# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06927.fasta.huge -Q ../query/KIAA0869.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0869, 888 aa vs ./tmplib.23663 library 1986617 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2346+/-0.00792; mu= -11.5948+/- 0.533 mean_var=235.3100+/-58.048, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 80 in 1/39 Lambda= 0.083609 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1280 ( 1032 res) hh03711(revised) (1032) 737 102.4 2.9e-22 >>KIAA1280 ( 1032 res) hh03711(revised) (1032 aa) initn: 1550 init1: 581 opt: 737 Z-score: 491.7 bits: 102.4 E(): 2.9e-22 Smith-Waterman score: 1792; 39.772% identity (64.901% similar) in 963 aa overlap (1-888:94-1032) 10 20 30 KIAA08 KKAITCGEKEKQDLIKSLAMLKDGFRTDRG :::: ::::..::..::: : :.:... . KIAA12 LQEIDRKMSSTHTSYKLDEAQAIMSELRTIKKAICTGEKERRDLMHSLAKLTDSFKNSCS 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 KIAA08 SHSDLWSSSSSLE-SSSFPLPKQYLDVSSQTDISGSFGINSNNQLAEKVRLRLRYEEAKR ..: . . .. .:.:. :..::::: : : ......:...::: .::::.. KIAA12 VTDSLVDFPHHVGVPGDAGVPQQFCDAGSQTDIIGEFVFDDKTRLVDRVRLNWQYEEARK 130 140 150 160 170 180 90 100 110 120 130 140 KIAA08 RIANLKIQLAKLDSEAWPGVLDSERDRLILINEKEELLKEMRFISPRKWTQGEVEQLEMA :.::.. :::.::.:.::.. ...:::: ::.::: ::.:...: .. . :.: .:: KIAA12 RVANIQQQLARLDNESWPSTAEADRDRLQLIKEKEALLQELQLIIAQRRSAGDVARLEEE 190 200 210 220 230 240 150 160 170 180 190 200 KIAA08 RKRLEKDLQAARDTQSKALTERLKLNSKRNQLVRELEEATRQVATLHSQLKSLSSSMQSL :.:::..:. :: :.... :::. :. ::: :. .:::::: .. :.:::::: .: .. KIAA12 RERLEEELRRARATSAQGATERILLQEKRNCLLMQLEEATRLTSYLQSQLKSLCASTLTV 250 260 270 280 290 300 210 220 230 240 250 260 KIAA08 SSGSSPGSLTSSRGSLVASSLDSSTSASFTDLYYDP-FEQLDSELQSKVEFLLLEGATGF ::::: :::.:::::: ::: : .:.::::.: : .:. :.: .. ..: :. KIAA12 SSGSSRGSLASSRGSL-ASSRGSLSSVSFTDIYGLPQYEKPDAEGSQLLRFDLI------ 310 320 330 340 350 270 280 290 300 310 320 KIAA08 RPSGCITTIHEDEVAKTQKAEGGGRLQALRSLSGTPKSMTSLSPRSSLSSPSPPCSPLMA : . .. .: : .. : . .. : ::.:..::: :::::: ::: ::: KIAA12 -P---FDSLGRD--APFSEPPGPSGFHKQRRSLDTPQSLASLSSRSSLSSLSPPSSPL-D 360 370 380 390 400 330 340 350 360 370 KIAA08 DPLLAG--DAFLNSLE--FEDPELSATLCELSLGNSAQERYRLEE---------PGT-EG :.: . :. : .: : : :.: : .: ::. : :: :: KIAA12 TPFLPASRDSPLAQLADSCEGPGLGA-LDRLRAHASAMGDEDLPGMAALQPHGVPGDGEG 410 420 430 440 450 460 380 390 400 410 420 KIAA08 KQ----------LGQAV----NTAQGCGLKVACVSAAVSDESVAGDSGVYEASVQRLGAS . .: .: ..:. .. .:: .:: :.:.::::.: ..: . KIAA12 PHERGPPPASAPVGGTVTLREDSAKRLERRARRISACLSDYSLASDSGVFEPLTKRNEDA 470 480 490 500 510 520 430 440 450 460 470 480 KIAA08 EAAAFDSDESEAVGATRIQIALKYDEKNKQFAILIIQLSNLSALLQQQDQKVNIRVAVLP : :. . :. : .:...: : .. . . ..::.: ..: ..: ::.::: . : KIAA12 EEPAYGDTASN--GDPQIHVGLLRDSGSECLLVHVLQLKNPAGLAVKEDCKVHIRVYLPP 530 540 550 560 570 580 490 500 510 520 530 540 KIAA08 CSESTTCLFRTRPLDASDTLVFNEVFWVSMSYPALHQKTLRVDVCTTDRSHLEECLGGAQ . .: . .. :. . ::::::: . . :: :.:.. ::.. . :: :: :: KIAA12 LDSGTPNTYCSKALEFQVPLVFNEVFRIPVHSSALTLKSLQLYVCSVTPQLQEELLGIAQ 590 600 610 620 630 640 550 560 570 580 590 KIAA08 ISLAEVCRSGERSTRWYNLLSYKYLK-KQSRELKPVGVMAPASGPA-------STDAVSA :.::. .: . ::... . . ...:: .: . : :: .::::.. KIAA12 INLADYDSLSEMQLRWHSVQVFTSSEPSRTREAGCAG-ESSARDPAHTISISGKTDAVTV 650 660 670 680 690 700 600 610 620 630 640 KIAA08 LLEQT-----AVELEKRQEGRSSTQTLEDSWRYEETSEN-EAVAEEEEEEVEEEEGEEDV :: .: ::: : .: . : :. ..:. :. ::..:. . . : . KIAA12 LLARTTAQLQAVERELAEERAKLEYTEEEVLEMERKEEQAEAISERSWQADSVDSGCSNC 710 720 730 740 750 760 650 660 670 KIAA08 ------FTEKASPDMD---GYP----------------ALKVDKETNTET----PAPSPT . : .: :.: :::::::::: : : . KIAA12 TQTSPPYPEPCCMGIDSILGHPFAAQAGPYSPEKFQPSPLKVDKETNTEDLFLEEAASLV 770 780 790 800 810 820 680 690 700 710 720 730 KIAA08 VVRPKDRRVGTPSQGPFLRGSTIIRSKTFSPGPQSQYVCRLNRSDSDSSTLSKKPPFVRN ::. : :.: :.:..::.::.::::: .::::::: ::::::::: .: ::::: KIAA12 KERPSRRARGSP----FVRSGTIVRSQTFSPGARSQYVCRLYRSDSDSSTLPRKSPFVRN 830 840 850 860 870 880 740 750 760 770 780 790 KIAA08 SLERRSVRMKRPSSVKSLRSERLIRTSLDLELDLQATRTWHSQLTQEISVLKELKEQLEQ .::::..:.:. : .: .: . ::::::::::::.:: . ::..:. .:.::...::. KIAA12 TLERRTLRYKQ--SCRSSLAELMARTSLDLELDLQASRTRQRQLNEELCALRELRQRLED 890 900 910 920 930 800 810 820 830 840 850 KIAA08 AKSHGEKELPQWLREDERFRLLLRMLEK--RMDRAEHKGELQTDKMMRAAAKDVHRLRGQ :. .:. .:: :. .:::.: ::: :. :. . ... : ..::.. :.:....:::: KIAA12 AQLRGQTDLPPWVLRDERLRGLLREAERQTRQTKLDYRHEQAAEKMLKKASKEIYQLRGQ 940 950 960 970 980 990 860 870 880 KIAA08 SCKEPPEVQSFREKMAFFTRPRMNIPALSADDV : ::: .::.::::.:::::::.::: : :::: KIAA12 SHKEPIQVQTFREKIAFFTRPRINIPPLPADDV 1000 1010 1020 1030 888 residues in 1 query sequences 1986617 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:29 2008 done: Thu Dec 18 15:19:29 2008 Total Scan time: 0.650 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]