# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh13826.fasta.huge -Q ../query/KIAA1322.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1322, 702 aa vs ./tmplib.24314 library 1986803 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5251+/-0.00636; mu= 8.3153+/- 0.431 mean_var=159.3165+/-37.788, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.101612 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 2225 338.5 1.4e-93 KIAA0019 ( 838 res) ha00537 ( 838) 328 60.4 7.7e-10 KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 307 57.3 6.1e-09 KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 303 57.0 1.3e-08 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 263 50.9 5.9e-07 KIAA0397 ( 1016 res) fj00010 (1016) 193 40.7 0.0008 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 189 40.3 0.0014 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 179 38.8 0.0038 KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233) 177 38.5 0.0046 >>KIAA0608 ( 775 res) hh00889b (775 aa) initn: 2193 init1: 1314 opt: 2225 Z-score: 1771.8 bits: 338.5 E(): 1.4e-93 Smith-Waterman score: 2225; 70.626% identity (89.417% similar) in 463 aa overlap (242-701:316-774) 220 230 240 250 260 KIAA13 VTLSSIKETRGLHQQDCVHEAEEGSKLKILGPFSNFFARNLLARKQSARLDK--HNDLGW : :..::.:::. :.. .: . :. :: KIAA06 RDHLPPAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFP-KRTKELKSVVHSAPGW 290 300 310 320 330 340 270 280 290 300 310 320 KIAA13 KLFGKAPLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRP :::::.: ::: :: :: ::.::: ..:: ::: :... :::..::::::::::::::: KIAA06 KLFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRP 350 360 370 380 390 400 330 340 350 360 370 380 KIAA13 ANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNE .::::: .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:..:.. : :: KIAA06 SNLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINE 410 420 430 440 450 460 390 400 410 420 430 440 KIAA13 ILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSL ::::::.: .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.::::::.:. 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KIAA00 L-KMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWAL-----------LLEI--PKMKEET 90 100 110 120 130 450 460 470 480 490 500 KIAA13 RSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQ-QGGPYHDMLHSILGA :.: :..... : : :. : ::..::: . .:. . : .. : .:.: KIAA00 RDLY---SKLKHRARGCSPDIRQ-----IDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAA 140 150 160 170 180 510 520 530 540 550 560 KIAA13 YTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKP--CQMAFFRVDHGLMLTYF :. : .::: :::: :.:.:.. .. ::: :. .:.. : . .:: .: . KIAA00 YSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQ 190 200 210 220 230 240 570 580 590 600 610 620 KIAA13 AAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEF : .... : :: :. .... ..: . :.: . :. : ::::.. .::. KIAA00 EHHEKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERV 250 260 270 280 290 300 630 640 650 660 670 680 KIAA13 LFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTR-LPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQV : . :::: . : :... ....:. . : .:. :. :. : .:.. . : :.. 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KIAA11 PGRSKIKFDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKF-LAEQFHLKHQF---------------- 380 390 400 410 460 470 480 490 500 KIAA13 TGGSEVENEDAGFSAADREASLEL--IKLDISRTFPNLCIFQ-QGGPYHDMLHSILGAYT :. . .:. .. .. . . : .:..::::. :. : : . :..:: ::. KIAA11 --PSKQQPKDVPYKELLKQLTSQQHAILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYS 420 430 440 450 460 470 510 520 530 540 550 560 KIAA13 CYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLMLTYFAAFE .::: ::.::.:..:.:... .:: .. :. .: : .. . . KIAA11 LLDQEVGYCQGLSFVAGILLLHMSEEEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLS 480 490 500 510 520 530 570 580 590 600 610 620 KIAA13 VFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRT .... :. :...... :..: :..:......:: .. :..:.. .: : .:.. KIAA11 RLLHDYHRDLYNHLEEHEIGPSLYAAPWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKV 540 550 560 570 580 590 630 640 650 660 670 680 KIAA13 ALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQ ::..: . .. . . .. .. . :: ... .::.. .. .. : : KIAA11 ALSLLGSHKPLILQHE--NLETIVDFIKSTLP------NLGLVQMEKTINQVFEMDIAKQ 600 610 620 630 640 690 700 KIAA13 KDSREMEKGSPSLRH .. :.: KIAA11 LQAYEVEYHVLQEELIDSSPLSDNQRMDKLEKTNSSLRKQNLDLLEQLQVANGRIQSLEA 650 660 670 680 690 700 >>KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348 aa) initn: 267 init1: 242 opt: 303 Z-score: 246.2 bits: 57.0 E(): 1.3e-08 Smith-Waterman score: 380; 21.167% identity (55.333% similar) in 600 aa overlap (99-670:642-1213) 70 80 90 100 110 120 KIAA13 SLQSVDSGIPTLEIGNPEPVPCSAVHVRRKQSDSDLIPERAFQSACALPSCAPPAPSSTE . ...: :. .. . . :. : .: :. 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KIAA10 LQGYKTQ--NKFLNKEILELSALRRNAE-RRERDLMAKYSSLEAKL---CQIESKYLILL 450 460 470 480 490 500 300 310 320 330 340 350 KIAA13 YEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMV : :. :. .: ..: .: . :.. . ...: . .:: .. .. : KIAA10 QEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVES---QEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRT-V 510 520 530 540 550 360 370 380 390 400 KIAA13 VQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEILP--NWETMWCSRKVRDLWWQ . ..: :. : .:. .:.. .. . :.: . : : : :: ....: KIAA10 PEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMM-CSPELKNLIRA 560 570 580 590 600 610 410 420 430 440 450 460 KIAA13 GIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADRE ::: :.:::. :. : ..... . : . .. . 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KIAA10 ALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQ-RVFRDLMSEKLPRLHGHFEQY 720 730 740 750 760 770 590 600 610 620 630 640 KIAA13 NLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRTALGILKL-FEDILTKMD .. . ..:..... :. :. .::: : .: . .:: ::...: :.:: .: KIAA10 KVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQD 780 790 800 810 820 830 650 660 670 680 690 700 KIAA13 FIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQKDSREMEKGSPSLRH . . ..: KIAA10 SMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS 840 850 860 >>KIAA0397 ( 1016 res) fj00010 (1016 aa) initn: 105 init1: 73 opt: 193 Z-score: 160.5 bits: 40.7 E(): 0.0008 Smith-Waterman score: 197; 26.027% identity (59.361% similar) in 219 aa overlap (471-677:803-1016) 450 460 470 480 490 500 KIAA13 RAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLH .:. : :..: : : : . :. 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KIAA03 ARHISSEHFVLFIALALVEAYREIIRDNNMDFTDIIKFFNERAEHHDAQEILRIARDLVH 950 960 970 980 990 1000 670 680 690 700 KIAA13 TIQMQSRNKKWAQVLTALQKDSREMEKGSPSLRH .:: .:: KIAA03 KVQMLIENK 1010 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 144 init1: 96 opt: 189 Z-score: 156.1 bits: 40.3 E(): 0.0014 Smith-Waterman score: 227; 26.050% identity (55.882% similar) in 238 aa overlap (397-632:527-739) 370 380 390 400 410 420 KIAA13 KQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIG- :. ..:.:.: .::: :.::..: : : KIAA08 PEEFNPKLAKEFLKEQAWKIHFAEYGQGICMYRTEKTRELVLKGIPESMRGELWLLLSGA 500 510 520 530 540 550 430 440 450 460 470 480 KIAA13 -NELNITHELFDICLARAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFP :: . :: . ...: ::. . .. : .: :. :. :..: KIAA08 INE-KATHPGY----------YEDL------VEKSMGKYNLATEE-----IERDLHRSLP 560 570 580 590 490 500 510 520 530 540 KIAA13 NLCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLN . ::. :. .: ::. :..:: :.:.....::.: .:: . : . 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KIAA06 LTAYAFRNPTIGYCQAMNIVTSVLLLYGSEEEAFWLLVALCERMLPDYYNTRVVGALVDQ 600 610 620 630 640 650 570 580 590 600 610 620 KIAA13 FAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEE . :: . .. ::.: ... .. .: : .:..::. . .:.. : : : : .: . KIAA06 -GIFEELTRDFLPQLSEKMQDLGVISSISL-SWFLTLFLSVMPFESAVVIVDCFFYEGIK 660 670 680 690 700 630 640 650 660 670 680 KIAA13 FLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQV ....::..: KIAA06 VILQVALAVLDANMEQLLGCSDEGEAMTMLGRYLDNVVNKQSVSPPIPHLRALLSSSDDP 710 720 730 740 750 760 >>KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233 aa) initn: 120 init1: 63 opt: 177 Z-score: 146.8 bits: 38.5 E(): 0.0046 Smith-Waterman score: 177; 24.103% identity (60.000% similar) in 195 aa overlap (471-656:1020-1208) 450 460 470 480 490 500 KIAA13 RAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLH .:. :. :..: : : .. . :. KIAA19 LAVTTSANEVSPVSSSGVTYSPELLDLYTVNLHRIEKDVQRCDRNYWYFTPAN--LEKLR 990 1000 1010 1020 1030 1040 510 520 530 540 550 KIAA13 SILGAYTCYRPDVGYVQGM-SFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHG-L .:. .: . ..:::::: ...: .:.. : : :: :..:... : :: KIAA19 NIMCSYIWQHIEIGYVQGMCDLLAPLLVILDDEALAFSCFTELMKRMNQ----NFPHGGA 1050 1060 1070 1080 1090 1100 560 570 580 590 600 610 KIAA13 MLTYFAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYL-IDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVF- : :.:: .. ... .:: ...:. .:. :.. ... : : . .:... KIAA19 MDTHFANMRSLIQILDSELFELMHQNGDYTHFYFCYRWFLLDFKRELVYDDVFLVWETIW 1110 1120 1130 1140 1150 1160 620 630 640 650 660 670 KIAA13 ---CRDGEEFLFRTALGILKLFEDILTK--MDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQ .. .... ::.......::. . ::: . .:.... : KIAA19 AAKHVSSAHYVLFIALALVEVYRDIILENNMDFTDIIKFFNEMAERHNTKQVLKLARDLV 1170 1180 1190 1200 1210 1220 680 690 700 KIAA13 MQSRNKKWAQVLTALQKDSREMEKGSPSLRH KIAA19 YKVQTLIENK 1230 702 residues in 1 query sequences 1986803 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:44 2008 done: Thu Dec 18 15:17:45 2008 Total Scan time: 0.550 Total Display time: 0.200 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]