# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06803.fasta.huge -Q ../query/KIAA1077.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1077, 818 aa vs ./tmplib.24314 library 1986687 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3751+/-0.0056; mu= 8.8594+/- 0.382 mean_var=147.6310+/-35.164, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.105557 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1247 ( 885 res) pj01452 ( 885) 2625 412.1 1.3e-115 >>KIAA1247 ( 885 res) pj01452 (885 aa) initn: 3810 init1: 2506 opt: 2625 Z-score: 2167.5 bits: 412.1 E(): 1.3e-115 Smith-Waterman score: 3916; 65.830% identity (85.066% similar) in 837 aa overlap (1-818:70-885) 10 20 30 KIAA10 DVELGSLQVMNKTRKIMEHGGATFINAFVT ::::::.:::::::.:::.::. ::::::: KIAA12 FLSHHRLKGRFQRDRRNIRPNIILVLTDDQDVELGSMQVMNKTRRIMEQGGTHFINAFVT 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 KIAA10 TPMCCPSRSSMLTGKYVHNHNVYTNNENCSSPSWQAMHEPRTFAVYLNNTGYRTAFFGKY ::::::::::.::::::::::.::::::::::::::.:: ::::::::.::::::::::: KIAA12 TPMCCPSRSSILTGKYVHNHNTYTNNENCSSPSWQAQHESRTFAVYLNSTGYRTAFFGKY 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 KIAA10 LNEYNGSYIPPGWREWLGLIKNSRFYNYTVCRNGIKEKHGFDYAKDYFTDLITNESINYF ::::::::.::::.::.::.:::::::::.::::.::::: ::.:::.::::::.:...: KIAA12 LNEYNGSYVPPGWKEWVGLLKNSRFYNYTLCRNGVKEKHGSDYSKDYLTDLITNDSVSFF 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 KIAA10 KMSKRMYPHRPVMMVISHAAPHGPEDSAPQFSKLYPNASQHITPSYNYAPNMDKHWIMQY . ::.:::::::.:::::::::::::::::.:.:.:::::::::::::::: ::::::.: KIAA12 RTSKKMYPHRPVLMVISHAAPHGPEDSAPQYSRLFPNASQHITPSYNYAPNPDKHWIMRY 220 230 240 250 260 270 220 230 240 250 260 270 KIAA10 TGPMLPIHMEFTNILQRKRLQTLMSVDDSVERLYNMLVETGELENTYIIYTADHGYHIGQ :::: ::::::::.:::::::::::::::.: .::::::::::.::::.::::::::::: KIAA12 TGPMKPIHMEFTNMLQRKRLQTLMSVDDSMETIYNMLVETGELDNTYIVYTADHGYHIGQ 280 290 300 310 320 330 280 290 300 310 320 330 KIAA10 FGLVKGKSMPYDFDIRVPFFIRGPSVEPGSIVPQIVLNIDLAPTILDIAGLDTPPDVDGK :::::::::::.:::::::..:::.:: : . :.:::::::::::::::::: : :.::: KIAA12 FGLVKGKSMPYEFDIRVPFYVRGPNVEAGCLNPHIVLNIDLAPTILDIAGLDIPADMDGK 340 350 360 370 380 390 340 350 360 370 380 390 KIAA10 SVLKLLDPEKPGNRFRTNKKAKIWRDTFLVERGKFLRKKEESSKNIQQSNHLPKYERVKE :.::::: :.: :::. .:: ..:::.:::::::.:.:..... . :. : ::::.:::. KIAA12 SILKLLDTERPVNRFHLKKKMRVWRDSFLVERGKLLHKRDNDKVDAQEENFLPKYQRVKD 400 410 420 430 440 450 400 410 420 430 440 450 KIAA10 LCQQARYQTACEQPGQKWQCIEDTSGKLRIHKCKGPSDLLTVRQSTRNLYARGFHDKDKE :::.:.::::::: ::::::.::..:::..:::::: : : . :: . . . .. KIAA12 LCQRAEYQTACEQLGQKWQCVEDATGKLKLHKCKGPMRLGGSR-ALSNLVPKYYGQGSEA 460 470 480 490 500 510 460 470 480 490 500 510 KIAA10 CSCRESGYRASRSQRKSQRQFLRNQGTPKYKPRFVHTRQTRSLSVEFEGEIYDINLEEEE :.: . :. : . :. .. : . ::: .:..:. ::...: .:..: ..: . KIAA12 CTCDSGDYKLSLAGRR-KKLFKK-----KYKASYVRSRSIRSVAIEVDGRVYHVGLGDAA 520 530 540 550 560 570 520 530 540 550 560 KIAA10 ELQVLQPRNIAKRHDEGHKGPRDLQASSGGN-RGRMLADSSNAVGPPTTVRVTHKCFILP ::::..::: : .:.: . ..::. : . .:..: ..:::.:.:: KIAA12 -----QPRNLTKRHWPG--APEDQDDKDGGDFSGTGGLPDYSAANP---IKVTHRCYILE 580 590 600 610 620 570 580 590 600 610 620 KIAA10 NDSIHCERELYQSARAWKDHKAYIDKEIEALQDKIKNLREVRGHLKRRKPEECSCSKQSY ::...:. .::.: .:::::: .::.:::.::.:::::::::::::...::::.: : :: KIAA12 NDTVQCDLDLYKSLQAWKDHKLHIDHEIETLQNKIKNLREVRGHLKKKRPEECDCHKISY 630 640 650 660 670 680 630 640 650 660 670 680 KIAA10 YNKEKGVKKQEKLKSHLHPFKEAAQEVDSKLQLFKENNRRRKKERKEKRRQRKGEECSLP ....:: :.. : ::::... :: : :. :..:. .:.:: :: .: .... ::.: KIAA12 HTQHKGRLKHRG--SSLHPFRKGLQEKD-KVWLLREQ-KRKKKLRKLLKRLQNNDTCSMP 690 700 710 720 730 690 700 710 720 730 740 KIAA10 GLTCFTHDNNHWQTAPFWNLGSFCACTSSNNNTYWCLRTVNETHNFLFCEFATGFLEYFD :::::::::.::::::::.:: ::::::.:::::::.::.:::::::::::::::::::: KIAA12 GLTCFTHDNQHWQTAPFWTLGPFCACTSANNNTYWCMRTINETHNFLFCEFATGFLEYFD 740 750 760 770 780 790 750 760 770 780 790 800 KIAA10 MNTDPYQLTNTVHTVERGILNQLHVQLMELRSCQGYKQCNPRPKNLDVGNKDGGSYDLHR .::::::: :.:.:..: .::::::::::::::.:::::::: .:.:.: ::::::. .: KIAA12 LNTDPYQLMNAVNTLDRDVLNQLHVQLMELRSCKGYKQCNPRTRNMDLGLKDGGSYEQYR 800 810 820 830 840 850 810 KIAA10 ------------------GQLWDGWEG ::::.:::: KIAA12 QFQRRKWPEMKRPSSKSLGQLWEGWEG 860 870 880 818 residues in 1 query sequences 1986687 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:14 2008 done: Thu Dec 18 15:08:15 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]