# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02949.fasta.huge -Q ../query/KIAA0925.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0925, 479 aa vs ./tmplib.23663 library 1987026 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6890+/-0.00547; mu= 14.9797+/- 0.373 mean_var=100.2825+/-23.283, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.128074 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1942 ( 445 res) fg00781 ( 445) 186 44.9 1.4e-05 KIAA1242 ( 504 res) fh10406 ( 504) 146 37.5 0.0025 KIAA0413 ( 1237 res) hh00077s1 (1237) 149 38.6 0.0029 KIAA1547 ( 863 res) fh14154 ( 863) 141 36.9 0.0065 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 135 35.4 0.009 >>KIAA1942 ( 445 res) fg00781 (445 aa) initn: 331 init1: 133 opt: 186 Z-score: 192.2 bits: 44.9 E(): 1.4e-05 Smith-Waterman score: 186; 28.226% identity (59.677% similar) in 124 aa overlap (84-203:258-377) 60 70 80 90 100 110 KIAA09 IVTESAGGGSFLVIPLEQTGRIEPNYPKVCGHQGNVLDIKWNPFIDNIIASCSEDTSVRI :: .: :..:.: ....:::: :.:.:: KIAA19 RLLTGDCQKNIHLWTPTDGGSWHVDQRPFVGHTRSVEDLQWSPTENTVFASCSADASIRI 230 240 250 260 270 280 120 130 140 150 160 170 KIAA09 WEIPEGGLKRNMTEALLELHGHSRRVGLVEWHPTTNNILFSAGYDYKVLIWNL---DVGE :.: . : : : .:. :... : . .:.:.: : . ::.: : KIAA19 WDIRAAPSKACM---LTTATAHDGDVNVISWS-RQEPFLLSGGDDGALKIWDLRQFKSGS 290 300 310 320 330 340 180 190 200 210 220 KIAA09 PVKMIDCHTDVILCMSFNT-DGSLLTTTCKDKKLRVIEPRSGRVLQEANCKNHRVNRVVF :: . :. . . .. :....... :... 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