# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04979s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0942.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0942, 537 aa vs ./tmplib.23663 library 1986968 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.0692+/-0.00544; mu= 21.7411+/- 0.372 mean_var=110.3179+/-26.911, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 130 in 1/39 Lambda= 0.122110 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091) 1904 346.6 5.6e-96 KIAA0248 ( 1880 res) ha02775s1 (1880) 330 69.7 2.2e-12 KIAA0763 ( 843 res) hk04726 ( 843) 310 65.6 1.7e-11 KIAA1110 ( 740 res) hh04831b(revised) ( 740) 304 64.4 3.3e-11 KIAA0522 ( 1555 res) hg01393 (1555) 293 63.0 1.8e-10 KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 212 49.1 4.5e-06 KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944) 186 44.3 9.6e-05 KIAA1501 ( 735 res) hh12863 ( 735) 179 42.4 0.00014 KIAA0969 ( 1091 res) hj06525 (1091) 147 37.0 0.0084 >>KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091 aa) initn: 1920 init1: 981 opt: 1904 Z-score: 1815.0 bits: 346.6 E(): 5.6e-96 Smith-Waterman score: 1938; 59.010% identity (81.980% similar) in 505 aa overlap (45-535:595-1090) 20 30 40 50 60 70 KIAA09 GWSRRTPGVAMGSSWCLYGCCNAGVKTTRLEAHSEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEA .. ::. ::: : . ..:::: ....:: KIAA20 EPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEA 570 580 590 600 610 620 80 90 100 110 120 130 KIAA09 AKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNNEFSKLVAEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFS :.:::::::.:: :...:::.::::::.:::::: :::::: ::::::::.:: :.: .. 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KIAA20 MILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAP 860 870 880 890 900 910 380 390 400 410 420 430 KIAA09 SPEEMQGWINKINCVAAVFSAPPFPAAIGSQKKFSRPLLPATTTKLSQEEQLKSHESKLK : :.::.::..:: :::.:::::::::..:::::::::::...:.::::::...::.::: KIAA20 SLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLK 920 930 940 950 960 970 440 450 460 470 480 KIAA09 QITTELAEHRSYPPDKKVKAKDVDEYKLKDHYLEFEKTRYEMYVSIL----KEGGKEL-- ...:: :::. :: ..:...: . :. ::::::.:: :...: : :..:: KIAA20 AMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDA 980 990 1000 1010 1020 1030 490 500 510 520 530 KIAA09 ----LSNDESEAAGLKKSHSSPSLNPDTSPITAKVKRNVSERKDHRPETPSIKQKVT :.. : :: :::::::.: : ...:. :: :: . : ..: KIAA20 VEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSS-QPRAQRHSSE---PRPGAGSGRRKP 1040 1050 1060 1070 1080 1090 >>KIAA0248 ( 1880 res) ha02775s1 (1880 aa) initn: 383 init1: 215 opt: 330 Z-score: 314.3 bits: 69.7 E(): 2.2e-12 Smith-Waterman score: 340; 26.055% identity (56.079% similar) in 403 aa overlap (78-464:757-1130) 50 60 70 80 90 100 KIAA09 SEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNNEFSKLV .:. : . :. .. ... .. .... : KIAA02 GTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLLTIPMDNTEVAQWLRENPRLDKKMIGEFVSDRKNIDLL- 730 740 750 760 770 780 110 120 130 140 150 160 KIAA09 AEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFSLVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIASQDGV : ... :.: :. ::..:: ...:: : ::. .:.: :..:.. :: . .:..:. KIAA02 -ESFVSTFSFQGLRLDEALRLYLEAFRLPGEAPVIQRLLEAFTERWMNCNGSPFANSDAC 790 800 810 820 830 840 170 180 190 200 210 220 KIAA09 HCLTCAIMLLNTDLHGHNIGKK---MTCQEFIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIKNEK :. :...:::: :.::. :. :: .:: ::.::: : :: .:.:. .:..::::. KIAA02 FSLAYAVIMLNTDQHNHNVRKQNAPMTLEEFRKNLKGVNGGKDFEQDILEDMYHAIKNEE 850 860 870 880 890 900 230 240 250 260 270 KIAA09 LEWAVDDEEKKKSPSESTEEKA---NGTHPKTIS-RIGSTTNPF--LDIPHDPNAA---- . : ::. :. .. :. :. : :. ... . . . :. : KIAA02 I---VMPEEQTGLVRENYVWNVLLHRGATPEGIFLRVPTASYDLDLFTMTWGPTIAALSY 910 920 930 940 950 960 280 290 300 310 320 330 KIAA09 VYKSGFLARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVLYLQKDEYKPEKALSEEDLKNA :. ... :. ..: . . . :. . .. : : ::: :...: KIAA02 VFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMISAHYGLSDVFDNLIISLCK-----FTALSSESIENL 970 980 990 1000 1010 340 350 360 370 380 390 KIAA09 VSVHHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQSPEEMQGWINKINCVAAVFSAPPF :: ..:. . .::.: .: .:: : .. . .: : . KIAA02 PSV---FGSNPKAHIAAKTVFHLAHRHGDIL---------REGWKNIMEAMLQLFRAQLL 1020 1030 1040 1050 1060 400 410 420 430 440 450 KIAA09 PAAIGSQKKFSRPLLPATTTKLS-QEEQLKSH--ESKLKQITTELAEHRSYPPDKKVKAK : :. . : : . :.: :.:. :. :: . .... :. : : ...:.. KIAA02 PKAMIEVEDFVDP-----NGKISLQREETPSNRGESTVLSFVSWLTL--SGPEQSSVRGP 1070 1080 1090 1100 1110 460 470 480 490 500 510 KIAA09 DVDEYKLKDHYLEFEKTRYEMYVSILKEGGKELLSNDESEAAGLKKSHSSPSLNPDTSPI .... . : :: KIAA02 STENQEAKRVALECIKQCDPEKMITESKFLQLESLQELMKALVSVTPDEETYDEEDAAFC 1120 1130 1140 1150 1160 1170 >>KIAA0763 ( 843 res) hk04726 (843 aa) initn: 292 init1: 133 opt: 310 Z-score: 298.3 bits: 65.6 E(): 1.7e-11 Smith-Waterman score: 310; 30.808% identity (64.646% similar) in 198 aa overlap (78-269:439-630) 50 60 70 80 90 100 KIAA09 SEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLG-KNNEFSKL .:. : : ..:. ... :: ....:.. KIAA07 RIGLNLFNKKPEKGVQYLIERGFVPDTPVGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRD 410 420 430 440 450 460 110 120 130 140 150 160 KIAA09 VAEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFSLVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIA---S : . . .::. : ::..:: : . . ::.:. ::.. ::.:: ::: .. . KIAA07 VLDCVVDEMDFSTMELDEALRKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCICNPGVVRQFRN 470 480 490 500 510 520 170 180 190 200 210 220 KIAA09 QDGVHCLTCAIMLLNTDLHGHNIG--KKMTCQEFIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIK : . :. ::.:::::... :. .:: ..:: ::.::..: :. ...: ..:. :. KIAA07 PDTIFILAFAIILLNTDMYSPNVKPERKMKLEDFIKNLRGVDDGEDIPREMLMGIYERIR 530 540 550 560 570 580 230 240 250 260 270 280 KIAA09 NEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKTISRIGSTTNPFLDIPHDPNAAVYKSGFL ...:. .: . : ...:. : .: :. . . :..:: KIAA07 KRELK----TNEDHVSQVQKVEKLIVGKKP--IGSLHPGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFEV 590 600 610 620 630 640 290 300 310 320 330 340 KIAA09 ARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVLYLQKDEYKPEKALSEEDLKNAVSVHHAL KIAA07 PDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVTKIFQKKKNSVTYSFRQSFSLYGMQVLLFENQYYP 650 660 670 680 690 700 >>KIAA1110 ( 740 res) hh04831b(revised) (740 aa) initn: 280 init1: 139 opt: 304 Z-score: 293.1 bits: 64.4 E(): 3.3e-11 Smith-Waterman score: 304; 34.194% identity (71.613% similar) in 155 aa overlap (78-226:244-398) 50 60 70 80 90 100 KIAA09 SEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNN-EFSKL .:. : : ..:. ... ::... .:.. KIAA11 RIGLNLFNINPDKGIQFLISRGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRD 220 230 240 250 260 270 110 120 130 140 150 160 KIAA09 VAEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFSLVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIA---S : . . .::..: ::..:: : . . ::.:. ::.. ::.:: .:::... . KIAA11 VLDCVVDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFHN 280 290 300 310 320 330 170 180 190 200 210 220 KIAA09 QDGVHCLTCAIMLLNTDLHGHNI--GKKMTCQEFIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIK : . :. ::.:::::... :: .:: ..:: ::.::..:.:. ..:. ..:. :. KIAA11 PDTIFILAFAIILLNTDMYSPNIKPDRKMMLEDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERIQ 340 350 360 370 380 390 230 240 250 260 270 280 KIAA09 NEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKTISRIGSTTNPFLDIPHDPNAAVYKSGFL ...:. KIAA11 QKELKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSVPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAAHQREV 400 410 420 430 440 450 >>KIAA0522 ( 1555 res) hg01393 (1555 aa) initn: 258 init1: 132 opt: 293 Z-score: 279.8 bits: 63.0 E(): 1.8e-10 Smith-Waterman score: 293; 30.516% identity (63.380% similar) in 213 aa overlap (83-285:858-1064) 60 70 80 90 100 KIAA09 TEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDR--FKRSDVAKHLG-KNNEFSKLVAE . :.: ..:. ... :: ....:.. : . KIAA05 LNLFNKKPEKGIQYLIERGFLSDTPVGVAHFILERKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLD 830 840 850 860 870 880 110 120 130 140 150 160 KIAA09 EYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFSLVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIA---SQDG . .::..: ::..:: : . . . ::.:. ::.. ::.:: ::: . . : KIAA05 CVVDEMDFSSMDLDDALRKFQSHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCVCNPALVRQFRNPDT 890 900 910 920 930 940 170 180 190 200 210 220 KIAA09 VHCLTCAIMLLNTDLHGHNIG--KKMTCQEFIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIKNEK . :. ::.:::::... .. .:: ..:: ::.::..: :. .::: ..:. :.... KIAA05 IFILAFAIILLNTDMYSPSVKAERKMKLDDFIKNLRGVDNGEDIPRDLLVGIYQRIQGRE 950 960 970 980 990 1000 230 240 250 260 270 280 KIAA09 LEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHP--KTISRIGSTTNPFLDIPHDPNAAVYKSGFLA :. . :: . : ...:. : .: . : . ..: ::: . :. KIAA05 LR-TNDD---HVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCCQLYEVP-DPNRP-QRLGLHQ 1010 1020 1030 1040 1050 1060 290 300 310 320 330 340 KIAA09 RKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVLYLQKDEYKPEKALSEEDLKNAVSVHHALA :.. KIAA05 REVFLFNDLLVVTKIFQKKKILVTYSFRQSFPLVEMHMQLFQNSYYQFGIKLLSAVPGGE 1070 1080 1090 1100 1110 1120 >>KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414 aa) initn: 194 init1: 129 opt: 212 Z-score: 201.0 bits: 49.1 E(): 4.5e-06 Smith-Waterman score: 212; 28.421% identity (56.316% similar) in 190 aa overlap (233-418:2197-2375) 210 220 230 240 250 260 KIAA09 NEGVDFSKDLLKALYNSIKNEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKTISRIGSTTN .. ..: . .. : :... . :: . KIAA03 CTDGEPSQPLLGQQRLEHSSFPEGPGPGSGDEANGPRGERQTRTRGPAPSAMPQSRSTES 2170 2180 2190 2200 2210 2220 270 280 290 300 310 KIAA09 PFL-DIPH---DPNAAVYKSGFLARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVLYLQKD .: .:.: :.: :: . . :::. ..:.:.. : ::. : . :: KIAA03 AHAATLPPRGPEPSAQEQMEGMLCRKQEMEAFGKKA--ANRSWQNVYCVLRRGSLGFYKD 2230 2240 2250 2260 2270 2280 320 330 340 350 360 370 KIAA09 EYKPEKALSEEDLKNAVSVHHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQSPEEMQGW : .: . ::. .: .: : ::.:. .:::: : . :::... ::..: KIAA03 A-KAASAGVPYHGEVPVSLARAQGSVAFDYRKRKHVFKLGLQDGKEYLFQAKDEAEMSSW 2290 2300 2310 2320 2330 2340 380 390 400 410 420 430 KIAA09 INKINCVAAVFSAPPFPAAIGSQKKFSRPLLPATTTKLSQEEQLKSHESKLKQITTELAE . .: ::. .: .: : .. :..:.:: ... KIAA03 LRVVN--AAIATA---SSASGEPEE---PVVPSTTRGMTRAMTMPPVSPVGAEGPVVLRS 2350 2360 2370 2380 2390 440 450 460 470 480 490 KIAA09 HRSYPPDKKVKAKDVDEYKLKDHYLEFEKTRYEMYVSILKEGGKELLSNDESEAAGLKKS KIAA03 KDGREREREKRFSFFKKNK 2400 2410 >>KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944 aa) initn: 186 init1: 95 opt: 186 Z-score: 177.1 bits: 44.3 E(): 9.6e-05 Smith-Waterman score: 189; 25.338% identity (53.041% similar) in 296 aa overlap (169-458:830-1094) 140 150 160 170 180 190 KIAA09 TQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIASQDGVHCLTCAIMLLNTDL-HGH-NIGK-KMTCQEF ::: . :. .: : : ..: .. : KIAA14 SIDHDIAHIPASAVISASTSQVPSIATVPPCLTTSAPLIRRQLSHDHESVGPPSLDAQPN 800 810 820 830 840 850 200 210 220 230 240 250 KIAA09 --IANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIKNEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKT .. .::.: .. : .. ... : .. ...:: .: KIAA14 SKTERSKSYDEGLDDYREDAKLSFKHVSSLK---GIKIADSQKSSEDSG----------- 860 870 880 890 900 260 270 280 290 300 310 KIAA09 ISRIGSTTNPFLDIPHDPNAAVYKSGFLARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVL :: :... : : :: : :.: . . ::.. . : :: .:.::.: : KIAA14 -SRKDSSSEVFSD------AA--KEGWLHFRPLVTDKGKRVGGSIRPWKQMYVVLRGHSL 910 920 930 940 950 320 330 340 350 360 370 KIAA09 YLQKDEYKPEKALSEEDLKNAVSVHHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQSPE :: ::. . . . :::. . .::. : . . . :. :::.: :.: . : ::... . 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