# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh15855b.fasta.huge -Q ../query/KIAA1261.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1261, 787 aa vs ./tmplib.24314 library 1986718 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3607+/-0.00909; mu= 5.4262+/- 0.613 mean_var=413.6836+/-100.328, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 153 in 1/39 Lambda= 0.063058 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1547 ( 863 res) fh14154 ( 863) 4011 379.5 8.1e-106 >>KIAA1547 ( 863 res) fh14154 (863 aa) initn: 3460 init1: 2318 opt: 4011 Z-score: 1991.6 bits: 379.5 E(): 8.1e-106 Smith-Waterman score: 4249; 81.410% identity (91.667% similar) in 780 aa overlap (17-787:99-863) 10 20 30 40 KIAA12 AARLCRAQPTKSAWMIRDLSKMYPQTRHPAPHQPAQP-FKFTISES : : :::: ::::::::.:: ::::..:: KIAA15 FPGRPPLGLGSPLPRTSPARALGASTLSESRPLPAMYPQGRHPAPHQPGQPGFKFTVAES 70 80 90 100 110 120 50 60 70 80 90 100 KIAA12 CDRIKEEFQFLQAQYHSLKLECEKLASEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQAEIVKRL :::::.:::::::::::::.: .:::.::::::::::::::::::::::::::.::.::: KIAA15 CDRIKDEFQFLQAQYHSLKVEYDKLANEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQTEIAKRL 130 140 150 160 170 180 110 120 130 140 150 160 KIAA12 NAICAQVIPFLSQEHQQQVVQAVERAKQVTMAELNAIIGQQ-LQAQHLSHG-HGLPVPLT :.: ::..:::::::::::.:::::::::::.::::::::: ::::::::. :: :: : KIAA15 NTILAQIMPFLSQEHQQQVAQAVERAKQVTMTELNAIIGQQQLQAQHLSHATHGPPVQLP 190 200 210 220 230 240 170 180 190 200 210 220 KIAA12 PHPSGLQPPAIPPI-GSSAGLLALSSALGGQSHLPIKDEKKHHDNDHQRDRDSIKSSSVS :::::::::.:::. :::.:::::. :::.:.:: .::::.::. :: :.:.: ..::: KIAA15 PHPSGLQPPGIPPVTGSSSGLLALG-ALGSQAHLTVKDEKNHHELDH-RERESSANNSVS 250 260 270 280 290 300 230 240 250 260 270 280 KIAA12 PSASFRGAEKHRNSADYSSESKKQKTEEKEIAARYDSDGEKSDDNLVVDVSNEDPSSPRG :: :.:..::::.::::: :.::.:.:::. .::::::.:::: ::::::::::..:: KIAA15 PSESLRASEKHRGSADYSMEAKKRKAEEKDSLSRYDSDGDKSDD-LVVDVSNEDPATPRV 310 320 330 340 350 360 290 300 310 320 330 340 KIAA12 SPAHSPRENGLDKTRLLKKDAPISPASIASSSSTPSSKSKELSLNEKSTTPVSKSNTPTP :::::: ::::::.: :::::: ::::.::::::::::.:.:. :.::.:: ::::::: KIAA15 SPAHSPPENGLDKARSLKKDAPTSPASVASSSSTPSSKTKDLGHNDKSSTPGLKSNTPTP 370 380 390 400 410 420 350 360 370 380 390 400 KIAA12 RTDAPTPGSNSTPGLRPVPGKPPGVDPLASSLRTPMAVPCPYPTPFGIVPHAGMNGELTS :.::::::...::::: .: ::.::::... : .::... : ::: ::: KIAA15 RNDAPTPGTSTTPGLRSMP---------ASALRTPISITSSYAAPFAMMSHHEMNGSLTS 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 KIAA12 PGAAYAGLHNISPQMSAAAAAAAAAAAYGRSPVV-----GFDPHHHMRVPAIPPNLTGIP ::: ::::::: :::::::::::: ::::::.: ::::: ::. ..: .:..:: KIAA15 PGA-YAGLHNIPPQMSAAAAAAAA--AYGRSPMVSFGAVGFDPHPPMRATGLPSSLASIP 480 490 500 510 520 530 460 470 480 490 500 510 KIAA12 GGKPAYSFHVSADGQMQPVPFPPDALIGPGIPRHARQINTLNHGEVVCAVTISNPTRHVY :::::::::::::::::::::: ::: ::::::::::::::.:::::::::::::::::: KIAA15 GGKPAYSFHVSADGQMQPVPFPHDALAGPGIPRHARQINTLSHGEVVCAVTISNPTRHVY 540 550 560 570 580 590 520 530 540 550 560 570 KIAA12 TGGKGCVKVWDISHPGNKSPVSQLDCLNRDNYIRSCRLLPDGRTLIVGGEASTLSIWDLA ::::::::.::::.::.:::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::: KIAA15 TGGKGCVKIWDISQPGSKSPISQLDCLNRDNYIRSCKLLPDGRTLIVGGEASTLTIWDLA 600 610 620 630 640 650 580 590 600 610 620 630 KIAA12 APTPRIKAELTSSAPACYALAISPDSKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGAS .::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA15 SPTPRIKAELTSSAPACYALAISPDAKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGAS 660 670 680 690 700 710 640 650 660 670 680 690 KIAA12 CIDISNDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMENSN :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: KIAA15 CIDISHDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMESSN 720 730 740 750 760 770 700 710 720 730 740 750 KIAA12 VEVLHVTKPDKYQLHLHESCVLSLKFAHCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESS ::::: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA15 VEVLHHTKPDKYQLHLHESCVLSLKFAYCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESS 780 790 800 810 820 830 760 770 780 KIAA12 SVLSCDISVDDKYIVTGSGDKKATVYEVIY ::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA15 SVLSCDISADDKYIVTGSGDKKATVYEVIY 840 850 860 787 residues in 1 query sequences 1986718 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:13 2008 done: Thu Dec 18 15:15:14 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]