# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh04032.fasta.nr -Q ../query/KIAA1304.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1304, 1051 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7818877 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9873+/-0.000197; mu= 10.7189+/- 0.011 mean_var=109.2077+/-20.787, 0's: 36 Z-trim: 72 B-trim: 6 in 1/64 Lambda= 0.122729 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|114643997|ref|XP_001164248.1| PREDICTED: SLIT-R (1062) 6900 1233.4 0 gi|114643999|ref|XP_001164049.1| PREDICTED: SLIT-R (1061) 6831 1221.1 0 gi|109097610|ref|XP_001116821.1| PREDICTED: simila (1059) 6806 1216.7 0 gi|119617528|gb|EAW97122.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1022) 6794 1214.6 0 gi|122066214|sp|Q91Z69.2|SRGP1_MOUSE RecName: Full (1062) 6775 1211.2 0 gi|34604126|gb|AAQ79776.1| Rho GTPase activating p (1064) 6689 1196.0 0 gi|148692479|gb|EDL24426.1| mCG114195 [Mus musculu (1022) 6660 1190.8 0 gi|149029195|gb|EDL84471.1| similar to SLIT-ROBO R (1022) 6644 1188.0 0 gi|76665096|ref|XP_590495.2| PREDICTED: similar to (1075) 4711 845.8 0 gi|24369934|gb|AAN57784.1|AF464189_1 WAVE-associat (1075) 4701 844.0 0 gi|149728319|ref|XP_001495819.1| PREDICTED: SLIT-R (1075) 4700 843.8 0 gi|219520432|gb|AAI44344.1| SRGAP2 protein [Homo s (1070) 4697 843.3 0 gi|213626327|gb|AAI71580.1| Unknown (protein for M (1071) 4657 836.2 0 gi|109035849|ref|XP_001097317.1| PREDICTED: simila (1075) 4639 833.0 0 gi|16797663|gb|AAL27030.1| GAP1 [Mus musculus] ( 714) 4583 823.0 0 gi|119584354|gb|EAW63950.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 955) 4197 754.7 5e-215 gi|119908010|ref|XP_598073.3| PREDICTED: similar t (1071) 4128 742.5 2.6e-211 gi|124375936|gb|AAI32873.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1071) 4122 741.5 5.4e-211 gi|48427907|sp|O75044.2|FNBP2_HUMAN RecName: Full= (1071) 4119 741.0 7.9e-211 gi|194210238|ref|XP_001491388.2| PREDICTED: SLIT-R (1103) 4108 739.0 3.1e-210 gi|119584355|gb|EAW63951.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 935) 4105 738.4 4e-210 gi|74005918|ref|XP_848803.1| PREDICTED: similar to (1071) 4102 737.9 6.3e-210 gi|109018622|ref|XP_001089021.1| PREDICTED: SLIT-R (1071) 4092 736.2 2.2e-209 gi|122065186|sp|Q91Z67.2|FNBP2_MOUSE RecName: Full (1071) 4088 735.5 3.5e-209 gi|114572189|ref|XP_001163866.1| PREDICTED: SLIT-R (1040) 4074 733.0 1.9e-208 gi|74005924|ref|XP_857241.1| PREDICTED: similar to (1083) 4035 726.1 2.4e-206 gi|55962271|emb|CAI11583.1| novel protein similar (1035) 4030 725.2 4.2e-206 gi|74005916|ref|XP_536107.2| PREDICTED: similar to ( 836) 3986 717.3 8e-204 gi|148707762|gb|EDL39709.1| mCG131000, isoform CRA (1042) 3980 716.3 2e-203 gi|221041046|dbj|BAH12200.1| unnamed protein produ ( 789) 3956 712.0 3.1e-202 gi|74005904|ref|XP_856820.1| PREDICTED: similar to ( 789) 3934 708.1 4.6e-201 gi|119617529|gb|EAW97123.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 610) 3888 699.8 1.1e-198 gi|109097608|ref|XP_001116844.1| PREDICTED: simila (1083) 3888 700.1 1.6e-198 gi|48428624|sp|Q7Z6B7.1|SRGP1_HUMAN RecName: Full= (1085) 3888 700.1 1.6e-198 gi|114643995|ref|XP_509190.2| PREDICTED: SLIT-ROBO (1085) 3879 698.5 4.9e-198 gi|74005908|ref|XP_856904.1| PREDICTED: similar to (1079) 3877 698.1 6.3e-198 gi|74005922|ref|XP_857192.1| PREDICTED: similar to (1081) 3872 697.2 1.2e-197 gi|118102419|ref|XP_417972.2| PREDICTED: similar t (1073) 3860 695.1 5e-197 gi|73968703|ref|XP_538265.2| PREDICTED: similar to (1104) 3853 693.9 1.2e-196 gi|74005910|ref|XP_856941.1| PREDICTED: similar to (1084) 3849 693.2 2e-196 gi|149715245|ref|XP_001491726.1| PREDICTED: SLIT-R (1085) 3835 690.7 1.1e-195 gi|114572193|ref|XP_001163788.1| PREDICTED: SLIT-R ( 918) 3822 688.3 4.7e-195 gi|55662259|emb|CAH73674.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 984) 3822 688.3 5e-195 gi|114572191|ref|XP_001163825.1| PREDICTED: SLIT-R (1003) 3822 688.3 5.1e-195 gi|126306747|ref|XP_001365837.1| PREDICTED: simila (1073) 3819 687.8 7.7e-195 gi|114572187|ref|XP_001163749.1| PREDICTED: SLIT-R (1072) 3816 687.3 1.1e-194 gi|119892384|ref|XP_587244.3| PREDICTED: similar t (1085) 3814 687.0 1.4e-194 gi|124486650|ref|NP_001074506.1| SLIT-ROBO Rho GTP (1085) 3787 682.2 3.9e-193 gi|109480632|ref|XP_235213.4| PREDICTED: similar t (1085) 3780 680.9 9.3e-193 gi|74005906|ref|XP_856858.1| PREDICTED: similar to (1089) 3727 671.6 6.2e-190 >>gi|114643997|ref|XP_001164248.1| PREDICTED: SLIT-ROBO (1062 aa) initn: 6900 init1: 6900 opt: 6900 Z-score: 6602.5 bits: 1233.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 6900; 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