# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj00086s2.fasta.huge -Q ../query/KIAA1290.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1290, 1011 aa vs ./tmplib.24314 library 1986494 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2272+/-0.00502; mu= 20.5580+/- 0.342 mean_var=86.5136+/-20.220, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.137890 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1630 ( 901 res) fh15267(revised) ( 901) 1556 320.4 6.8e-88 >>KIAA1630 ( 901 res) fh15267(revised) (901 aa) initn: 1839 init1: 543 opt: 1556 Z-score: 1669.9 bits: 320.4 E(): 6.8e-88 Smith-Waterman score: 1980; 39.732% identity (66.853% similar) in 896 aa overlap (88-960:46-891) 60 70 80 90 100 110 KIAA12 FAWLENPQSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRPPSVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA .:: : ::: .. . :: . KIAA16 ATAAAARRGLGRALPLLWRGYQTERGVYGYRPRKP----ESREPQGALERPPV---DH-G 20 30 40 50 60 120 130 140 150 160 170 KIAA12 VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSFVPSDLITTIDKLAFYDLQEADLDKEFQLP . :. .: .::..:...:: .: :.. :: :. :. :. :. KIAA16 LARLVTVYCEHGHKAAKINPLFTGQALLEN-VPE-----IQALV------QTLQGPFHTA 70 80 90 100 110 180 190 200 210 220 230 KIAA12 TTTFIGGSENTLSLREIIRRLENTYCQHIGLEFMFINDVEQCQWIRQKFETPGVMQFSSE .: : ::.:.. :.. :: .:..: ... .. .:. ..:: :..: KIAA16 GLLNMGKEEA--SLEEVLVYLNQIYCGQISIETSQLQSQDEKDWFAKRFEELQKETFTTE 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 KIAA12 EKRTLLARLVRSMRFEDFLARKWSSEKRFGLEGCEVMIPALKTIIDKSSEMGIENVILGM :.. : ...:..:. ::: :.:. ::.: :: : :. .. .. :. :: .::.:: KIAA16 ERKHLSKLMLESQEFDHFLATKFSTVKRYGGEGAESMMGFFHELLKMSAYSGITDVIIGM 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 KIAA12 PHRGRLNVLANVIRKDLEQIFCQFDPKLEAADE--GSGDVKYHLGMYHERINRVTNRNIT :::::::.:..... : .: .. : .. ..::: :: . .. ... . KIAA16 PHRGRLNLLTGLLQFPPELMFRKMRGLSEFPENFSATGDVLSHLTSSVD-LDFGAHHPLH 240 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 KIAA12 LSLVANPSHLEAVDPVVQGKTKAEQFYRGD--------AQ-GKKVMSILVHGDAAFAGQG .... ::::::::.::. :::...: : : :: : .:. . :::::.: ::: KIAA16 VTMLPNPSHLEAVNPVAVGKTRGRQQSRQDGDYSPDNSAQPGDRVICLQVHGDASFCGQG 300 310 320 330 340 350 410 420 430 440 450 460 KIAA12 VVYETFHLSDLPSYTTNGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNAD .: ::: ::.:: . .:.::..::::.:.:: . .::: : .:....:. :.:::.: KIAA16 IVPETFTLSNLPHFRIGGSVHLIVNNQLGYTTPAERGRSSLYCSDIGKLVGCAIIHVNGD 360 370 380 390 400 410 470 480 490 500 510 520 KIAA12 DPEAVIYVCSVAAEWRNTFNKDVVVDLVCYRRRGHNEMDEPMFTQPLMYKQIHRQVPVLK .:: :. . .: :.. : :::..::.:::. ::::.:::..:.:.::: :. . . KIAA16 SPEEVVRATRLAFEYQRQFRKDVIIDLLCYRQWGHNELDEPFYTNPIMYKIIRARKSIPD 420 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 KIAA12 KYADKLIAEGTVTLQEFEEEIAKYDRICEEAYGRSKDKKILHIKHW------LDSPWPGF ::..::: : .: .: : ..: :.. .:. . .. :. :.. : :. KIAA16 TYAEHLIAGGLMTQEEVSEIKSSY-------YAKLNDH-LNNMAHYRPPALNLQAHWQGL 480 490 500 510 520 590 600 610 620 630 KIAA12 FNVDGEPKS-MTCPATGIPEDMLTHIGSVASSVPLEDFKIHTGLSRI-LRGRAD-MTKNR ..:.. .: .::.: :.: .: . :: : ...:. : . ...: . : . KIAA16 ----AQPEAQITTWSTGVPLDLLRFVGMKSVEVPRE-LQMHSHLLKTHVQSRMEKMMDGI 530 540 550 560 570 640 650 660 670 680 690 KIAA12 TVDWALAEYMAFGSLLKEGIHVRLSGQDVERGTFSHRHHVLHDQEVDRRTCVPMNHLWPD .::: :: .:.:::: .:..:::::::: :::::.:: .. ::.: : .:.::. :. KIAA16 KLDWATAEALALGSLLAQGFNVRLSGQDVGRGTFSQRHAMVVCQETDD-TYIPLNHMDPN 580 590 600 610 620 630 700 710 720 730 740 750 KIAA12 QAPYT-VCNSSLSEYGVLGFELGYAMASPNALVLWEAQFGDFHNTAQCIIDQFISTGQAK : . : :: ::: .::::: :... ::. : ::::::::: : :: :.: ::: :.:: KIAA16 QKGFLEVSNSPLSEEAVLGFEYGMSIESPKLLPLWEAQFGDFFNGAQIIFDTFISGGEAK 640 650 660 670 680 690 760 770 780 790 800 810 KIAA12 WVRHNGIVLLLPHGMEGMGPEHSSARPERFLQMSNDDSDAYPAFTKDFEVSQLYDCNWIV :. ..:::.:::::..: ::.::: : :::::: .. .. . : : .: KIAA16 WLLQSGIVILLPHGYDGAGPDHSSCRIERFLQMCDSAEEGVDGDT----------VNMFV 700 710 720 730 740 820 830 840 850 860 870 KIAA12 VNCSTPANYFHVLRRQILLPFRKPLIIFTPKSLLRHPEAKSSFDQMVSGTSFQRVIPEDG :. .:::.:::.::::.. ::::::. .:: ::: : : :....:. ::.:. :: : KIAA16 VHPTTPAQYFHLLRRQMVRNFRKPLIVASPKMLLRLPAAVSTLQEMAPGTTFNPVI---G 750 760 770 780 790 800 880 890 900 910 920 930 KIAA12 AAARAPEQVQRLIFCTGKVYYDLVKERSSQDLEEK-VAITRLEQISPFPFDLIKQEAEKY .. :..:. :.::.:: .:.:::.: : ... :: :.:.. :::.: ..:: :: KIAA16 DSSVDPKKVKTLVFCSGKHFYSLVKQRESLGAKKHDFAIIRVEELCPFPLDSLQQEMSKY 810 820 830 840 850 860 940 950 960 970 980 990 KIAA12 PGA-ELAWCQEEHKNMGYYDYISPRFMTILRRARPIWYVGRDPAAAPATGNRNTHLVSLK . . : ::: .::: ....:::: KIAA16 KHVKDHIWSQEEPQNMGPWSFVSPRFEKQLACKSNF 870 880 890 900 1011 residues in 1 query sequences 1986494 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:23 2008 done: Thu Dec 18 15:16:24 2008 Total Scan time: 0.650 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]