# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05129mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0911.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0911, 1056 aa vs ./tmplib.23663 library 1986449 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5834+/-0.00801; mu= -0.2305+/- 0.540 mean_var=263.4035+/-64.170, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.079025 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0726 ( 973 res) hk02972 ( 973) 2983 354.2 5e-98 >>KIAA0726 ( 973 res) hk02972 (973 aa) initn: 3219 init1: 1451 opt: 2983 Z-score: 1851.7 bits: 354.2 E(): 5e-98 Smith-Waterman score: 3405; 52.188% identity (80.256% similar) in 937 aa overlap (107-1024:40-962) 80 90 100 110 120 130 KIAA09 LRRPAPALAPAARLLLAGLLCGGGVWAARVNKHKPWLEPTYHGIVTENDNTVLLDPPLIA ::::::.: :.::: ::::::::.:::.: KIAA07 CELSGSTRVVVGVEALLTGASSPLPGVGPANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFA 10 20 30 40 50 60 140 150 160 170 180 190 KIAA09 LDKDAPLRFAESFEVTVTKEGEICGFKIHGQNVPFDAVVVDKSTGEGVIRSKEKLDCELQ ::::::::.: ::::::..::..:::.::..::.::::.::.:: .::: : KIAA07 LDKDAPLRYA----------GEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQ 70 80 90 100 110 200 210 220 230 240 250 KIAA09 KDYSFTIQAYDCGKGPDGTNVKKSHKATVHIQVNDVNEYAPVFKEKSYKATVIEGKQYDS :...:::::::::.::::.:.:::::::::..::::::.:::: :. :.:.: ::: :: KIAA07 KEHTFTIQAYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDR 120 130 140 150 160 170 260 270 280 290 300 310 KIAA09 ILRVEAVDADCSPQFSQICSYEIITPDVPFTVDKDGYIKNTEKLNYGKEHQYKLTVTAYD ::::::.:.:::::.:::: :::.::..:: .:.:: :.:::::.:. :. ::.:::::: KIAA07 ILRVEAIDGDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYD 180 190 200 210 220 230 320 330 340 350 360 370 KIAA09 CGKKRATEDVLVKISIKPTCTPGWQGWNNRIEYEPGTGALAVFPNIHLETCDEPVASVQA ::::::..:. :.:..:::: :.:::::.:::: ::.:.::.::.:.:::::::. ..:: KIAA07 CGKKRAADDAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQA 240 250 260 270 280 290 380 390 400 410 420 430 KIAA09 TVELETSHIGKGCDRDTYSEKSLHRLCGAAAGTAELLPSPSGSLNWTMGLPTDNGHDSDQ :.::.:::..::::::.:::..:..:::::.: ..::: :. . ::: :: . ..::. 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KIAA07 FLHRGHQPPPEMAGHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVS 840 850 860 870 880 890 970 980 990 1000 1010 KIAA09 RD------QDTGKENEMDWDDSALTITVNPMETYEDQHS--SEEEEEEEEEEESEDGEEE .. :. .. :::::::: :::::.:....: . ..:.:.: :.: KIAA07 GAGGPPGASSDPKDPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVA 900 910 920 930 940 950 1020 1030 1040 1050 KIAA09 DDITSAESESSEEEEGEQGDPQNATRQQQLEWDDSTLSY :. .: : KIAA07 DSPSSDERRIIETPPHRY 960 970 1056 residues in 1 query sequences 1986449 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:07 2008 done: Thu Dec 18 15:21:08 2008 Total Scan time: 0.660 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]