# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk09911.fasta.huge -Q ../query/KIAA1003.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1003, 917 aa vs ./tmplib.24314 library 1986588 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7388+/-0.00672; mu= 16.2467+/- 0.458 mean_var=176.5332+/-41.999, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.096530 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1097 ( 980 res) hk07058 ( 980) 3099 444.4 3e-125 KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120) 384 66.4 2.1e-11 KIAA0529 ( 952 res) hg02898s1 ( 952) 351 61.7 4.7e-10 KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371) 320 57.6 1.2e-08 KIAA1063 ( 593 res) hj04848 ( 593) 313 56.1 1.4e-08 KIAA1203 ( 727 res) fg03361 ( 727) 226 44.1 7.1e-05 KIAA1372 ( 773 res) fj03335 ( 773) 195 39.8 0.0015 KIAA0901 ( 1233 res) hk09716 (1233) 186 38.9 0.0045 >>KIAA1097 ( 980 res) hk07058 (980 aa) initn: 2667 init1: 2469 opt: 3099 Z-score: 2340.5 bits: 444.4 E(): 3e-125 Smith-Waterman score: 3767; 59.957% identity (81.701% similar) in 929 aa overlap (4-917:69-980) 10 20 30 KIAA10 AQARMGDSRDLCPHLDSIGEVTKEDLLLKSKGT .:. :. ::::::.::.:::::. :: :: KIAA10 LLVELAGPAGQAVEVLPHFESLGKQEKIPNKMSAFRNHCPHLDSVGEITKEDLIQKSLGT 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 KIAA10 CQSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADHSTIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKE ::.: : ::::::::. : ::::::: .::::::.: :: :::::::.:.::::: :: KIAA10 CQDCKVQGPNLWACLENRCSYVGCGESQVDHSTIHSQETKHYLTVNLTTLRVWCYACSKE 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 KIAA10 VFLEQRLAA----PLLGSSSKFSE---QDSPPPSHPLKAVP-IAVADEGESES-EDDDLK :::...:.. : . . ...: :: ::. .: .:: :. . :. :.:.:. 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KIAA10 EDPQTITTEETMEEDKSQSDVDFQSCESCSNSDRAENENGSRCFSEDNNETTMLIQDDEN 340 350 360 370 380 390 330 340 350 360 370 380 KIAA10 RVISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDQPAEAQPPSPRSSSPCRTPE :. .:. :. ...::: . : : :. ..: . . . . :. : KIAA10 NSEMSKDWQKE-KMCNKINKVNSEG-EFDKDRDSISETVDLNNQ---ETVKVQIHSRASE 400 410 420 430 440 390 400 410 420 430 KIAA10 PDNDAHLRSSSRPCSPVHHHEG-HAKLSSSPPRASPVR--MAPSYVLKKAQVLSAGSRRR .:.: . : : . . .:: . .::.:::... . .:: . :::: ::. .:. KIAA10 YITDVHSNDLSTP-QILPSNEGVNPRLSASPPKSGNLWPGLAPPH--KKAQ--SASPKRK 450 460 470 480 490 500 440 450 460 470 480 490 KIAA10 KE-QRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQN :. ..:::::::::::.:.: ::::::::::.:.:::::::::::::::::::::. . . 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KIAA00 EDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKSTVQCLTCHK 890 900 910 920 930 940 470 480 490 500 510 520 KIAA10 VSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFV : : :.:. ::::. :. . : KIAA00 KSRTFEAFMYLSLPL------------------ASTSKC--------------------- 950 960 530 540 550 560 570 580 KIAA10 VSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCI ::.::: : ..: .: . : .:. :...: .. .:: .: . 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KIAA05 CLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKF-SYVTPRAFKT 280 290 300 310 320 330 220 230 240 250 260 270 KIAA10 GIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLMDQLHEEL----KEPVVATVALTEARDSDSSDTDEK . :.: :: ::: ::.: :.: :::.: :.: . . ...: :. ..: KIAA05 QVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQ-LKDADGRP-DKVVAEEA 340 350 360 370 380 390 280 290 300 310 320 330 KIAA10 REGD--RSPS--EDEFLSCDSSSDRGEGDGQGRGGGSSQAETELLIPDEAGRVISEKERM :. :. : : : . .:. .. . : .: . :.. KIAA05 WENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVR 400 410 420 430 440 450 340 350 360 370 KIAA10 KDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDQ-PAEAQPPSP----R-----------SS : . : .. .. . :. ::..::. ::. . . : :: KIAA05 MDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSS 460 470 480 490 500 510 380 390 400 410 KIAA10 SPCRTP---------EPDNDAH------LRSSSRPCSPVHHHE----GHAKLSSSPPRAS : . .. : :: . : : .:: :. : . : . KIAA05 IMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNT 520 530 540 550 560 570 420 430 440 450 460 470 KIAA10 PVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDI-FDGSILSLVQCLTCDRVSTTVE-- .. .:. . .. ... .. . .: ..:. . .. : : KIAA05 EDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPD 580 590 600 610 620 630 480 490 500 510 KIAA10 --TFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLA------FI------ . :: : :.... .. .... . .. : : .. . .: :. : KIAA05 DESSQDQEL--PSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTED-TCKGQLTGHKKRLFTFQFNNL 640 650 660 670 680 690 520 530 KIAA10 ----VEYIR------RF---VVSCTPSWF----WGP------------------------ ..::. :: . : : : KIAA05 GNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYK 700 710 720 730 740 750 540 550 560 570 580 590 KIAA10 -----VVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFR : :.::. : . ..: ... . : ::. ....: . :: .: .::::: KIAA05 PPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFS 760 770 780 790 800 810 600 610 620 630 640 650 KIAA10 HEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQN . .. :... :.::.. ::. :: . .. :.:..: :.: :.::: :. .: KIAA05 YSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGP-CRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKN 820 830 840 850 860 660 670 680 690 700 710 KIAA10 VINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRF .:.:: :::. :. . : . . .:::::.. KIAA05 KDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIP 870 880 890 900 910 920 720 730 740 750 760 770 KIAA10 YVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGG KIAA05 LESDEDSNDNDNDIENENCMHTN 930 940 950 >>KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371 aa) initn: 534 init1: 136 opt: 320 Z-score: 247.4 bits: 57.6 E(): 1.2e-08 Smith-Waterman score: 326; 24.511% identity (46.284% similar) in 767 aa overlap (116-694:514-1273) 90 100 110 120 130 140 KIAA10 WCYACEKEVFLEQRLAAPLLGSSSKFSEQDSPPPS---HPLKAVPIAVADEGESESEDDD :: :. :. :.. . : : :. KIAA08 KARSEDTGLDSVATRTPMEHVTPKPETHLASPKPTCMVPPMPHSPVSGDSVEEEEEEEKK 490 500 510 520 530 540 150 160 170 180 190 KIAA10 LKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQFFLECGGLVRTD-KKPA-----LCKSY . :.::. ::::.:.::...:.::: : .:: . . .. . ..: : .. KIAA08 VCLPGFTGLVNLGNTCFMNSVIQSLSNTRELRDFFHDRSFEAEINYNNPLGTGGRLAIGF 550 560 570 580 590 600 200 210 220 230 240 250 KIAA10 QKLVSEVWHKKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLMDQLHEELKEPVV :. .:. . .. :..:. . .: ::::.:.:::. :.: :::.:.. . KIAA08 AVLLRALWKGTHHAFQ-PSKLKAIVASKASQFTGYAQHDAQEFMAFLLDGLHEDLNR--I 610 620 630 640 650 660 260 270 280 290 KIAA10 ATVALTEARDSDSSDTDE-------KREGDRSPSE--DEF-------LSCDSSSDRG--- . ::. :::. :: .:. :. : : : : : . . KIAA08 QNKPYTETVDSDGRP-DEVVAEEAWQRHKMRNDSFIVDLFQGQYKSKLVCPVCAKVSITF 670 680 690 700 710 300 310 320 330 KIAA10 ---------EGDGQ--------GRGGGSSQAETELLIPDE---AGRVI---SEKERMKDR . : .: :. . . . : :..:. :.. ..: . KIAA08 DPFLYLPVPLPQKQKVLPVFYFAREPHSKPIKFLVSVSKENSTASEVLDSLSQSVHVKPE 720 730 740 750 760 770 340 350 360 370 KIAA10 KFSWGQQRTN--------SEQVDEDADVDTAM--------------AALDQPAEAQPPS- .. .. : :...: . :: . ..:. . : :: KIAA08 NLRLAEVIKNRFHRVFLPSHSLDTVSPSDTLLCFELLSSELAKERVVVLEVQQRPQVPSV 780 790 800 810 820 830 380 390 400 KIAA10 PRSS-SPCRTPEPDNDAHLRSSSRP---------CSPVH---HH---------------- : :. . :. . ..: .:. .: :. .: :. KIAA08 PISKCAACQRKQQSEDEKLKRCTRCYRVGYCNQLCQKTHWPDHKGLCRPENIGYPFLVSV 840 850 860 870 880 890 410 420 430 KIAA10 --------------EGHAKLSSS---PPRASPVRMA-----PS-YVLKKAQVLSAGSRRR ::.:. : : :: .: ::: :. .: .. : ::. .: KIAA08 PASRLTYARLAQLLEGYARYSVSVFQPPF-QPGRMALESQSPGCTTLLSTGSLEAGDSER 900 910 920 930 940 950 440 450 460 470 480 KIAA10 K--EQRYRSVISDIFDGSI-LSLVQCLTCDR--VSTTVETFQDL---------SLP---- . .... . .:. : : :: : .: ... ::: KIAA08 DPIQPPELQLVTPMAEGDTGLPRVWAAP-DRGPVPSTSGISSEMLASGPIEVGSLPAGER 960 970 980 990 1000 1010 490 500 510 520 KIAA10 -------IPGKEDLAKLHSA------IYQ----NVPAKPGACGDSYAAQG---WLAFIV- .:: . .. .: ::. : . ::. : ::.. KIAA08 VSRPEAAVPGYQHPSEAMNAHTPQFFIYKIDSSNREQRLEDKGDTPLELGDDCSLALVWR 1020 1030 1040 1050 1060 1070 530 540 550 560 KIAA10 --EYIRRFVV------SCTPS-WFWGPVV-----TLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERC : ...::. :. . : .. ::..:: : . : .. . : .: KIAA08 NNERLQEFVLVASKELECAEDPGSAGEAARAGHFTLDQCLNLFTRPEVLAPEEAWYCPQC 1080 1090 1100 1110 1120 1130 570 580 590 600 610 620 KIAA10 KKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHE-VMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTS :. :.. : . :::..: ..:::: . .. :::. : ::...::: : . KIAA08 KQHREASKQLLLWRLPNVLIVQLKRFSFRSFIWRDKINDLVEFPVRNLDLSKFCIGQKEE 1140 1150 1160 1170 1180 1190 630 640 650 660 670 KIAA10 QITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQ--------WYEFDDQYVTEVHETVVQN :. .::: .:: :.: .::: : : . : . : :::. :: : :. : . KIAA08 QLPSYDLYAVINHYGGMIGGHYTA-CARLPNDRSSQRSDVGWRLFDDSTVTTVDESQVVT 1200 1210 1220 1230 1240 1250 680 690 700 710 720 730 KIAA10 AEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTF .::::::. . . : KIAA08 RYAYVLFYRRRNSPVERPPRAGHSEHHPDLGPAAEAAASQASRIWQELEAEEEPVPEGSG 1260 1270 1280 1290 1300 1310 >>KIAA1063 ( 593 res) hj04848 (593 aa) initn: 615 init1: 180 opt: 313 Z-score: 245.8 bits: 56.1 E(): 1.4e-08 Smith-Waterman score: 399; 31.086% identity (57.303% similar) in 267 aa overlap (435-687:352-587) 410 420 430 440 450 460 KIAA10 HAKLSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLT :.. . .. .:..:: :.. : : : . KIAA10 HLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQV 330 340 350 360 370 380 470 480 490 500 510 520 KIAA10 CDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIR : ::::.. : :.:: .::. :. . : .::. :. ... KIAA10 CHGVSTTIDPFWDISLDLPGS-------STPFW--PLSPGSEGNVVNGESH--------- 390 400 410 420 530 540 550 560 570 580 KIAA10 RFVVSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEI :: : .:: ::: : ..: .. .: :.. ....: . .:: . KIAA10 ---VSGT--------TTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIV 430 440 450 460 470 590 600 610 620 630 KIAA10 LCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQIT--------------TY :.:::::.: . ::...:::::: ::. ::.:. :... : KIAA10 ACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPLE-LDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKY 480 490 500 510 520 530 640 650 660 670 680 690 KIAA10 DLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSE .:..:. :.:: :::: .. .. . ::.. :: .:.. : ..:::.:::.: KIAA10 SLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFL 540 550 560 570 580 590 700 710 720 730 740 750 KIAA10 EAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYH KIAA10 EYE >>KIAA1203 ( 727 res) fg03361 (727 aa) initn: 341 init1: 209 opt: 226 Z-score: 179.4 bits: 44.1 E(): 7.1e-05 Smith-Waterman score: 313; 36.709% identity (58.228% similar) in 158 aa overlap (581-717:12-167) 560 570 580 590 600 610 KIAA10 AADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPL ::..: :::::::.: .:... :.::: KIAA12 QQGSITLSLWTLPDVLIIHLKRFRQEGDRRMKLQNMVKFPL 10 20 30 40 620 630 640 KIAA10 EGLDLRPFLAKECTSQITT---------------------YDLLSVICHHGTAGSGHYIA :::. : ..:. :. . ::: .: :::: .::: : KIAA12 TGLDMTPHVVKRSQSSWSLPSHWSPWRRPYGLGRDPEDYIYDLYAVCNHHGTMQGGHYTA 50 60 70 80 90 100 650 660 670 680 690 700 KIAA10 YCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPS ::.: ..: :: :::. : .. : : . .:.:::.. . :. . :.:. : KIAA12 YCKNSVDGLWYCFDDSDVQQLSEDEVCTQTAYILFYQRRT--AIPSWSANSSVAGSTSSS 110 120 130 140 150 710 720 730 740 750 760 KIAA10 LLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYN : . .::: KIAA12 LCEHWVSRLPGSKPASVTSAASSRRTSLASLSESVEMTGERSEDDGGFSTRPFVRSVQRQ 160 170 180 190 200 210 >>KIAA1372 ( 773 res) fj03335 (773 aa) initn: 261 init1: 92 opt: 195 Z-score: 155.8 bits: 39.8 E(): 0.0015 Smith-Waterman score: 253; 23.618% identity (44.556% similar) in 597 aa overlap (147-710:194-701) 120 130 140 150 160 170 KIAA10 PPPSHPLKAVPIAVADEGESESEDDDLKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQF : :. ::::.::.:. :::: . . 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