# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk09859.fasta.huge -Q ../query/KIAA1002.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1002, 962 aa vs ./tmplib.24314 library 1986543 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2008+/-0.0103; mu= -16.5187+/- 0.699 mean_var=566.2273+/-136.658, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053899 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0029 ( 974 res) ha00566 ( 974) 1014 94.3 8e-20 KIAA1994 ( 1117 res) bh00052 (1117) 324 40.7 0.0012 KIAA0669 ( 825 res) hk02346 ( 825) 293 38.1 0.0054 >>KIAA0029 ( 974 res) ha00566 (974 aa) initn: 2157 init1: 809 opt: 1014 Z-score: 447.8 bits: 94.3 E(): 8e-20 Smith-Waterman score: 2979; 49.605% identity (72.332% similar) in 1012 aa overlap (20-962:15-974) 10 20 30 40 50 60 KIAA10 KNQKKKLVEESVNKNKFISKTPSKEEIEKECEDTSLRQETQRRTSNHGHARKRAKSNSKL .: . ...: : .::. : :. .. :.:. 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KIAA19 IIHQGVQTSAPSLPQQLVIASQSSLLTVPPQPQ---GVEPVAQGIVSQQL--PAVSSLPS 820 830 840 850 860 870 710 720 730 740 750 760 KIAA10 NPSMVQWSHCKYYSMDQRGQKPGDLYSPDSSPQANTQMSSSPVTSPTQSPAPSPVTSLSS :. :. . . . . : .: :.. :. . .... : : .: : . :.: KIAA19 ASSISVTSQVSSTGPSGMPSAPTNLVPPQNIAQTPATQNGNLVQSVSQPPLIATNTNL-- 880 890 900 910 920 770 780 790 800 810 820 KIAA10 VCTGLSPLPVLTQFPRPGGPAQGDGRYSLLGQPLQYNLSICPPLLHGQSTYTVHQGQSGL :. :.: . .... . .:. .. : : : :. ..:. KIAA19 --------PLAQQIPLSSTQFSAQSLAQAIGSQIEDARRAAEPSLVGLPQ-TISGDSGGM 930 940 950 960 970 830 840 850 860 870 880 KIAA10 KHGNRGKRQALKSASTDLGTADVVLGRVLEVTDLPEGITRTEADKLFTQLAMSGAKIQWL . . :. ..: .... 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