# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00554.fasta.huge -Q ../query/KIAA0904.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0904, 1535 aa vs ./tmplib.23663 library 1985970 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.8614+/-0.0134; mu= -38.5875+/- 0.907 mean_var=836.2172+/-202.822, 0's: 0 Z-trim: 26 B-trim: 13 in 2/38 Lambda= 0.044352 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1791 ( 653 res) fh26241 ( 653) 1338 101.9 4.4e-22 KIAA0834 ( 453 res) hj05353 ( 453) 511 48.8 2.9e-06 KIAA0936 ( 640 res) hh04647 ( 640) 494 47.8 7.9e-06 KIAA1028 ( 501 res) fh00176s1 ( 501) 463 45.8 2.6e-05 KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 434 44.5 0.00034 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 343 38.4 0.0091 >>KIAA1791 ( 653 res) fh26241 (653 aa) initn: 1475 init1: 1079 opt: 1338 Z-score: 488.2 bits: 101.9 E(): 4.4e-22 Smith-Waterman score: 1530; 44.294% identity (65.015% similar) in 666 aa overlap (936-1535:1-653) 910 920 930 940 950 960 KIAA09 KKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEE ::.. ::::::::::::::::::::::: KIAA17 RLFSVFFSRPYTNKVITLWYRPPELLLGEE 10 20 30 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA09 RYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNT :::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::.:::::::::::::::::::: KIAA17 RYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNT 40 50 60 70 80 90 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA09 MKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPP :::::::::.::::: :::.:::::.:.::.:::::::::::.:: .::.::: ::: :: KIAA17 MKPKKQYRRKLREEFVFIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPSKMPPP 100 110 120 130 140 150 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA09 DLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAP ::: :::::::::::::::.: :.. .. :. ::. . : . ....: :. 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KIAA08 SLPHFKPERFTLYSSKNLRQAWNKLSYV-NHAEDLASKLLQCSPKNRLSAQAALSHEYFS 350 360 370 380 390 400 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA09 DVELSKMAPPDLPHWQDCHELWS-KKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVK :. :: : . : ... . : : ..: KIAA08 DL------PPRLWELTDMSSIFTVPNVRLQPEAGESMRAFGKNNSYGKSLSNSKH 410 420 430 440 450 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA09 NSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNI >>KIAA0936 ( 640 res) hh04647 (640 aa) initn: 608 init1: 283 opt: 494 Z-score: 196.5 bits: 47.8 E(): 7.9e-06 Smith-Waterman score: 616; 27.941% identity (53.676% similar) in 544 aa overlap (771-1301:2-489) 750 760 770 780 790 800 KIAA09 EPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKD : ... .... : .:.::::.: ... KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRS 10 20 30 810 820 830 840 850 KIAA09 KDTGELVALKKVR--LDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKK ..:::.:.::.. . . .: .::.: :..: : .::..::.. . KIAA09 IESGELIAIKKMKRKFYSWEE---CMNLREVKSLKKLNHANVVKLKEVI----------R 40 50 60 70 860 870 880 890 900 910 KIAA09 DKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSN .. .:..:::: ..:. :.. : :. :...: :...:: . ::..:.:::.: : KIAA09 ENDHLYFIFEYMKENLYQLIKERNKLFPESAIRNIMYQILQGLAFIHKHGFFHRDLKPEN 80 90 100 110 120 130 920 930 940 950 960 970 KIAA09 ILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGC .: . .:.::::::: :. :::. : : ::: ::.:: :. ::::. :: KIAA09 LLCMGPELVKIADFGLAREIRSKP--PYTDYVSTRWYRAPEVLLRSTNYSSPIDVWAVGC 140 150 160 170 180 190 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA09 ILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLRE :..:..: .:.: . :. . : .. :.: . ::. .: ... . :. KIAA09 IMAEVYTLRPLFPGASEIDTIFKICQVLGTPKKTDWPEGYQLSSAMNFRWPQCVPNNLKT 200 210 220 230 240 250 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA09 EFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWS . : :..:: :: ::.:: :: :.:. :..: : : : KIAA09 LIPNASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALR----------------YPYFQVGHPLGS 260 270 280 290 300 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA09 KKRRRQR----QSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVESGAGD . : :.:.. . :: .:: ..: : .: .. : . KIAA09 TTQNLQDSEKPQKGILEKAGPPPYI-----------KPVPPAQP-PAKPHT-RISSRQHQ 310 320 330 340 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA09 AIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQM-AQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISA : ..:.. . . : : : . .: : : . .. :: : :. KIAA09 ASQPPLHLTYPYKAEVSRTDHPSHLQEDKPSPLLFPSLHNKHPQSKITAGLEHKNGEIKP 350 360 370 380 390 400 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA09 LTE-----ATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQMTLEASSTPADMQNILAVLL .. . . .::. : ..: .:: .. :. .. .: . : . KIAA09 KSRRRWGLISRSTKDSDDWADLDDLDFSPSLS-------RIDLKNKKRQSD--DTLCRFE 410 420 430 440 450 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA09 SQL-MKTQEPAGSLEENNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAAEKRPPEPPGPPPPPPPPPLV : : .: .::.:. .:: .. : :::. KIAA09 SVLDLKPSEPVGT---GNSAPTQTSYQRRDTPTLRSAAKQHYLKHSRYLPGISIRNGILS 460 470 480 490 500 510 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA09 EGDLSSAPQELNPAVTAALLQLLSQPEAEPPGHLPHEHQALRPMEYSTRPRPNRTYGNTD KIAA09 NPGKEFIPPNPWSSSGLSGKSSGTMSVISKVNSVGSSSTSSSGLTGNYVPSFLKKEIGSA 520 530 540 550 560 570 >>KIAA1028 ( 501 res) fh00176s1 (501 aa) initn: 388 init1: 186 opt: 463 Z-score: 187.2 bits: 45.8 E(): 2.6e-05 Smith-Waterman score: 671; 31.151% identity (59.722% similar) in 504 aa overlap (775-1225:13-491) 750 760 770 780 790 800 KIAA09 ITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGI-IGEGTYGQVYKAKDKDT .: : :. : .:.::::.::::. :: KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRKDG 10 20 30 40 810 820 830 840 850 860 KIAA09 GEL--VALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKG . :::.. : :. ..: ::: .::.: : .:. .... ...: .: KIAA10 KDEKEYALKQI----EGTGISMSACREIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSD----RK--- 50 60 70 80 90 870 880 890 900 910 KIAA09 AFYLVFEYMDHDLMGLLE--------SGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRD .:.:.: .::: ... . ... .. .::.. :...:..: : . :::: KIAA10 -VWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANKKPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRD 100 110 120 130 140 150 920 930 940 950 960 KIAA09 IKCSNILLNNSG----QIKLADFGLARLYNSEESRPYTNK---VITLWYRPPELLLGEER .: .:::. . : ..:.::.:.:::.:: .: .. :.:.::: :::::: .. 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KIAA10 ALQDPYFQEDPL-----PTLDVFAGCQIPYPKREFLNEDDP---EEKGDKNQQQQQNQHQ 330 340 350 360 370 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA09 TSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVES--------GAGDAIGLADITQQ------LNQSELAVL : : .... :::: : . .: ::: ..: . : ::: KIAA10 QPTAPPQQAA-APPQAPPPQQNSTQTNGTAGGAGAGVGGTGAGLQHSQDSSLNQVPPNKK 380 390 400 410 420 430 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA09 LNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEM--QQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEE : : .. . : : . . ::. .. :..... .:: :.: ..:.::.:. 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