# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh05501s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1171.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1171, 595 aa vs ./tmplib.24314 library 1986910 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4265+/-0.00537; mu= 14.1804+/- 0.366 mean_var=102.4062+/-23.829, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.126739 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 204 47.8 4.3e-06 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 164 40.7 0.00089 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 159 39.5 0.0011 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 158 39.3 0.0013 KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 157 39.2 0.0015 KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 158 39.6 0.002 >>KIAA1055 ( 868 res) hh09512 (868 aa) initn: 148 init1: 74 opt: 204 Z-score: 201.3 bits: 47.8 E(): 4.3e-06 Smith-Waterman score: 204; 24.710% identity (54.054% similar) in 259 aa overlap (61-312:601-849) 40 50 60 70 80 90 KIAA11 PEHSGAMDSPGYNCFVDKDKMDAAIQDLGPKELSCTELQELKQLARQGYWAQSHALRGKV .:. :. :::.: : : : :.:: KIAA10 ALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSP--ELKNLIRAGI---PHEHRSKV 580 590 600 610 620 100 110 120 130 140 KIAA11 YQRLIRDIPCRTVTPDASV--YSDIVGKIVGKHSSSC----LPLPEFVDNTQVPSYCLNA .. . : : .. .. .. : . :.. . : : . . :.. : : .. 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KIAA06 LLEKLQVAHTKIQALESNLENLLTRETKMKSLIRTLEQEKMAYQKTVEQLRKLLPADALA 1270 1280 1290 1300 1310 1320 595 residues in 1 query sequences 1986910 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:51 2008 done: Thu Dec 18 15:11:52 2008 Total Scan time: 0.480 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]