::::..::::::.:::.: KIAA10 DISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAA 470 480 490 500 510 520 160 170 180 190 200 210 KIAA13 VQEWYQMDTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLANQKID :::: : :::::: :: ::. ..:......::: ...:.. :: :.::.::::.:.: KIAA10 VQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENIKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVD 530 540 550 560 570 580 220 230 240 250 260 270 KIAA13 GKVMTLITYNKGRDWDYLRPPSMDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVHTKDT .: : ::::::::: :. :..:. :.:..: : : :::::. ..::: :: . .:.: KIAA10 DQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKET 590 600 610 620 630 640 280 290 300 310 320 330 KIAA13 APGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIP ::::....::.: .: ..:.:: :.::::.:.::... .:: ::..::.: : .: KIAA10 APGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLP 650 660 670 680 690 700 340 350 360 370 380 390 KIAA13 LKILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHISFRSDWELVKVDFR .. : : ::: .:. ..:::. .:::: : : : :: .::::::.:.::.:.:::::.. KIAA10 VRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYK 710 720 730 740 750 760 400 410 420 430 440 450 KIAA13 PSFSRQCGEEDYSSWELSNLQGDRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSRVCECR :::.: .:::..:.: : ::. :.::... :.::: . : ::. .....:. : : KIAA10 SIFSRHCTKEDYQTWHLLN-QGEPCVMGERKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCA 770 780 790 800 810 820 460 470 480 490 500 510 KIAA13 DSDFLCDYGFERSPSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDDCALGQTYTSSLGYRKVVSNVCEG . :: ::::.:: :. : ::.:: :: ::.:::.: .: :::..::: : KIAA10 NWDFECDYGYERHGESQ-----CVPAFWYNPASPSKDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTD 830 840 850 860 870 520 530 540 550 560 KIAA13 GVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQV-SIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLTTKYQVDLG :. . . .:: ::::.: . .:. :: . :... :.. .:.::. :. :.:.: KIAA10 GLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVA-EQGHNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFG 880 890 900 910 920 930 570 580 590 600 610 620 KIAA13 DGFKAMYVNLTLTGEPIRHRYESPGIYRVSVRAENTAGHDEAVLFVQVNSPLQALYLEVV ::. . :.:.. . :.: :.: ::..:.. :::. : : ::::..: :.. ..:.: KIAA10 DGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENNLGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRV- 940 950 960 970 980 990 630 640 650 660 670 680 KIAA13 PVIGL-NQEVNLTAVLLPLNPNLTVFYWWIGHSLQPLLSLDNSVTTRFSDTGDVRVTVQA : ... :.:::..::. : . . ...::.:.: .::..::.:.. : : .:::. KIAA10 PFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPLITLDSSISFTFLAEGTDTITVQV 1000 1010 1020 1030 1040 1050 690 700 710 720 730 740 KIAA13 ACGNSVLQDSRVLRVLDQFQVMPLQFSKELDAYNPNTPEWREDVGLVVTRLLSKETSVPQ : ::...::.. . : . :: . :.:: .:: .::. ::::.:.: :. : : : ::::. KIAA10 AAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDIPEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 750 760 770 780 790 800 KIAA13 ELLVTVVKPGLPTLADLYVLLPPPRPTRKRSLSSDKRLAAIQQVL----NAQKISFLLRG . .. .: ::::: :.:..: ::. .: ... : : ..: : . ..: :. KIAA10 DQILIAVFPGLPTSAELFIL--PPKNLTERRKGNEGDLEQIVETLFNALNQNLVQFELKP 1120 1130 1140 1150 1160 1170 810 820 830 840 850 860 KIAA13 GVRVLVALRDTGTGAEQLGGGGGYWAVVVLFVIGLFAAG--AFILYKFKRKRPGRTVYAQ ::.:.: . . : : . ...:. . ..:..... .: .:..:::::: : ..::: KIAA10 GVQVIVYVTQL-TLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGLAVFLIYKFKRKIPWINIYAQ 1180 1190 1200 1210 1220 1230 870 880 890 900 KIAA13 MHNEKEQEMTSPVSHSEDVQGAVQGNHSGVVLSINSREMHSYLVS ....::::: . ::.::. KIAA10 VQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDTRVIGGIATIANSESTKEIPN 1240 1250 1260 1270 1280 1290 907 residues in 1 query sequences 1986598 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:59 2008 done: Thu Dec 18 15:17:59 2008 Total Scan time: 0.630 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]