# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06369.fasta.huge -Q ../query/KIAA0966.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0966, 1150 aa vs ./tmplib.23663 library 1986355 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6588+/-0.00604; mu= 8.3220+/- 0.410 mean_var=138.6013+/-33.083, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.108941 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0851 ( 607 res) hk06032 ( 607) 895 152.9 1.3e-37 KIAA0910 ( 1315 res) hg02207s1 (1315) 585 104.5 1.1e-22 KIAA0348 ( 1443 res) hg01551(revised) (1443) 573 102.6 4.3e-22 KIAA0274 ( 932 res) ha06690 ( 932) 253 52.2 4.3e-07 >>KIAA0851 ( 607 res) hk06032 (607 aa) initn: 949 init1: 438 opt: 895 Z-score: 766.9 bits: 152.9 E(): 1.3e-37 Smith-Waterman score: 1010; 37.986% identity (66.819% similar) in 437 aa overlap (164-594:121-529) 140 150 160 170 180 190 KIAA09 KPEKIIPSPDDSKFLLKTFTHIKSNVSAPNKKKVKESKEKEKLERRLLEELLKMFMDSES :: . . . . . . . .:. .. .. 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KIAA09 EKLHSVLKPQVQKFLDYGFFYFNGSEVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAK 390 400 410 420 430 440 500 510 520 530 540 550 KIAA09 QLKKLGVMPPEQP-LPVKCNRIYQIMWANNGDSISRQYAGTAALKGDFTRTGERKLAGVM ::. ::. :.: : .. ..... ::. ::::::. ::::.::.: . :: KIAA09 QLEALGLA--EKPQLVTRFQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEG------KAKL---- 450 460 470 480 560 570 580 590 600 610 KIAA09 KDGVNSANRYYLNRFKDAYRQAVID-LMQGIPVTEDLYSIFTKEKEHEALHKENQRSHQE :::. :..: : : :. .: .:: :. : .. :: KIAA09 KDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLADKARALLTTGSLRVSEQTLQSA 490 500 510 520 530 540 620 630 640 650 660 670 KIAA09 LISQLLQSYMKLLLPDDEKFHGGWALIDCDPSLIDATHRDVDVLLLLSNSAYYVAYYDDE KIAA09 SSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKLAGIQ 550 560 570 580 590 600 >>KIAA0348 ( 1443 res) hg01551(revised) (1443 aa) initn: 458 init1: 222 opt: 573 Z-score: 488.5 bits: 102.6 E(): 4.3e-22 Smith-Waterman score: 630; 32.093% identity (57.209% similar) in 430 aa overlap (171-583:55-431) 150 160 170 180 190 KIAA09 SPDDSKFLLKTFTHIKSNVSAPNKKKVKESKEKEKLERRLLEELLKMFMDSESFYYSLT- .:. : :.::. :: ...: ::.: KIAA03 FLVLVTGCTSVGRIPDAEIYKITATDFYPLQEEAKEEERLIA--LKKILSSGVFYFSWPN 30 40 50 60 70 80 200 210 220 230 240 250 KIAA09 ----YDLTNSVQRQSTGERDGRPLWQKVDDRFFWNKYMIQDLTEIGTPDVDFWIIPMIQG .::: .:.:. : : . ::::. . : . . : :.. .: : KIAA03 DGSRFDLTVRTQKQG----DDSSEW---GNSFFWNQLLHVPLRQHQVSCCD-WLLKIICG 90 100 110 120 130 260 270 280 290 300 310 KIAA09 FVQIEELVVNYTESSDDEKSSPETPPQESTCVDDIHPRFLVALISRRSRHRAGMRYKRRG : :. . ... : ..: :.:: : .:.: :.. :: KIAA03 VVTIRTVYASHK--------------QAKAC-----------LVSRVSCERTGTRFHTRG 140 150 160 320 330 340 350 360 370 KIAA09 VDKNGNVANYVETEQLIHVHNHTLSFVQTRGSVPVFWSQVGYRYNPRP-RLDRSEKETVA :. .:.:.:.:::::.:.. . . :::: :::::.:: : : . . . :: :. . .. KIAA03 VNDDGHVSNFVETEQMIYMDDGVSSFVQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHHLRLHRGLEANAP 170 180 190 200 210 220 380 390 400 410 420 430 KIAA09 YFCAHFEEQLNIYKKQVIINLVDQAGREKIIGDAYLKQVLLFNNSH---LTYVSFDFHEH : :. . : .::..::. . : :.... :. : ::. . : ...::::. KIAA03 AFDRHMVLLKEQYGQQVVVNLLGSRGGEEVLNRAFKK--LLWASCHAGDTPMINFDFHQF 230 240 250 260 270 280 440 450 460 470 480 KIAA09 CRGMKFENVQTLTDAIYDIILDMKWCWVDEAGVICK--------QEGIFRVNCMDCLDRT .: :.:...:: ..: : : :. : :.: .:.::.:::::: KIAA03 AKGGKLEKLETLLRP------QLKLHWEDF-DVFTKGENVSPRFQKGTLRMNCLDCLDRT 290 300 310 320 330 340 490 500 510 520 530 540 KIAA09 NVVQAAIARVVMEQQLKKLGVMPPEQPLPVKCNRIYQIMWANNGDSISRQYAGTAALKGD :.::. :: :.. ::: ::. .:. . . .. ::. :: :.:. ..:. ::.: KIAA03 NTVQSFIALEVLHLQLKTLGL--SSKPIVDRFVESFKAMWSLNGHSLSKVFTGSRALEG- 350 360 370 380 390 550 560 570 580 590 600 KIAA09 FTRTGERKLAGVMKDGVNSANRYYLNRFKDAYRQAVIDLMQGIPVTEDLYSIFTKEKEHE . .: .:::. : .: . : :. .: .: :. KIAA03 ------KAKVGKLKDGARSMSRTIQSNFFDGVKQEAIKLLLVGDVYGEEVADKGGMLLDS 400 410 420 430 440 450 610 620 630 640 650 660 KIAA09 ALHKENQRSHQELISQLLQSYMKLLLPDDEKFHGGWALIDCDPSLIDATHRDVDVLLLLS KIAA03 TALLVTPRILKAMTERQSEFTNFKRIRIAMGTWNVNGGKQFRSNVLRTAELTDWLLDSPQ 460 470 480 490 500 510 >>KIAA0274 ( 932 res) ha06690 (932 aa) initn: 508 init1: 131 opt: 253 Z-score: 219.2 bits: 52.2 E(): 4.3e-07 Smith-Waterman score: 481; 25.826% identity (53.453% similar) in 666 aa overlap (185-790:176-799) 160 170 180 190 200 210 KIAA09 IKSNVSAPNKKKVKESKEKEKLERRLLEELLKMFMD---SESFYYSLTYDLTNSVQRQST :..:.. : .::.: .:::..:.: . : KIAA02 GHAIYKVEDTNMIYIPNDSVRVTHPDEARYLRIFQNVDLSSNFYFSYSYDLSHSLQYNLT 150 160 170 180 190 200 220 230 240 250 260 KIAA09 GERDGRPLWQKVDDRFFWNKY----MIQD---LTEIGTPDVDFWIIPMIQGFVQIEEL-- : :: . . ... :. ...: .:. :. . :... .: :: KIAA02 VLR--MPL-EMLKSEMTQNRQESFDIFEDEGLITQGGSGVFGICSEPYMK-YVWNGELLD 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 KIAA09 VVNYTESSDDEKSSPETPPQESTCVDDIHPRFLVALISRRSRHRAGMRYKRRGVDKNGNV ... : : . .: . .: . :.::.::: . :: :. .::.. .:.: KIAA02 IIKSTVHRDWLLYIIHGFCGQSKLLIYGRPVY-VTLIARRSSKFAGTRFLKRGANCEGDV 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 KIAA09 ANYVETEQLI---HVHNHTL----SFVQTRGSVPVFWSQVGYRYNPRPRLDRSEKETVAY :: :::::.. : . : :.::.:::::..::: . :.: . .. . :. KIAA02 ANEVETEQILCDASVMSFTAGSYSSYVQVRGSVPLYWSQDISTMMPKPPITLDQADPFAH 330 340 350 360 370 380 380 390 400 410 420 KIAA09 FCA-HFEEQLNIYKKQVII-NLV---DQAGREKIIGDAYLKQVLLFNN----SH-LTYVS : ::..... . . .:: ::: .. .:.:... . : .:. : ..:. KIAA02 VAALHFDQMFQRFGSPIIILNLVKEREKRKHERILSEELVAAVTYLNQFLPPEHTIVYIP 390 400 410 420 430 440 430 440 450 460 KIAA09 FDFHEHCRGMKFENVQTLTDAIYDIILDM---------KWC--------WVDEAGVICK- .:. .. .. :. :: ..: . .. ..: : . .: . KIAA02 WDMAKYTKS-KLCNVLDRLNVIAESVVKKTGFFVNRPDSYCSILRPDEKWNELGGCVIPT 450 460 470 480 490 470 480 490 500 510 520 KIAA09 ---QEGIFRVNCMDCLDRTNVVQAAIARVVMEQQLKKLGVMP-PEQPLPVKCNRIYQIMW : ::.:.::.:::::::..: ... .. :: .::.. :. . . :... .. 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