# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04184.fasta.huge -Q ../query/KIAA1249.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1249, 949 aa vs ./tmplib.24314 library 1986556 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3856+/-0.0114; mu= -20.7979+/- 0.771 mean_var=707.1799+/-168.876, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.048229 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0400 ( 1022 res) hg01091 (1022) 2696 203.3 1.2e-52 KIAA1975 ( 597 res) aj01061 ( 597) 435 45.7 2e-05 KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 ( 781) 432 45.6 2.8e-05 KIAA1099 ( 864 res) hk07834 ( 864) 433 45.8 2.8e-05 KIAA0167 ( 844 res) ha01026 ( 844) 401 43.5 0.00013 KIAA1716 ( 804 res) hj06603 ( 804) 346 39.7 0.0018 KIAA0050 ( 796 res) ha01557 ( 796) 321 37.9 0.0059 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 323 38.3 0.0071 >>KIAA0400 ( 1022 res) hg01091 (1022 aa) initn: 1679 init1: 647 opt: 2696 Z-score: 1036.7 bits: 203.3 E(): 1.2e-52 Smith-Waterman score: 2986; 52.996% identity (71.384% similar) in 968 aa overlap (1-949:180-1022) 10 20 30 KIAA12 KREHAKQHGMIRTEITGAEIAEEMEKERRL :.:::: ::::::::.:::::::::::::. 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KIAA04 HDRTYHFQAEDEQECQIWMSVLQNSKEEALNNAFKGDDNTGENNIVQELTKEIISEVQRM 390 400 410 420 430 440 270 280 290 300 310 320 KIAA12 PGNDICCDCGSSEPTWLSTNLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAK :::.:::::. .::::::::::::::::::::::.::: ::.::: :: :::::::::: KIAA04 TGNDVCCDCGAPDPTWLSTNLGILTCIECSGIHRELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAK 450 460 470 480 490 500 330 340 350 360 370 380 KIAA12 NVGNNSFNDIMEANLPSP-SPKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLNEL :.:: .::.::: ::. : ::.:.:::..::.::::::...:..:: . ..:::. : KIAA04 NIGNAGFNEIMECCLPAEDSVKPNPGSDMNARKDYITAKYIERRYARKKHADNAAKLHSL 510 520 530 540 550 560 390 400 410 420 430 440 KIAA12 LEAIKSRDLLALIQVYAEGVELMEPL-LEPGQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQN ::.:.::...:.:.::.::.: : . : :.: :::::::::..:.::::.::::::: KIAA04 CEAVKTRDIFGLLQAYADGVDLTEKIPLANGHEPDETALHLAVRSVDRTSLHIVDFLVQN 570 580 590 600 610 620 450 460 470 480 490 500 KIAA12 CGNLDKQTALGNTVLHYCSMYSKPECLKLLLRSKPTVDIVNQAGETALDIAKRLKATQCE :::::::. :.:.:::: . .. ::::::::.: ...:.:..::: :::::::: .:: KIAA04 SGNLDKQTGKGSTALHYCCLTDNAECLKLLLRGKASIEIANESGETPLDIAKRLKHEHCE 630 640 650 660 670 680 510 520 530 540 550 560 KIAA12 DLLSQAKSGKFNPHVHVEYEWNLRQEEIDESDDDLDDKPSPIKKERSPRPQSFCHSSSIS .::.:: ::.:: :::::::: : .:..::::::.:.: .: ..: :: :: . .: . KIAA04 ELLTQALSGRFNSHVHVEYEWRLLHEDLDESDDDMDEKLQPSPNRREDRPISFYQLGSNQ 690 700 710 720 730 740 570 580 590 600 610 KIAA12 PQDK---LALPGFSTPRDKQRL---------SYGAFTNQIFVSTSTDSPTSP-TTEAPPL :.. :: . . ..::: .:::. . : .:..: :: :::: KIAA04 LQSNAVSLARDAANLAKEKQRAFMPSILQNETYGALLSG---SPPPAQPAAPSTTSAPPL 750 760 770 780 790 800 620 630 640 650 660 670 KIAA12 PPRNAGKGPTGPPSTLPLSTQTSSGSSTLSKKRPPPPPPGHK-RTLSDPPSPLPHGPPNK ::::.:: .::.:...:: : : . :. ::::. : :: . KIAA04 PPRNVGK------------VQTASSANTLWKTNSVSVDGGSRQRSSSDPPAVHPPLPPLR 810 820 830 840 850 680 690 700 710 720 730 KIAA12 GAVPWGNDGGPSSSSKTTNKFEGLSQQSSTSSAKTALGPRVLPKLPQKVALRKTDHLSLD :. .: . : : :: :: KIAA04 ---------------------------------VTSTNP-LTPTPPPPVA--KT------ 860 740 750 760 770 780 790 KIAA12 KATIPPEIFQKSSQLAELPQKPPPGDLPPKPTELAPKPQIGDLPPKPGELPPKPQLGDLP : ... :: :.:: : : :... : : :::.: : KIAA04 -----PSVMEALSQ----PSKPAP-------------PGISQIRPPP--LPPQP-----P 870 880 890 900 800 810 820 830 840 850 KIAA12 PKPQLSDLPPKPQMKDLPPKPQLGDLLAKSQTGDVSPKAQQPSEVTLKSHPLDLSPNVQS : :: : :: .: :.. . .: :..: KIAA04 -----SRLPQK--------KP--------------APGADKSTPLTNKGQP--------- 910 920 860 870 880 890 900 910 KIAA12 RDAIQKQASEDSNDLTPTLP-ETPVPLPRKINTGKNKVRRVKTIYDCQADNDDELTFIEG : .. .:.: . :. .. . :.:.::: .. : : .:::..:.: ::: ::::: :: KIAA04 RGPVDLSATEALGPLSNAMVLQPPAPMPRKSQATKLKPKRVKALYNCVADNPDELTFSEG 930 940 950 960 970 980 920 930 940 KIAA12 EVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD .:::: ::::::::::::.:.: :::.:::::::...: KIAA04 DVIIVDGEEDQEWWIGHIDGDPGRKGAFPVSFVHFIAD 990 1000 1010 1020 >>KIAA1975 ( 597 res) aj01061 (597 aa) initn: 338 init1: 260 opt: 435 Z-score: 189.2 bits: 45.7 E(): 2e-05 Smith-Waterman score: 435; 31.449% identity (64.311% similar) in 283 aa overlap (200-478:317-589) 170 180 190 200 210 220 KIAA12 KNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDKKSFDLIS-HNRTYHFQAEDEQDYVAWI :....: ..: ..: ::.: .. ::. KIAA19 PPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWV 290 300 310 320 330 340 230 240 250 260 270 280 KIAA12 SVLTNSKEEALTMAFRGEQSAGENSLEDLTKAI-IEDVQRLPGNDICCDCGSSEPTWLST ... .. .: :.: ....: . ..:. ....: . ::. : :: ...: : : KIAA19 QAIQSQILASLQSC---ESSKSKSQLTSQSEAMALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKWASL 350 360 370 380 390 400 290 300 310 320 330 340 KIAA12 NLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAKNVGNNSFNDIMEANLPSPS :::.: ::::::::: .:...::..::::: . . ...::. :.: :.. . . KIAA19 NLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDLANSIWEGSSQGQT 410 420 430 440 450 460 350 360 370 380 390 400 KIAA12 PKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLNE-LLEAIKSRDLLALIQVYAEG ::. : ....: .:: .:.. . .:.. ::.: ..:: . : . :.: KIAA19 -KPSIESTREEKERWIRSKY-EHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHG 470 480 490 500 510 520 410 420 430 440 450 460 KIAA12 VELMEPLLEP-GQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQNCGNLDKQTALGNTVLHYCS . : . : :. : :::::: : . .. :...:. .. . : :::.: : KIAA19 SR--EEVNETCGEGDGCTALHLACR---KGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALTYAR 530 540 550 560 570 470 480 490 500 510 520 KIAA12 MYSKPECLKLLLRSKPTVDIVNQAGETALDIAKRLKATQCEDLLSQAKSGKFNPHVHVEY . :. ::...::. KIAA19 QASSQECINVLLQYGCPDECV 580 590 >>KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 (781 aa) initn: 446 init1: 348 opt: 432 Z-score: 186.7 bits: 45.6 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 564; 30.053% identity (60.904% similar) in 376 aa overlap (19-375:157-518) 10 20 30 40 KIAA12 KREHAKQHGMIRTEITGAEIAEEMEKERRLFQLQMCEYLIKVNEIKTK : .. . :. :. .:....: ...: KIAA00 KKQFEKVSEEKENALVKNAQVQRNKQHEVEEATNILTATRKCFRHIALDYVLQINVLQSK 130 140 150 160 170 180 50 60 70 80 90 100 KIAA12 KGVDLLQNLIKYYHAQCNFFQDGLKTADKLKQYIEKLAADLYNIKQTQDEEKKQLTALRD . ..:........:. ::..: ..: :.. :.:.: . .::... . KIAA00 RRSEILKSMLSFMYAHLAFFHQGYDLFSELGPYMKDLGAQLDRLVVDAAKEKREM----E 190 200 210 220 230 240 110 120 130 140 150 160 KIAA12 LIKSSLQLDQKESRRDSQSRQGGYSMHQLQGNKEYGSEKKGYLLKKSDGIRKVWQRRKCS .:..: ::. :... . :.. . : .:::.:.... :.:.:: : KIAA00 QKHSTIQ--QKDFSSDDSKLE--YNV-----DAANGIVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFS 250 260 270 280 290 170 180 190 200 210 220 KIAA12 VKNGILTISHATSNRQPAKL-NLLTCQVK--PNAEDKKSFDLISHNRTYHFQAEDEQDYV ..:. :. .. .. . . .: : :: . : . :...: ... .::..:. KIAA00 IQNNQLVYQKKFKDNPTVVVEDLRLCTVKHCEDIERRFCFEVVSPTKSCMLQADSEKLRQ 300 310 320 330 340 350 230 240 250 260 270 KIAA12 AWI-----SVLTNSKE-----EAL---TMAFRGEQSAGENSLEDLTK--AIIEDVQRLPG ::: :. : .: : : . : ..:..: : : : . .. :: .:: KIAA00 AWIKAVQTSIATAYREKGDESEKLDKKSSPSTGSLDSGNESKEKLLKGESALQRVQCIPG 360 370 380 390 400 410 280 290 300 310 320 330 KIAA12 NDICCDCGSSEPTWLSTNLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAKNV : ::::: ..: : : :::: ::::::::: .:::.:...:: :: : : .. KIAA00 NASCCDCGLADPRWASINLGITLCIECSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDTWEPELLKLMCEL 420 430 440 450 460 470 340 350 360 370 380 KIAA12 GNNSFNDIMEANLPSPS-PKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLNELLE ::. .: ..:::. . . :: :.. . .. :: ::::...: : KIAA00 GNDVINRVYEANVEKMGIKKPQPGQRQE-KEAYIRAKYVERKFVDKYSISLSPPEQQKKF 480 490 500 510 520 530 390 400 410 420 430 440 KIAA12 AIKSRDLLALIQVYAEGVELMEPLLEPGQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQNCGN KIAA00 VSKSSEEKRLSISKFGPGDQVRASAQSSVRSNDSGIQQSSDDGRESLPSTVSANSLYEPE 540 550 560 570 580 590 >>KIAA1099 ( 864 res) hk07834 (864 aa) initn: 345 init1: 257 opt: 433 Z-score: 186.6 bits: 45.8 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 433; 31.095% identity (62.544% similar) in 283 aa overlap (200-478:558-830) 170 180 190 200 210 220 KIAA12 KNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDKKSFDLIS-HNRTYHFQAEDEQDYVAWI :.. : ..: ..:.::.: .. ::. KIAA10 SPHANRKKHRRKKSTSNFKADGLSGTAEEQEENFEFIIVSLTGQTWHFEATTYEERDAWV 530 540 550 560 570 580 230 240 250 260 270 280 KIAA12 SVLTNSKEEALTMAFRGEQSAGENSLEDLTKAI-IEDVQRLPGNDICCDCGSSEPTWLST ... .. .: :.: ... : . ..:. ..... . ::. : :: ...:.: : KIAA10 QAIESQILASLQSC---ESSKNKSRLTSQSEAMALQSIRNMRGNSHCVDCETQNPNWASL 590 600 610 620 630 640 290 300 310 320 330 340 KIAA12 NLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAKNVGNNSFNDIMEANLPSPS ::: : :::::::::..:.:.::..::.:: . . ...::. :.. : . . KIAA10 NLGALMCIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPIELIKVMSSIGNELANSVWEES-SQGR 650 660 670 680 690 700 350 360 370 380 390 400 KIAA12 PKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLNELLEAIKSRDLLALIQVYAEGV ::. .: ....: ::: .. : : . ..::.: ..:: . : . :.: KIAA10 TKPSVDSTREEKERWIRAKYEQKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHGS 710 720 730 740 750 760 410 420 430 440 450 460 KIAA12 --ELMEPLLEPGQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQNCGNLDKQTALGNTVLHYCS :. : :. :.:::::: : . .. :...:. .. . : :::.: : KIAA10 RDEVNETC---GEGDGRTALHLACR---KGNVVLAQLLIWYGVDVTARDAHGNTALAYAR 770 780 790 800 810 470 480 490 500 510 520 KIAA12 MYSKPECLKLLLRSKPTVDIVNQAGETALDIAKRLKATQCEDLLSQAKSGKFNPHVHVEY . :. ::. .::. KIAA10 QASSQECIDVLLQYGCPDERFVLMATPNLSRRNNNRNNSSGRVPTII 820 830 840 850 860 >>KIAA0167 ( 844 res) ha01026 (844 aa) initn: 287 init1: 287 opt: 401 Z-score: 174.7 bits: 43.5 E(): 0.00013 Smith-Waterman score: 401; 29.682% identity (60.777% similar) in 283 aa overlap (200-478:525-797) 170 180 190 200 210 220 KIAA12 KNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDKKSFDLISHN-RTYHFQAEDEQDYVAWI :.. : ..: . .:.::.: . .. ::. KIAA01 EPPPSPMVKKQRRKKLTTPSKTEGSAGQAEEENFEFLIVSSTGQTWHFEAASFEERDAWV 500 510 520 530 540 550 230 240 250 260 270 280 KIAA12 SVLTNSKEEALTMAFRGEQSAGENSLEDLTKAI-IEDVQRLPGNDICCDCGSSEPTWLST ... .. .: :.: . .. ..:. :. .. ::.:: :::. .::: : KIAA01 QAIESQILASLQCC---ESSKVKLRTDSQSEAVAIQAIRNAKGNSICVDCGAPNPTWASL 560 570 580 590 600 610 290 300 310 320 330 340 KIAA12 NLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAKNVGNNSFNDIMEANLPSPS ::: : :::::::::..:.:.::..::.:: :. .::.. : . :.. KIAA01 NLGALICIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPRELTLVLTAIGNDTANRVWESDT-RGR 620 630 640 650 660 670 350 360 370 380 390 400 KIAA12 PKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLN-ELLEAIKSRDLLALIQVYAEG ::. .:. :. .: ::: . : ::: :. .: :....:. ... . :.. KIAA01 AKPSRDSSREERESWIRAKYEQLLFL-APLSTSEEPLGRQLWAAVQAQDVATVLLLLAHA 680 690 700 710 720 410 420 430 440 450 460 KIAA12 VEL-MEPLLEPGQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQNCGNLDKQTALGNTVLHYCS . .. .: : .. :::: :. . . ....:. ... . : : :.: : KIAA01 RHGPLDTSVEDPQL--RSPLHLA---AELAHVVITQLLLWYGADVAARDAQGRTALFYAR 730 740 750 760 770 780 470 480 490 500 510 520 KIAA12 MYSKPECLKLLLRSKPTVDIVNQAGETALDIAKRLKATQCEDLLSQAKSGKFNPHVHVEY . .. : .::. KIAA01 QAGSQLCADILLQHGCPGEGGSAATTPSAATTPSITATPSPRRRSSAASVGRADAPVALV 790 800 810 820 830 840 >>KIAA1716 ( 804 res) hj06603 (804 aa) initn: 530 init1: 293 opt: 346 Z-score: 154.3 bits: 39.7 E(): 0.0018 Smith-Waterman score: 582; 30.287% identity (61.097% similar) in 383 aa overlap (14-375:155-523) 10 20 30 40 KIAA12 KREHAKQHGMIRTEITGAEIAEEMEKERRLFQLQMCEYLIKVN : ::: . :. :. .:....: KIAA17 KKQFDKVREDLELSLVRNAQAPRHRPHEVEEATGA-----LTLTRKCFRHLALDYVLQIN 130 140 150 160 170 50 60 70 80 90 100 KIAA12 EIKTKKGVDLLQNLIKYYHAQCNFFQDGLKTADKLKQYIEKLAADLYNIKQTQDEEKKQL ...:: ..:.......::: .:::.: . .: :..::::.: .. . ::... KIAA17 VLQAKKKFEILDSMLSFMHAQSSFFQQGYSLLHQLDPYMKKLAAELDQLVIDSAVEKREM 180 190 200 210 220 230 110 120 130 140 150 160 KIAA12 TALRDLIKSSLQLDQKESRRDSQSRQGGYSMHQLQGNKEYGSEKKGYLLKKSDGIRKVWQ . :.. : : : .:. ... . : .:::.:.... :.:. 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