# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh00176s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1028.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1028, 501 aa vs ./tmplib.24314 library 1987004 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0056+/-0.00979; mu= -9.8157+/- 0.665 mean_var=363.6633+/-87.987, 0's: 0 Z-trim: 31 B-trim: 132 in 1/39 Lambda= 0.067255 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0904 ( 1535 res) ha00554 (1535) 463 59.1 2.5e-09 KIAA0834 ( 453 res) hj05353 ( 453) 390 51.5 1.5e-07 KIAA0936 ( 640 res) hh04647 ( 640) 353 48.1 2.2e-06 KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066) 285 41.7 0.00031 KIAA1101 ( 467 res) hk08029 ( 467) 262 39.1 0.00082 KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 267 39.9 0.00099 KIAA0623 ( 1100 res) hg04615 (1100) 263 39.6 0.0014 KIAA0137 ( 801 res) ha02915s1 ( 801) 258 38.9 0.0015 KIAA1278 ( 1311 res) hg03689(revised) (1311) 248 38.2 0.0042 >>KIAA0904 ( 1535 res) ha00554 (1535 aa) initn: 388 init1: 186 opt: 463 Z-score: 259.4 bits: 59.1 E(): 2.5e-09 Smith-Waterman score: 671; 31.151% identity (59.722% similar) in 504 aa overlap (13-491:775-1225) 10 20 30 40 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRKDG .: : :. : .:.::::.::::. :: KIAA09 ITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGI-IGEGTYGQVYKAKDKDT 750 760 770 780 790 800 50 60 70 80 90 KIAA10 KDEKEYALKQI----EGTGISMSACREIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSD----RK--- . :::.. : :. ..: ::: .::.: : .:. .... ...: .: KIAA09 GE--LVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKG 810 820 830 840 850 860 100 110 120 130 140 150 KIAA10 -VWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRD .:.:.: .::: ... . ... .. .::.. :...:..: : . :::: KIAA09 AFYLVFEYMDHDLMGLLE--------SGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRD 870 880 890 900 910 160 170 180 190 200 KIAA10 LKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPL-KPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARH .: .:::. . : ..:.::.:.:::.:: .: .. :.:.::: :::::: .. KIAA09 IKCSNILLNNSG----QIKLADFGLARLYNSEESRPYTN---KVITLWYRPPELLLGEER 920 930 940 950 960 210 220 230 240 250 260 KIAA10 YTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDI :: :::.:. :::..::.:..::: : ... . ::. : . : : : :. KIAA09 YTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIF---QANLELA------QLELISRLCGSPCPAVWPDV 970 980 990 1000 1010 270 280 290 300 310 320 KIAA10 RKMPEYPTLQ--KDFRRTTYANSSLIKYMEKHKVKPDSKVFLLLQKLLTMDPTKRITSEQ :.: . :.. :..:: . :.: : : .. ::...::.::.:: :.:: KIAA09 IKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFI---------P-SAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQ 1020 1030 1040 1050 1060 330 340 350 360 370 KIAA10 ALQDPYFQEDPL-----PTLDVFAGCQIPYPKREFLNEDDP---EEKGDKNQQQQQNQHQ .::. .... : : : . :. . :.. .... :: .. ..... KIAA09 TLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSG 1070 1080 1090 1100 1110 1120 380 390 400 410 420 430 KIAA10 QPTAPPQQAA-APPQAPPPQQNSTQTNGTAGGAGAGVGGTGAGLQHSQDSSLNQVPPNKK : : .... :::: : . .: ::: ..: . : ::: KIAA09 TSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVES--------GAGDAIGLADITQQ------LNQSELAVL 1130 1140 1150 1160 1170 440 450 460 470 480 490 KIAA10 PRLGPSGANSGGPVMPSDYQ-HSSSRLNYQSSVQGSSQSQSTLGYSSSSQQSSQYHPSHQ : : .. . : : . . ::. .. :..... .:: :.: ..:.::.:. KIAA09 LNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEM--QQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEE 1180 1190 1200 1210 1220 1230 500 KIAA10 AHRY KIAA09 SLKEAPSAPVILPSAEQMTLEASSTPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEENNSDKNSG 1240 1250 1260 1270 1280 1290 >>KIAA0834 ( 453 res) hj05353 (453 aa) initn: 481 init1: 160 opt: 390 Z-score: 227.6 bits: 51.5 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 573; 33.542% identity (63.950% similar) in 319 aa overlap (25-342:124-410) 10 20 30 40 50 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRK-DGKDEKEYALKQI :.:.:.:. :::.. : .:: ... KIAA08 KESPKVRRHSSPSSPTSPKFGKADSYEKLEKLGEGSYATVYKGKSKVNGKLVALKVIRLQ 100 110 120 130 140 150 60 70 80 90 100 110 KIAA10 EGTGISMSACREIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRAS : : ..: :: .::. ::: :.. :. .. :. . . :.:.:.. :: . . KIAA08 EEEGTPFTAIREASLLKGLKHANIVLLHDII--HTKETLTLVFEYVHTDLCQYM------ 160 170 180 190 200 120 130 140 150 160 170 KIAA10 KANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADM .:.: : . :: .:.:.: :. :.: ..::::::: :.:. . :..:.::. KIAA08 --DKHPGGLHPDNVKLFLFQLLRGLSYIHQRYILHRDLKPQNLLI----SDTGELKLADF 210 220 230 240 250 180 190 200 210 220 230 KIAA10 GFARLFNSPLKPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIF :.:: . : . .. :::.::: :..:::. .:. .:.:..::::.:.. . : KIAA08 GLARAKSVPSHTYSNE---VVTLWYRPPDVLLGSTEYSTCLDMWGVGCIFVEMIQGVAAF 260 270 280 290 300 310 240 250 260 270 280 290 KIAA10 HCRQEDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDIRKMPEYPTLQKDFRRTTYANSSLI ..::. :::.::: :.: : . : ....:.. : : : :....: KIAA08 PG-MKDIQ-------DQLERIFLVLGTPNEDTWPGVHSLPHF----KPERFTLYSSKNL- 320 330 340 350 360 300 310 320 330 340 350 KIAA10 KYMEKHKVKPDSKVFLLLQKLLTMDPTKRITSEQALQDPYFQEDPLPTLDVFAGCQIPYP . .:.. ... : .::: .: .:.... ::. ::.. : : : KIAA08 -RQAWNKLSYVNHAEDLASKLLQCSPKNRLSAQAALSHEYFSDLP-PRLWELTDMSSIFT 370 380 390 400 410 420 360 370 380 390 400 410 KIAA10 KREFLNEDDPEEKGDKNQQQQQNQHQQPTAPPQQAAAPPQAPPPQQNSTQTNGTAGGAGA KIAA08 VPNVRLQPEAGESMRAFGKNNSYGKSLSNSKH 430 440 450 >>KIAA0936 ( 640 res) hh04647 (640 aa) initn: 545 init1: 169 opt: 353 Z-score: 206.4 bits: 48.1 E(): 2.2e-06 Smith-Waterman score: 555; 32.353% identity (58.556% similar) in 374 aa overlap (25-392:17-352) 10 20 30 40 50 60 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRKDGKDEKEYALKQIEGTGISM ..: :::: : .: .. . :.:... : KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIESGEL--IAIKKMKRKFYSW 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 KIAA10 SAC---REIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANK : ::. :..:.: ::. :..: . ..:. ....:.: ...:...:: . :: KIAA09 EECMNLREVKSLKKLNHANVVKLKEV-IRENDH-LYFIFEYMKENLYQLIK-----ERNK 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 KIAA10 KPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFAR .:.: .....::::.:. ..: . .:::::: :.: :: :: :::::.:.:: KIAA09 ---LFPESAIRNIMYQILQGLAFIHKHGFFHRDLKPENLLCMG--PEL--VKIADFGLAR 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 KIAA10 LFNSPLKPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQ . : : .: : : ::::::.:: . .:.. ::.::.:::.::. : .:.: . KIAA09 EIRSK-PPYTDY---VSTRWYRAPEVLLRSTNYSSPIDVWAVGCIMAEVYTLRPLFPGAS 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 KIAA10 EDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDIRKMPEYPTLQKDFRRTTYANSSLIKYME : : . .: .:.: : :: . .. . .:: . ..: . KIAA09 EI---------DTIFKICQVLGTPKKTDWPEGYQL----SSAMNFRWPQCVPNNLKTLIP 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 KIAA10 KHKVKPDSKVFLLLQKLLTMDPTKRITSEQALQDPYFQEDPLPTLDVFAGCQ-IPYPKRE . .:.. ::. .: :: :: :. :::. :::: : .. . : :.. KIAA09 N----ASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALRYPYFQVGH-PLGSTTQNLQDSEKPQKG 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 KIAA10 FLNEDDPEE--KGDKNQQQQQNQHQQPTAPPQQAAAPPQAPPPQQNSTQTNGTAGGAGAG .:.. : : : . : . .. .::. :: KIAA09 ILEKAGPPPYIKPVPPAQPPAKPHTRISSRQHQASQPPLHLTYPYKAEVSRTDHPSHLQE 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 KIAA10 VGGTGAGLQHSQDSSLNQVPPNKKPRLGPSGANSGGPVMPSDYQHSSSRLNYQSSVQGSS KIAA09 DKPSPLLFPSLHNKHPQSKITAGLEHKNGEIKPKSRRRWGLISRSTKDSDDWADLDDLDF 380 390 400 410 420 430 >>KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066 aa) initn: 342 init1: 119 opt: 285 Z-score: 168.0 bits: 41.7 E(): 0.00031 Smith-Waterman score: 351; 24.950% identity (54.890% similar) in 501 aa overlap (26-499:38-502) 10 20 30 40 50 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRKDGKDEKEYALKQIEG .:.:... :.:.:... : . : :.: :. KIAA07 APRPRPACAMEPGRGGTETVGKFEFSRKDLIGHGAFAVVFKGRHRE-KHDLEVAVKCINK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA10 TGISMSAC---REIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWLLFDYAEH-DLWHIIKFHR ... : .:: .:.:::: :..:: : .. .:.:...: . :: .. : KIAA07 KNLAKSQTLLGKEIKILKELKHENIVALYD-FQEMAN-SVYLVMEYCNGGDLADYLHAMR 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 KIAA10 ASKANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERG----- . : .. .. .: :: ... ::.. ..:::::: :::. . . .:. KIAA07 T---------LSEDTIRLFLQQIAGAMRLLHSKGIIHRDLKPQNILLSNPAGRRANPNSI 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 KIAA10 RVKIADMGFARLFNSPLKPLADL--DPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFA ::::::.:::: ..: . : : .:. : :::... ..:: :.:.:: : KIAA07 RVKIADFGFARYLQSNMMA-ATLCGSPM-----YMAPEVIM-SQHYDGKADLWSIGTIVY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 KIAA10 ELLTSEPIFHCRQ-EDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDIRKMPEYPTLQKDFR . ::.. :. . .:.. :.. . . .. : . . .:.. ::.. . KIAA07 QCLTGKAPFQASSPQDLRL---FYEKNKTLVPTI---PRETS-APLRQL-LLALLQRNHK 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 KIAA10 -RTTYANSSLIKYMEKH-KVKPDSKVFLLLQKLLTMDPTKRITSEQALQDPYFQEDPLPT : . . ... .:. . : . .. .: . : .: . KIAA07 DRMDFDEFFHHPFLDASPSVRKSPPVPVPSYPSSGSGSSSSSSSTSHLASPPSLGEMQQL 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 KIAA10 LDVFAGCQIPYPKREFLNEDDPEEKGDKNQQQQQNQHQQ-PTAPPQQ--AAAPPQAPPPQ ..:. : ::. .. . :.:... . .. . :. : . : :: ::: KIAA07 QKTLAS---PADTAGFLH-SSRDSGGSKDSSCDTDDFVMVPAQFPGDLVAEAPSAKPPP- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 KIAA10 QNSTQTNGTAGGAGAGVGGTGAGLQHSQDSSLNQVPPNKKPRLGPSGANSGG---PV-MP .: . .:.. :.::. . : . : : . :. . : :: ... : :. .: KIAA07 -DSLMCSGSSLVASAGLESHGRTPSPSPPCSSS---PSPSGRAGPFSSSRCGASVPIPVP 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 KIAA10 SDYQHSSS-RLNYQSSVQGSSQSQSTLGYSSSSQ-----QSSQYHPSHQAHRY .. :. . . : :: .: .. .:.. :.:.. ..: :.: : KIAA07 TQVQNYQRIERNLQSPTQFQTPRSSAIRRSGSTSPLGFARASPSPPAHAEHGGVLARKMS 460 470 480 490 500 510 KIAA07 LGGGRPYTPSPQVGTIPERPGWSGTPSPQGAEMRGGRSPRPGSSAPEHSPRTSGLGCRLH 520 530 540 550 560 570 >>KIAA1101 ( 467 res) hk08029 (467 aa) initn: 240 init1: 79 opt: 262 Z-score: 160.3 bits: 39.1 E(): 0.00082 Smith-Waterman score: 272; 25.654% identity (51.832% similar) in 382 aa overlap (65-407:3-365) 40 50 60 70 80 90 KIAA10 YKARRKDGKDEKEYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWL :: . . .:::... :. ... .:: KIAA11 TPEIQAMSQCHHPNIVSYYTSFVVKDE--LWL 10 20 30 100 110 120 130 140 150 KIAA10 LFDY-AEHDLWHIIKFHRASKANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKP .. . .. ::: : ..:...: : .: . ..: ..:.:..::: : .:::.: KIAA11 VMKLLSGGSVLDIIK-HIVAKGEHKSGVLDESTIATILREVLEGLEYLHKNGQIHRDVKA 40 50 60 70 80 160 170 180 190 200 KIAA10 ANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLKPLADL--DPVVVTF-----WYRAPELLLG .::: .:: : :.:::.: . .. . .:. . : :: :. :::.. KIAA11 GNIL-LGED---GSVQIADFGVSAFLATG----GDITRNKVRKTFVGTPCWM-APEVMEQ 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 260 KIAA10 ARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEDIKTSN-PFHHDQLDRIFSVMGFPADKD .: : :::..: :: :. .: . .:. ...: . .:. : KIAA11 VRGYDFKADIWSFGITAIELATGAAPYH-KYPPMKVLMLTLQNDPPSLETGVQDKEMLKK 150 160 170 180 190 270 280 290 300 310 320 KIAA10 W-EDIRKMPEYPTLQKD-FRRTTYANSSLIKYMEKHKVKPDSKVFLLLQKLLTMDPT--- . ...::: :::: .: : :. :...: : : .: .: : :: KIAA11 YGKSFRKMISL-CLQKDPEKRPTAAELLRHKFFQKAKNKE-----FLQEKTLQRAPTISE 200 210 220 230 240 250 330 340 350 360 KIAA10 -----KRITSEQA-----------LQDPYFQEDPLPTLDVFAGCQIPYPKREFLNED--- .:. . .. .: :.:. ... . : :. . : . KIAA11 RAKKVRRVPGSSGRLHKTEDGGWEWSDDEFDEESEEGKAAISQLRSPRVKESISNSELFP 260 270 280 290 300 310 370 380 390 400 410 KIAA10 --DPEEKGDKNQQQQQNQHQQPTAP----PQQAAAPPQAPPPQQNSTQTNGTAGGAGAGV :: . .: . . ::.. : :.. :: : : . .. ..:. KIAA11 TTDPVGTLLQVPEQISAHLPQPAGQIATQPTQVSLPPTAEPAKTAQALSSGSGSQETKIP 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 KIAA10 GGTGAGLQHSQDSSLNQVPPNKKPRLGPSGANSGGPVMPSDYQHSSSRLNYQSSVQGSSQ KIAA11 ISLVLRLRNSKKELNDIRFEFTPGRDTAEGVSQELISAGLVDGRDLVIVAANLQKIVEEP 380 390 400 410 420 430 >>KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011 aa) initn: 210 init1: 86 opt: 267 Z-score: 158.9 bits: 39.9 E(): 0.00099 Smith-Waterman score: 273; 25.982% identity (56.798% similar) in 331 aa overlap (9-332:76-370) 10 20 30 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKV-GRGTYGHVYKA :::.:. ..: .: :::..:.. KIAA19 INSDFGSESGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEE----LHYIPIRVLGRGAFGEATLY 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 KIAA10 RRKDGKDEKEYALKQIEGTGISMSACR----EIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVW :: . :.. . :... : .: . : ::..: :.: :.:: . :.... . KIAA19 RRTE--DDSLVVWKEVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIE 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 KIAA10 LLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKP : . . . .:.. .: . . :: :.::.... .: .::::.: KIAA19 LEYCNGGNLYDKILR--------QKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKT 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 KIAA10 ANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLKPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKA ::.. . . .:..:.:.:. .:: . .:. .: : .: .::: :... :. KIAA19 LNIFLT----KANLIKLGDYGLAKKLNSEYS-MAE--TLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKS 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 KIAA10 IDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDIRKMP ::::.::.. :::: . : ..::.. . . .. .. .:.. ... . KIAA19 -DIWAVGCVIFELLTLKRTF-------DATNPLNL-CVKIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQ 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 KIAA10 E-YPTLQKDFRRTTYANSSLIK-YMEKHKVKPDSKVFLLLQKLLTMDPTKRITSEQALQD . :..: .. :. : . ..:.. . . :: :: :::: : . . KIAA19 MVHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTLL------NAPTKRPRSSTVTEA 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 KIAA10 PYFQEDPLPTLDVFAGCQIPYPKREFLNEDDPEEKGDKNQQQQQNQHQQPTAPPQQAAAP : KIAA19 PIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQ 370 380 390 400 410 420 >>KIAA0623 ( 1100 res) hg04615 (1100 aa) initn: 228 init1: 124 opt: 263 Z-score: 156.3 bits: 39.6 E(): 0.0014 Smith-Waterman score: 318; 26.044% identity (56.511% similar) in 407 aa overlap (10-402:63-411) 10 20 30 KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCK-VGRGTYGHVYKAR : : : : ::: ::.:... :...: KIAA06 HAGALRARGAAVLIPAPHCAARPSAVCPGGAAMEVVGD-FEYSKRDLVGHGAFAVVFRGR 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 KIAA10 RKDGKDEKEYALKQIEGTGISMSAC---REIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWLL ... : . : :.:.:. ..: : .:: .:.::.: :..:: : .. .:.:. 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