# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh05620s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1228.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1228, 843 aa vs ./tmplib.24314 library 1986662 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4774+/-0.00675; mu= 11.2238+/- 0.457 mean_var=176.8547+/-42.326, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.096442 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072) 1989 289.5 1.3e-78 KIAA0985 ( 697 res) hj08038 ( 697) 228 44.3 5.7e-05 KIAA1597 ( 913 res) fj09819 ( 913) 229 44.5 6.1e-05 KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 209 41.9 0.0005 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 203 41.3 0.0011 KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053) 197 40.2 0.0015 KIAA0538 ( 816 res) hg03944(revised) ( 816) 194 39.6 0.0017 KIAA0080 ( 486 res) hh13320 ( 486) 189 38.6 0.002 KIAA1342 ( 426 res) fj00418 ( 426) 180 37.3 0.0043 >>KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072 aa) initn: 2166 init1: 709 opt: 1989 Z-score: 1503.2 bits: 289.5 E(): 1.3e-78 Smith-Waterman score: 2025; 37.058% identity (59.963% similar) in 1074 aa overlap (19-835:2-1066) 10 20 30 40 50 60 KIAA12 AGLSRPGSARAPSPPRPGGPENPGGVLSVELPGLLAQLARSFALLLPVYALGYLGLSFSW :: : .:.: :....: . .:.::: : .::: .. 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KIAA07 LYPPQLKKGNKEPNPMVQLSIQDVTQESKAVYSTNCPVWEEAFRFFLQDPQSQELDVQVK 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 580 KIAA12 DEQHQCSLGNLKVPLSQLLTSEDMTVSQRFQLSNSGPNSTIKMKIALRVLHLEKRE---- :... .:: : .::..:::. .. ..: ::::.::::: . ::...:.:.:.. : KIAA07 DDSRALTLGALTLPLARLLTAPELILDQWFQLSSSGPNSRLYMKLVMRILYLDSSEICFP 520 530 540 550 560 570 590 KIAA12 --------------------------RP----PDHQHSAQ-VKR---------------- :: :: : ... : : KIAA07 TVPGCPGAWDVDSENPQRGSSVDAPPRPCHTTPDSQFGTEHVLRIHVLEAQDLIAKDRFL 580 590 600 610 620 630 600 610 KIAA12 ---------PSVSKEGRKTSIKSHM-----------------SGSPGP------------ : :. . :..::. .. :: KIAA07 GGLVKGKSDPYVKLKLAGRSFRSHVVREDLNPRWNEVFEVIVTSVPGQELEVEVFDKDLD 640 650 660 670 680 690 620 630 640 KIAA12 -----GGSNTAPSTPVIGG--------SDKPG------------------MEEKAQ---- : .. .: . .: : :. .:: : KIAA07 KDDFLGRCKVRLTTVLNSGFLDEWLTLEDVPSGRLHLRLERLTPRPTAAELEEVLQVNSL 700 710 720 730 740 750 650 KIAA12 ------------------------PPEAG-----PQGLHDLGRSS--------------- : . : : . .: :: KIAA07 IQTQKSAELAAALLSIYMERAEDLPLRKGTKHLSPYATLTVGDSSHKTKTISQTSAPVWD 760 770 780 790 800 810 660 670 680 KIAA12 --SSLLASPGH-----ISVKEPTPSIASDISLP-----IATQ------------------ .:.: : ..:. .. ...::: .: : KIAA07 ESASFLIRKPHTESLELQVRGEGTGVLGSLSLPLSELLVADQLCLDRWFTLSSGQGQVLL 820 830 840 850 860 870 690 700 KIAA12 ----------------------------------------------ELRQRLRQLENGTT :::::: .... KIAA07 RAQLGILVSQHSGVEAHSHSYSHSSSSLSEEPELSGGPPHITSSAPELRQRLTHVDSPLE 880 890 900 910 920 930 710 720 730 740 750 760 KIAA12 LGQSPLGQIQLTIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIAFSEDGSDPYVRMYLLPDKRRSGRRKT .::::..::. . :.. ::. .::.::.: ..: :::: . ::::: :. .:.: KIAA07 APAGPLGQVKLTLWYYSEERKLVSIVHGCRSLRQNGRDPPDPYVSLLLLPDKNRGTKRRT 940 950 960 970 980 990 770 780 790 800 810 820 KIAA12 HVSKKTLNPVFDQSFDFSVSLPEVQRRTLDVAVKNSGGFLSKDKGLLGKVLVALASEELA .:.::.: :.. :.. . : :.::: :::.::....:.:... ::::: . :: .:. KIAA07 SQKKRTLSPEFNERFEWELPLDEAQRRKLDVSVKSNSSFMSRERELLGKVQLDLAETDLS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 830 840 KIAA12 KGWTQWYDLTEDGTRPQAMT .: ..:::: .. KIAA07 QGVARWYDLMDNKDKGSS 1060 1070 >>KIAA0985 ( 697 res) hj08038 (697 aa) initn: 375 init1: 164 opt: 228 Z-score: 181.1 bits: 44.3 E(): 5.7e-05 Smith-Waterman score: 228; 30.252% identity (72.269% similar) in 119 aa overlap (710-826:555-671) 680 690 700 710 720 730 KIAA12 SDISLPIATQELRQRLRQLENGTTLGQSPLGQIQLTIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIAFS :.: ... .:.:.. ::: . : .: :.. KIAA09 MKRAGTTGSARGMALYEEEQVERVGDIEERGKILVSLMYSTQQGGLIVGIIRCVHLAAMD 530 540 550 560 570 580 740 750 760 770 780 790 KIAA12 EDG-SDPYVRMYLLPDKRRSGRRKTHVSKKTLNPVFDQSFDFSVSLPEVQRRTLDVAVKN .: :::.:...: :: .....::...:::::: :.. : .... .. ...::..: . KIAA09 ANGYSDPFVKLWLKPDMGKKAKHKTQIKKKTLNPEFNEEFFYDIKHSDLAKKSLDISVWD 590 600 610 620 630 640 800 810 820 830 840 KIAA12 SGGFLSKDKGLLGKVLVALASE-ELAKGWTQWYDLTEDGTRPQAMT ..:.. .: ...... : : : KIAA09 YD--IGKSNDYIGGCQLGISAKGERLKHWYECLKNKDKKIERWHQLQNENHVSSD 650 660 670 680 690 >>KIAA1597 ( 913 res) fj09819 (913 aa) initn: 192 init1: 159 opt: 229 Z-score: 180.6 bits: 44.5 E(): 6.1e-05 Smith-Waterman score: 229; 32.609% identity (64.493% similar) in 138 aa overlap (710-842:609-743) 680 690 700 710 720 730 KIAA12 SDISLPIATQELRQRLRQLENGTTLGQSPLGQIQLTIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIA-- :.::..:.. . ..: : : :..: : KIAA15 SKSVPAFLQDEVSGSVMSVYSGDFGNLEVKGNIQFAIEYVESLKELHVFVAQCKDLAAAD 580 590 600 610 620 630 740 750 760 770 780 790 KIAA12 FSEDGSDPYVRMYLLPDKRRSGRRKTHVSKKTLNPVFDQSFDFSVSLPEVQRRTLDVAVK ... :::::. :::::: . :..:: : :::::::... . ... .. . :.... KIAA15 VKKQRSDPYVKAYLLPDKGKMGKKKTLVVKKTLNPVYNEILRYKIEKQILKTQKLNLSIW 640 650 660 670 680 690 800 810 820 830 840 KIAA12 NSGGFLSKDKGLLGKVLVALAS---EELAKGWTQWYDLTEDGTRPQAMT . : : ...::.: . : . .. . .:: : . : : :. KIAA15 HRDTF--KRNSFLGEVELDLETWDWDNKQNKQLRWYPLKRK-TAPVALEAENRGEMKLAL 700 710 720 730 740 750 KIAA15 QYVPEPVPGKKLPTTGEVHIWVKECLDLPLLRGSHLNSFVKCTILPDTSRKSRQKTRAVG 760 770 780 790 800 810 >>KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200 aa) initn: 232 init1: 132 opt: 209 Z-score: 164.2 bits: 41.9 E(): 0.0005 Smith-Waterman score: 234; 23.148% identity (53.704% similar) in 540 aa overlap (348-832:649-1166) 320 330 340 350 360 370 KIAA12 DLQGKDTYLKGLVKGKSDPYGIIRVGNQIFQSRVIKENLSPKWNEVY-EALVYEHPGQE- .....:..: ::::... . :... .: KIAA07 KDLPSREDGRPRNPYVKIYFLPDRSDKNKRRTKTVKKTLEPKWNQTFIYSPVHRREFRER 620 630 640 650 660 670 380 390 400 410 420 KIAA12 -LEIELFDED---PDKDDFLGSLMIDLIEVEKERLLDE--WFTLDE-------VPKGKLH ::: :.:. ....::: . :::.: : :: :. :. .:. . . KIAA07 MLEITLWDQARVREEESEFLGEI---LIELETALLDDEPHWYKLQTHDVSSLPLPHPSPY 680 690 700 710 720 730 430 440 450 460 470 480 KIAA12 LRLEWLTLMPNASNLD--KVLTDIKADKDQANDGLSSALLILYLDSARNLPSGKKISSNP . . : . :. : ..: ... . .::.. .. : ..:.: :. : : KIAA07 MPRRQLHGESPTRRLQRSKRISDSEVSDYDCDDGIG--VVSDYRHDGRDLQSSTL--SVP 740 750 760 770 780 790 490 500 510 520 530 540 KIAA12 NPVVQMSVGHKAQESKIRYKTNEPVWEENFTFFIHNPKRQDLEVEVRDEQHQCSLGNLKV . : :: .: . : .... .... . :. ...: .: . . . : KIAA07 EQV--MSSNH-CSPSGSPHRVDVIGRTRSWSPSVPPPQSRNVEQGLRGTRTMTGHYNTIS 800 810 820 830 840 550 560 570 580 590 KIAA12 PLSQLLTSEDMTVSQR---FQLSNSGP---NSTIKMKIALRVLHLEKR--ERPPDHQHSA ... . .: .: . .. : . . ... :. ..: ::: . . KIAA07 RMDRHRVMDDHYSPDRDRDCEAADRQPYHRSRSTEQRPLLERTTTRSRSTERPDTNLMRS 850 860 870 880 890 900 600 610 620 630 640 KIAA12 QVKRPSVSKEGRKTSIKSHMSGS-PGPGGSNTAPS-TPVIG--GSDKPGMEEKAQ-PPEA . ::. ::.. . .: : : :. .:.:: ::: : : . : . :. .: KIAA07 M---PSLMT-GRSAPPSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKA 910 920 930 940 950 960 650 660 670 680 690 KIAA12 GPQGLHD-LGRSSSSLLASPGHISVKEPTPSIASDISLPIATQE---LRQRLR------- : . :.. . ::. . :: . . . . ..: :. ..: . .: KIAA07 GGKKLRSTVQRSTETGLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQF 970 980 990 1000 1010 1020 700 710 720 730 740 KIAA12 ----------QLENGTTLGQSPLGQIQLTIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIAFSEDGSD-- :: . ::. .:.::. . .....: : . :.:.. . :: KIAA07 SDFLDGLGPAQLVGRQTLATPAMGDIQVGMM--DKKGQLEVEIIRARGLVV--KPGSKTL 1030 1040 1050 1060 1070 1080 750 760 770 780 790 800 KIAA12 --PYVRMYLLPDKRRSGRRKTHVSKKTLNPVFDQSFDFSVSLPEVQRRTLDVAVKNSGGF :::..::: . ...::.:..:::.:...: ..: : : : ..:.. : .. : KIAA07 PAPYVKVYLLDNGVCIAKKKTKVARKTLEPLYQQLLSFEES-P--QGKVLQIIVWGDYGR 1090 1100 1110 1120 1130 810 820 830 840 KIAA12 LSKDKGLLGKVLVALASEELAKGWTQWYDLTEDGTRPQAMT ... :...: . . : ::.. :. : KIAA07 MDH-KSFMGVAQILLDELELSNMVIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPS 1140 1150 1160 1170 1180 1190 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 165 init1: 131 opt: 203 Z-score: 158.0 bits: 41.3 E(): 0.0011 Smith-Waterman score: 203; 32.000% identity (60.800% similar) in 125 aa overlap (307-426:1548-1666) 280 290 300 310 320 330 KIAA12 ISNYLVLPNRITVPLVSEVQIAQLRFPVPKGVLRIHFIEAQDLQGKDTYLKGLVKGKSDP : : .: ::: .:.. .:::.: KIAA12 IKAASEQYIDTEKKQREKAYQARSQKTSGIGRLMVHVIEATELKACKP------NGKSNP 1520 1530 1540 1550 1560 1570 340 350 360 370 380 390 KIAA12 YGIIRVGNQIFQSRVIKENLSPKWNEVYEALVYEHPGQELEIELFDEDP-DKDDFLGSLM : : .:.: . .:.:...:.:::: . .. . . : . :::.: . ::::: KIAA12 YCEISMGSQSYTTRTIQDTLNPKWNFNCQFFIKDLYQDVLCLTLFDRDQFSPDDFLGRTE 1580 1590 1600 1610 1620 1630 400 410 420 430 440 450 KIAA12 IDLIEVEKERL----LDEWFTLDEVPKGKLHLRLEWLTLMPNASNLDKVLTDIKADKDQA : . ... :. . . . : ::: :.. .:.. 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KIAA03 ---------P-GQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQATDLPA-RVDGRPRNPYVKMYFLPDRS 760 770 780 790 800 760 770 780 790 800 810 KIAA12 RSGRRKTHVSKKTLNPVFDQSFDFS-VSLPEVQRRTLDVAVKNSGGFLSKDKGLLGKVLV ...:.:.. :: :.: ..:.: .: : . ..: :...: .. ... .::..:. 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