# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05464.fasta.huge -Q ../query/KIAA1115.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1115, 895 aa vs ./tmplib.24314 library 1986610 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4887+/-0.0109; mu= -25.0542+/- 0.735 mean_var=539.6942+/-128.547, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 3 in 1/39 Lambda= 0.055208 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1558 ( 882 res) hj01607 ( 882) 2136 185.3 2.7e-47 KIAA0685 ( 939 res) hk02959 ( 939) 1218 112.2 2.9e-25 >>KIAA1558 ( 882 res) hj01607 (882 aa) initn: 2228 init1: 1345 opt: 2136 Z-score: 940.9 bits: 185.3 E(): 2.7e-47 Smith-Waterman score: 2506; 46.580% identity (71.444% similar) in 921 aa overlap (14-889:3-881) 10 20 30 40 50 60 KIAA11 APSARSRRPPSQGAMFWKFDLHTSSHLDTLLEREDLSLPELLDEEDVLQECKVVNRKLLD .::::::::.:::.::::::::..: ::.::::::::::. ::::.. KIAA15 KTSMFWKFDLHSSSHIDTLLEREDVTLKELMDEEDVLQECKAQNRKLIE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA11 FLLQPPHLQAMVAWVTQEPPDSGEERLRYKYPSVACEILTSDVPQINDALGADESLLNRL :::. :. .:... .:::.. .:..:::::...::.::::: :.:: :: ::::: .: KIAA15 FLLKAECLEDLVSFIIEEPPQDMDEKIRYKYPNISCELLTSDVSQMNDRLGEDESLLMKL 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA11 YGFLQSTGSLNPLLASFFSKVMGILINRKTDQLVSFLRKKDDFVDLLLQHIGTSAIMDLL :.:: . . ::::::::::::..:::.:: .:.:.::.:: :::::...::::::::::: KIAA15 YSFLLNDSPLNPLLASFFSKVLSILISRKPEQIVDFLKKKHDFVDLIIKHIGTSAIMDLL 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA11 LRLLTCVERPQLRQDVVNWLNEEKIVQRLIEQIHPSKDENQHSNASQSLCDIIRLSREQM ::::::.: :: ::::.::::::::.:::.: .:::..:..:::::::::.:.::::.:: KIAA15 LRLLTCIEPPQPRQDVLNWLNEEKIIQRLVEIVHPSQEEDRHSNASQSLCEIVRLSRDQM 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA11 IQVQDSPEPDQLLATLEKQETIEQLLSNMFEGEQSQSVIVSGIQVLLTLLEPRRPRSESV .:.:.: ::: ::::::::: :::::::.:. :...:.:::.::.:::::: ::: KIAA15 LQIQNSTEPDPLLATLEKQEIIEQLLSNIFHKEKNESAIVSAIQILLTLLETRRP----- 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 KIAA11 TVNSFFSSVDGQLELLAQGALESTVS-SVGALHALRPRLSCFHQLLLEPPKLEPLQMTWG . .:..:. : .:. : . ..:.:.: ::. ::.::::::: .. ::: KIAA15 -------TFEGHIEICPPGMSHSACSVNKSVLEAIRGRLGSFHELLLEPPKKSVMKTTWG 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 KIAA11 MLAPPLGNTRLHVVKLLASALSANDAALTHELLALDVPNTMLDLFFHYVFNNFLHAQVEG .: ::.:::::.:..:..: :..: .... .:. :. ...:..::.:..:::::.::: KIAA15 VLDPPVGNTRLNVIRLISSLLQTNTSSINGDLMELNSIGVILNMFFKYTWNNFLHTQVEI 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 KIAA11 CVSTMLSLGPPPDSSPETPI-------QNPVVKHLLQQCRLVERILTSWEENDRVQCAGG :.. .:. : ... .. : .: ..:::.:.:.:.:::: .:: :.. : :: KIAA15 CIALILA--SPFENTENATITDQDSTGDNLLLKHLFQKCQLIERILEAWEMNEKKQAEGG 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 KIAA11 PRKGYMGHLTRVAGALVQNTEKGPNAEQLRQLLKELPSEQQEQWEAFVSGPLAETNKKNM :.::::::::.:. .:..:.::::. ..::.:.::.: .:.::.: .. :.::::.: KIAA15 RRHGYMGHLTRIANCIVHSTDKGPNSALVQQLIKDLPDEVRERWETFCTSSLGETNKRNT 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 KIAA11 VDLVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRMTSAFIDHFGFNDEEFGE ::::.: :.::::::: : .:: .: ... ::::: :.:::.::: :::.::::::.:.. KIAA15 VDLVTTCHIHSSSDDEID-FKETGFSQDSSLQQAFSDYQMQQMTSNFIDQFGFNDEKFAD 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 KIAA11 QEESVNAPFDKTANITFSLNADDENPNANLLEICYKDRIQQFDDDEEEEDEEEAQGSGES :.. :. ::....:.:.::.. :. : :.: : :.::::::: : : KIAA15 QDDIGNVSFDRVSDINFTLNTN-ESGNIALFEACCKERIQQFDD-------------GGS 580 590 600 610 620 660 670 680 690 700 710 KIAA11 DGEDGAWQGSQLARGARLGQPPGVR--SGGSTDSEDEEEEDEEEEEDEEGIGCAARGGAT : :: :. ...: : . : :.:::::: : : :::. . .. : KIAA15 DEED-IWEEKHIAF-----TPESQRRSSSGSTDSE--ESTDSEEEDGAKQDLFEPSSANT 630 640 650 660 670 720 730 740 750 760 KIAA11 PLSYPSPGPQPPGPSWTATFD-PV------PTDAPTSPRVSGEEELHTGPPAPQGPLSVP .. .: :.:.:.:: :. : :. : : :: . : . . KIAA15 EDKMEVDLSEP--PNWSANFDVPMETTHGAPLDSVGSDVWSTEEPMPTKETGWASFSEFT 680 690 700 710 720 730 770 780 790 800 KIAA11 QGLPTQ-SLAS-PPARDALQLRSQDPTPPSA------PQEA--------TEGSKVTEPSA ..: :. :: : :.. . . .:: ::: :. : ..: . .: . KIAA15 SSLSTKDSLRSNSPVEMETSTEPMDPLTPSAAALAVQPEAAGSVAMEASSDGEEDAESTD 740 750 760 770 780 790 810 820 830 840 850 KIAA11 PCQALVSIGDLQATFHGIRSAPSSSD------SATRDP---STSVPAS--GAHQPPQTTE : : .. :. .: . . .. :. ::: :. :.. :.:.: KIAA15 KVTETVMNGGMKETLSLTVDAKTETAVFKRVLKSYREEGKLSTSQDAACKDAEECPETAE 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 KIAA11 GE-KSPEPLGLPQSQSAQALTPPPIPNGSAPEGPASPGSQ .. .:.: :.:. : : :. .. .:: KIAA15 AKCAAPRP---PSSSPEQRTGQPSAPGDTSVNGPV 860 870 880 >>KIAA0685 ( 939 res) hk02959 (939 aa) initn: 1924 init1: 1209 opt: 1218 Z-score: 545.3 bits: 112.2 E(): 2.9e-25 Smith-Waterman score: 2215; 42.213% identity (66.273% similar) in 931 aa overlap (8-892:6-875) 10 20 30 40 50 60 KIAA11 APSARSRRPPSQGAMFWKFDLHTSSHLDTLLEREDLSLPELLDEEDVLQECKVVNRKLLD : . .:::::::.:.::.: ::..: ..: ::.::.:.:::::. :.:::: KIAA06 TRDFHRSSAAVTMFWKFDLNTTSHVDKLLDKEHVTLQELMDEDDILQECKAQNQKLLD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA11 FLLQPPHLQAMVAWVTQEPPDSGEERLRYKYPSVACEILTSDVPQINDALGADESLLNRL :: . .. .:. .::.:: . ::..:.:::..:::.:: :::::.: ::.:::::. : KIAA06 FLCRQQCMEELVSLITQDPPLDMEEKVRFKYPNTACELLTCDVPQISDRLGGDESLLSLL 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA11 YGFLQSTGSLNPLLASFFSKVMGILINRKTDQLVSFLRKKDDFVDLLLQHIGTSAIMDLL : ::. :::::::::::..: :: :::.:...::.::: :..:.:.::::::.:::: KIAA06 YDFLDHEPPLNPLLASFFSKTIGNLIARKTEQVITFLKKKDKFISLVLKHIGTSALMDLL 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA11 LRLLTCVERPQLRQDVVNWLNEEKIVQRLIEQIHPSKDENQHSNASQSLCDIIRLSREQM :::..::: :::::..::::::..:::.: ::::.::...:::::.::::.::.:.: KIAA06 LRLVSCVEPAGLRQDVLHWLNEEKVIQRLVELIHPSQDEDRQSNASQTLCDIVRLGRDQG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 KIAA11 IQVQDSPEPDQLLATLEKQETIEQLLSNMFEGEQSQSVIVSGIQVLLTLLEPRRPRSESV :.:.. ::: ::..::.:. .::::.:::.:....: .::: :::::::: :: .:.. KIAA06 SQLQEALEPDPLLTALESQDCVEQLLKNMFDGDRTESCLVSGTQVLLTLLETRRVGTEGL 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 KIAA11 TVNSFFSSVDGQLELLAQGALESTVSSVGALHALRPRLSCFHQLLLEPPKLEPLQMTWGM :.:: .:: .: . : ..::...:::. ::::::.::: . . : :. KIAA06 -VDSF-----------SQGLERSYAVSSSVLHGIEPRLKDFHQLLLNPPKKKAILTTIGV 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 KIAA11 LAPPLGNTRLHVVKLLASALSANDAALTHELLALDVPNTMLDLFFHYVFNNFLHAQVEGC : ::::.::: ..:.:. : .: ....:: :.. . .:::::.:..::::: ::: : KIAA06 LEEPLGNARLHGARLMAALLHTNTPSINQELCRLNTMDLLLDLFFKYTWNNFLHFQVELC 350 360 370 380 390 400 430 440 450 KIAA11 VSTMLS----------------LGPPPDS---SPETPI------QNPVVKHLLQQCRLVE ....:: . :: .. : ::: .: .: ::.:.: ::. KIAA06 IAAILSHAAREERTEASGSESRVEPPHENGNRSLETPQPAASLPDNTMVTHLFQKCCLVQ 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 KIAA11 RILTSWEENDRVQCAGGPRKGYMGHLTRVAGALVQNTEKGPNAEQLRQLLKELPSEQQEQ ::: .:: ::..: ::: :.: ::::::.:.:.::: :.:: .. .... ::.. . . KIAA06 RILEAWEANDHTQAAGGMRRGNMGHLTRIANAVVQNLERGPVQTHISEVIRGLPADCRGR 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 KIAA11 WEAFVSGPLAETNKKNMVDLVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRM ::.:: :.:::..: ::: :: :.:.:.: KIAA06 WESFVEETLTETNRRNTVDL------------------------------AFSDYQIQQM 530 540 550 580 590 600 610 620 630 KIAA11 TSAFIDHFGFNDEEFGEQEESVNAPFDKTANITFSLNADDENPNANLLEICYKDRIQQFD :. :.:.::::::::..:....:::::. :.:.:...::...:.: :.: : .:::: :: KIAA06 TANFVDQFGFNDEEFADQDDNINAPFDRIAEINFNIDADEDSPSAALFEACCSDRIQPFD 560 570 580 590 600 610 640 650 660 670 680 690 KIAA11 DDEEEEDEEEAQGSGESDGEDGAWQGSQLARGARLGQPPGVRSGGSTDSEDEEEEDE--- :::.:. :. :: . .: .:: :.: : . .: ... : .. . KIAA06 DDEDEDIWED------SDTRCAA---RVMAR-PRFGAPHASESCSKNGPERGGQDGKASL 620 630 640 650 660 700 710 720 730 740 KIAA11 EEEEDEEGIGCAARGGATPLSYPSPGPQPPGPSWTATFDPVPTDAPTSP---RVSGEEEL : ..: : : : . : : . : :::.:: ...::.: : : KIAA06 EAHRDAPGAGAPPAPGKKE-APPVEGDSEAGAMWTAVFDEPANSTPTAPGVVRDVGSSVW 670 680 690 700 710 720 750 760 770 780 790 KIAA11 HTGPPAPQ--G--------PLSVPQGLPT-QSLASPPARDALQLRSQDPTPPSAPQEATE .: ::. : :. .. : .: .. : ::: : .: KIAA06 AAGTSAPEEKGWAKFTDFQPFCCSESGPRCSSPVDTECSHAEGSRSQGPEKAFSPASPCA 730 740 750 760 770 780 800 810 820 830 840 850 KIAA11 GSKVTEPSAPCQALVSIGDLQA-TFHGIRSAPSSSDSATRDPSTSVPASGAHQPPQTTEG . . .:: : : .. . . : ..: :. :...: : : . :: : . KIAA06 WNVCVTRKAPLLASDSSSSGGSHSEDGDQKAASAMDAVSRGP-------GREAPPLPTVA 790 800 810 820 830 860 870 880 890 KIAA11 EKSPEPLGLPQSQSAQALTPP-PIPN--GSAPEGPASPGSQ .. : .: ... :.: : :. .:: . : KIAA06 -RTEEAVGRVGCADSRLLSPACPAPKEVTAAPAVAVPPEATVAITTALSKAGPAIPTPAV 840 850 860 870 880 890 KIAA06 SSALAVAVPLGPIMAVTAAPAMVATLGTVTKDGQMPRQKELP 900 910 920 930 895 residues in 1 query sequences 1986610 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:44 2008 done: Thu Dec 18 15:09:45 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]