# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05718.fasta.huge -Q ../query/KIAA0959.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0959, 820 aa vs ./tmplib.23663 library 1986685 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7704+/-0.00467; mu= 21.1488+/- 0.315 mean_var=161.7389+/-37.962, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.100848 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1308 ( 745 res) fh08652 ( 745) 1254 194.8 2.8e-50 KIAA0351 ( 590 res) hg01609 ( 590) 301 56.0 1.4e-08 KIAA0313 ( 1508 res) hg00186 (1508) 231 46.5 2.5e-05 KIAA0846 ( 691 res) hk05386 ( 691) 196 40.8 0.00058 KIAA0277 ( 583 res) ha06833 ( 583) 187 39.4 0.0013 >>KIAA1308 ( 745 res) fh08652 (745 aa) initn: 972 init1: 751 opt: 1254 Z-score: 994.6 bits: 194.8 E(): 2.8e-50 Smith-Waterman score: 1254; 53.619% identity (78.016% similar) in 373 aa overlap (276-641:174-539) 250 260 270 280 290 300 KIAA09 QFQKQEVETDNGLPNTISFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQLTYMDAQLFKKVVP :. .. : ::::::.: :::.::::::: KIAA13 TLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPPDLVAEQFTLMDAELFKKVVP 150 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 360 KIAA09 HHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKELKTQQRAKIIEKWI .:::: :::.:::: ..:::::::::..:::....::..: ::.. :. .::...:.:: KIAA13 YHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITTCLGNRSTKAPDRARVVEHWI 210 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 KIAA09 NIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRDRMLMFEELSDIFSDHNNHLT ..:.:::.::::::: ::.::::::::.:::::: : :: . .:..::.::::.::. 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KIAA03 -GG---HKKRVRRSSFLNAKKLYEDAQMA------RKVKQYLSNLELEMDEESLQTLSLQ 960 970 980 990 1000 550 560 570 580 590 600 KIAA09 IEAAADASTTSPKPRKSMVKRLSLLF--LGSDMITSPTPT-KEQPKSTASGSSGESMDSV : :... .: .: . .. : . ::.. .. : ..:: . . ..: .. .: KIAA03 CEPATNTLPKNPGDKKPVKSETSPVAPRAGSQQKAQSLPQPQQQPPPAHKINQGLQVPAV 1010 1020 1030 1040 1050 1060 610 620 630 640 650 660 KIAA09 SVSSCESNHSEAEEGSITP--MDTPDEPQKKLSESSSSCSSIHSMDTNSSGMSSLINPLS :. ..... .. : ...:. .: :: : . :. ..... .:. . :: KIAA03 SL---YPSRKKVPVKDLPPFGINSPQALKKILSLSEEGSLERHKKQAEDT-ISNASSQLS 1070 1080 1090 1100 1110 1120 670 680 690 700 710 720 KIAA09 SPPSCNNNPKIHKRSVSVTSITSTVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQ :::. .:. :. . . ..:: ....... : :. .:.. . :. .. . KIAA03 SPPT---SPQSSPRKGYTLAPSGTV--DNFSDSGHSEISSRSSIVSNSS--FDSVPVSLH 1130 1140 1150 1160 1170 730 740 750 760 770 780 KIAA09 DKTPAVIQRAMLKHNLDSDPAEEYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRK :. . .... :: :. ... 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