# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04848.fasta.huge -Q ../query/KIAA1063.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1063, 593 aa vs ./tmplib.24314 library 1986912 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0320+/-0.00923; mu= 4.5754+/- 0.627 mean_var=327.4824+/-77.211, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 13 in 2/38 Lambda= 0.070873 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120) 358 50.5 8.2e-07 KIAA1453 ( 1123 res) fh14729 (1123) 355 50.2 1e-06 KIAA1003 ( 917 res) hk09911 ( 917) 313 45.8 1.8e-05 KIAA1097 ( 980 res) hk07058 ( 980) 238 38.2 0.0038 KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371) 234 38.0 0.0061 >>KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120 aa) initn: 618 init1: 209 opt: 358 Z-score: 214.1 bits: 50.5 E(): 8.2e-07 Smith-Waterman score: 571; 30.404% identity (55.107% similar) in 421 aa overlap (193-585:726-1108) 170 180 190 200 210 220 KIAA10 KAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRE . : .::.:: :... . : : KIAA00 PTHKAKPQIPAERDREPSKLKRSYSSPDITQAIQEEEKRKPTVTPTVNRENKPTCYPKAE 700 710 720 730 740 750 230 240 250 260 270 KIAA10 LELLKHNPKRR--KITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFF-----LSD . :. . : . .. .: :: ::::::.:: :.: : ..: : :.: .: KIAA00 ISRLSASQIRNLNPVFGGSGPALTGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDD 760 770 780 790 800 810 280 290 300 310 320 330 KIAA10 RHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHIPYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFL .: .. . .. .. :.. ... ...:. : . . ..::: :::..:.: KIAA00 INRSNLLGHKGEVAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGKINDQFAGYSQQDSQELL 820 830 840 850 860 870 340 350 360 370 KIAA10 IAALDVLHRHCKGDDNGK--KANNPNHCN-----------------CIIDQIFTGGLQSD . .: ::. . :: : : .: .: . :: .: : ..: KIAA00 LFLMDGLHEDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKST 880 890 900 910 920 930 380 390 400 410 420 430 KIAA10 VTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRR : : .:: : :.. : .:: ::. :. :: :::: KIAA00 VQCLTCHKKSRTFEAFMYLSL----------PLASTSK-------------CTLQDCLRL 940 950 960 970 440 450 460 470 480 490 KIAA10 FTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSF :.. :.: .. .. :: :.. ..: :.. . ::: : ::::: .... ..:. : :.: KIAA00 FSKEEKLTDNNRFYCSHCRARRDSLKKIEIWKLPPVLLVHLKRFSYDGRWKQKLQTSVDF 980 990 1000 1010 1020 1030 500 510 520 530 540 550 KIAA10 PLE-LDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQH ::: ::.. .. . : :: .::.::.: :: : :..::::.. .. 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