# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg01888.fasta.huge -Q ../query/KIAA1106.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1106, 1154 aa vs ./tmplib.24314 library 1986351 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4665+/-0.00845; mu= -11.9444+/- 0.572 mean_var=265.6460+/-62.164, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.078691 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0835 ( 1167 res) hj05861 (1167) 2929 346.7 1.2e-95 KIAA1050 ( 829 res) hh03308 ( 829) 2644 314.2 5e-86 KIAA0535 ( 1047 res) hg03847 (1047) 2249 269.5 1.9e-72 KIAA0681 ( 538 res) hk02748 ( 538) 210 37.8 0.0053 >>KIAA0835 ( 1167 res) hj05861 (1167 aa) initn: 2422 init1: 1572 opt: 2929 Z-score: 1809.1 bits: 346.7 E(): 1.2e-95 Smith-Waterman score: 3331; 48.435% identity (68.946% similar) in 1214 aa overlap (21-1154:45-1167) 10 20 30 40 50 KIAA11 LWACVLPGVTLPPFLGEKTSCKMEVDTEEKRHRTRSKGVRVPVEPAIQEL ::: ...:.:: :::::..: : : . .: KIAA08 NEFRGELLNQRWTHGGKASSCRTSRHLGRHCKMSLENEDKRARTRSKALRGPPETTAADL 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 KIAA11 FSCPTPGCDGSGHVSGKYARHRSVYGCPLAKKRKTQDKQPQEPAPKRKPFAVKADSSSVD ::::::: ::::: :::.::::. .:::::::: . . .. . ::: .: ..: KIAA08 -SCPTPGCTGSGHVRGKYSRHRSLQSCPLAKKRKLEGAEAEHLVSKRKSHPLKL---ALD 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 KIAA11 ECD--DSDGTEDMDEKEED---------EGEEEEEEEENEDHQMNCHNTRIMQDTEKDDN : ::::.:: . :. . :: : : ..: :. . . : .. .: KIAA08 EGYGVDSDGSEDTEVKDASVSDESEGTLEGAEAETSGQDEIHRPETAEGRSPVKSHFGSN 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 KIAA11 --------NNDEYDNYDELVAKSLLNLGKIAEDAAYRART--ESEMNSNTSNSLEDDSDK .. :..:. ..: ::::::.:::.. . .. . . . :.. .. KIAA08 PIGSATASSKGSYSSYQGIIATSLLNLGQIAEETLVEEDLGQAAKPGPGIVHLLQEAAEG 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 260 KIAA11 NENL-GRKSELSLDLDSDVVRETVDSLKLLAQGHGVVLSENMNDRNYADSMSQQDSRNMN . :.:. . :.. : : : . . :... .. :. :...:.. . KIAA08 AASEEGEKGLFIQPEDAEEVVE-VTTER----------SQDLCPQSLEDAASEESSKQKG 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 KIAA11 YVMLGKPMNNGLMEKMVEESDEEVCLSSLECLRNQCFDLARKLSETNPQERNPQQNMNIR . . .. :. :: ::: ... . .. : . .:.. ... . . KIAA08 ILSHEEEDEEEEEEEEEEEEDEE---------EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE 300 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 KIAA11 QHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLSPRSR--VFASCAKEDGCHERDDDTTSVN ... :. : : . . .: : :. ::. . :.. ..: ..:.:: : . KIAA08 EEAAPDVIFQEDTSHTSAQKAPEL-RGPESPSPKPEYSVIVEVRSDD---DKDEDTHSRK 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 KIAA11 S---DRSEEVFDMTKGNLTLLEKAIALETERAKAMREKMAMEAGRRDNMRSYEDQSPRQL : :.:: ::.::: :::.::::..:..... : : .:: : KIAA08 STVTDESEMQDMMTRGNLGLLEQAIALKAEQVRTVCEPGCPPA----------EQSQLGL 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 KIAA11 --PGEDRKPKSSDSHVKKPYY--DPSRTEKKESKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCP ::. :: .. :.: :: ::::.::.: ::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 GEPGKAAKPLDT---VRKSYYSKDPSRAEKREIKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCP 460 470 480 490 500 510 500 510 520 530 540 550 KIAA11 HKDRVPPEILAMHESVLKCPTPGCTGRGHVNSNRNSHRSLSGCPIAAAEKLAKAQEKHQ- ::::.:::::::::.:::::::::::.::::::::.:::::::::::::::::..::.: KIAA08 HKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQP 520 530 540 550 560 570 560 570 580 590 600 610 KIAA11 -SCDVSKSSQASDRVLRPMCFVKQLEIPQYG-YRNNVPTTTPRSNLAKELEKYSKTSFEY . : ::::. :::.:::::::::::.: :: :: :: .:::.::::::::.::..:.: KIAA08 QTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGSYRPNVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDY 580 590 600 610 620 630 620 630 640 650 660 670 KIAA11 NSYDNHTYGKRAIAPKVQTRDISPKGYDDAKRYCKDPSPSSSSTSSYAPSSSSNLSCGGG :.: ...::: .:::.:: . :::... : KIAA08 ASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETSPKAFQ-----C-------------------------- 640 650 660 680 690 700 710 720 730 KIAA11 SSASSTCSKSSFDYTHDMEAAHMAATAILNLSTRCREMPQNLSTKPQDLCATRNPDMEVD :::..: ::::::::::::::::: :::.::::::::: ... :.::: KIAA08 -----------FDYSQDAEAAHMAATAILNLSTRCWEMPENLSTKPQDL-PSKSVDIEVD 670 680 690 700 710 740 750 760 770 780 KIAA11 ENGTLDLSMNKQRPRDSCCP----------ILTPLEPM-----SPQQQAVMNNRCFQLGE :::::::::.:.: :.. : . .: . : .... . . : .. KIAA08 ENGTLDLSMHKHRKRENAFPSSSSCSSSPGVKSPDASQRHSSTSAPSSSMTSPQSSQASR 720 730 740 750 760 770 790 800 810 820 830 KIAA11 GDCWDLPVDYTKMKPRRIDEDESKDITP----------EDLDPFQEALEERRYPGEVTIP : :: :.::: :: :. :.: .. : .: . .: .:::.::::::. KIAA08 QDEWDRPLDYT--KPSRLREEEPEESEPAAHSFASSEADDQEVSEENFEERKYPGEVTLT 780 790 800 810 820 840 850 860 870 KIAA11 SPKPKYPQCKESKKDLIT---------------------LSGCPLADKSIRSMLATSSQE . : :. :. ::.:.: ::::::::::.:...:. : . KIAA08 NFKLKF-LSKDIKKELLTCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPLADKSLRNLMAAHSAD 830 840 850 860 870 880 880 890 900 910 920 930 KIAA11 LKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGIRIAQSKEDKEDQEPIRCPVPGCDGQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::...: .:.:::: : ..:::::: : KIAA08 LKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGVKVAPTKDDKEDPELMKCPVPGCVGL 890 900 910 920 930 940 940 950 960 970 980 990 KIAA11 GHITGKYASHRSASGCPLAAKRQKDGYLNGSQFSWKSVKTEGMSCPTPGCDGSGHVSGSF :::.::::::::::::::::.:::.: ::::.:::::.:.:: .:::::::::::..::: KIAA08 GHISGKYASHRSASGCPLAARRQKEGSLNGSSFSWKSLKNEGPTCPTPGCDGSGHANGSF 950 960 970 980 990 1000 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA11 LTHRSLSGCPRATSAMKKAKLSGEQMLTIKQRASNGIENDEEIKQLDEEIKELNESNSQM ::::::::::::: : ::.::::...:. : ..:. .:::::::::..::..::::::.: KIAA08 LTHRSLSGCPRATFAGKKGKLSGDEVLSPKFKTSDVLENDEEIKQLNQEIRDLNESNSEM 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA11 EADMIKLRTQITTMESNLKTIEEENKVIEQQNESLLHELANLSQSLIHSLANIQLPHMDP :: :..:..::..::.:::.::::::.::.:::.:. ::..:::.::.:::::.::::.: KIAA08 EAAMVQLQSQISSMEKNLKNIEEENKLIEEQNEALFLELSGLSQALIQSLANIRLPHMEP 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1120 1130 1140 1150 KIAA11 INEQNFDAYVTTLTEMYTNQDRYQSPENKALLENIKQAVRGIQV : ::::::::.:::.::.::: :::: :::.:::::::::: KIAA08 ICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVRGIQV 1130 1140 1150 1160 >>KIAA1050 ( 829 res) hh03308 (829 aa) initn: 2207 init1: 1572 opt: 2644 Z-score: 1636.4 bits: 314.2 E(): 5e-86 Smith-Waterman score: 2981; 56.977% identity (74.651% similar) in 860 aa overlap (353-1154:36-829) 330 340 350 360 370 380 KIAA11 QNMNIRQHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLSPRSR--VFASCAKEDGCHERDD .: :. ::. . :.. ..: ..:. 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KIAA10 VDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENAFPSSSSCSSSPGVKSPDASQRHSSTSAPSSSMTSPQ 370 380 390 400 410 420 780 790 800 810 820 KIAA11 CFQLGEGDCWDLPVDYTKMKPRRIDEDESKDITP----------EDLDPFQEALEERRYP : .. : :: :.:::: : :. :.: .. : .: . .: .:::.:: KIAA10 SSQASRQDEWDRPLDYTK--PSRLREEEPEESEPAAHSFASSEADDQEVSEENFEERKYP 430 440 450 460 470 480 830 840 850 860 KIAA11 GEVTIPSPKPKYPQCKESKKDLIT---------------------LSGCPLADKSIRSML ::::. . : :. :. ::.:.: ::::::::::.:... KIAA10 GEVTLTNFKLKF-LSKDIKKELLTCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPLADKSLRNLM 490 500 510 520 530 540 870 880 890 900 910 920 KIAA11 ATSSQELKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGIRIAQSKEDKEDQEPIRCPV :. : .::::::::::::::::::::::::::::::::::...: .:.:::: : ..::: KIAA10 AAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGVKVAPTKDDKEDPELMKCPV 550 560 570 580 590 600 930 940 950 960 970 980 KIAA11 PGCDGQGHITGKYASHRSASGCPLAAKRQKDGYLNGSQFSWKSVKTEGMSCPTPGCDGSG ::: : :::.::::::::::::::::.:::.: ::::.:::::.:.:: .:::::::::: KIAA10 PGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAARRQKEGSLNGSSFSWKSLKNEGPTCPTPGCDGSG 610 620 630 640 650 660 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA11 HVSGSFLTHRSLSGCPRATSAMKKAKLSGEQMLTIKQRASNGIENDEEIKQLDEEIKELN :..:::::::::::::::: : ::.::::...:. : ..:. .:::::::::..::..:: KIAA10 HANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKLSGDEVLSPKFKTSDVLENDEEIKQLNQEIRDLN 670 680 690 700 710 720 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA11 ESNSQMEADMIKLRTQITTMESNLKTIEEENKVIEQQNESLLHELANLSQSLIHSLANIQ ::::.::: :..:..::..::.:::.::::::.::.:::.:. ::..:::.::.:::::. KIAA10 ESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNIEEENKLIEEQNEALFLELSGLSQALIQSLANIR 730 740 750 760 770 780 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA11 LPHMDPINEQNFDAYVTTLTEMYTNQDRYQSPENKALLENIKQAVRGIQV ::::.:: ::::::::.:::.::.::: :::: :::.:::::::::: KIAA10 LPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVRGIQV 790 800 810 820 >>KIAA0535 ( 1047 res) hg03847 (1047 aa) initn: 1341 init1: 722 opt: 2249 Z-score: 1392.5 bits: 269.5 E(): 1.9e-72 Smith-Waterman score: 2750; 43.015% identity (67.121% similar) in 1174 aa overlap (23-1154:1-1047) 10 20 30 40 50 60 KIAA11 LWACVLPGVTLPPFLGEKTSCKMEVDTEEKRHRTRSKGVRVPVEPAIQELFSCPTPGCDG :....:.: ::::::..::.. :::: KIAA05 MDAEAEDKTLRTRSKGTEVPMDSLIQEL---------- 10 20 70 80 90 100 110 120 KIAA11 SGHVSGKYARHRSVYGCPLAKKRKTQDKQPQEPAPKRKPFAVKADSSSVDECDDSDGTED .: : .:::: ..:. :. ::: . .: : .: :: KIAA05 -----------SVAYDCSMAKKRTAEDQALGVPVNKRKSLLMKPRHYS----PKADCQED 30 40 50 60 70 130 140 150 160 170 KIAA11 MDEKEEDEGEEEEEEEENEDHQMNCHNTRIMQDTEKDDNN--NDEYDNYDELVAKSLLNL ... ::.: : . . . .. : . . .: ..... .:.:. :.::..:::..: KIAA05 RSDRTEDDGPLETHGHSTAEEIMIKPMDESLLSTAQENSSRKEDRYSCYQELMVKSLMHL 80 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 230 KIAA11 GKIAEDAAYRARTESEMNSNTSNSLEDDSDKNENLGRKSELSLDLDSDVVRETVDSLKLL ::. .... .. .:. .:.. .::. .::. .. . . :: :. .:. . 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