# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01719s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0833.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0833, 1734 aa vs ./tmplib.23663 library 1985771 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9700+/-0.00708; mu= 10.9649+/- 0.481 mean_var=199.4781+/-46.888, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.090809 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0909 ( 1234 res) hk10471 (1234) 1484 208.3 8.4e-54 >>KIAA0909 ( 1234 res) hk10471 (1234 aa) initn: 3511 init1: 1197 opt: 1484 Z-score: 1057.8 bits: 208.3 E(): 8.4e-54 Smith-Waterman score: 3321; 42.272% identity (57.605% similar) in 1637 aa overlap (106-1729:44-1225) 80 90 100 110 120 130 KIAA08 KSVSQSVFCGTSTYCVLNTVPPIEDDHGNSNSSHVKIFLPKKLLECLPKCSSLPKERHRW :: :.:::::::::::::.: :: :: :: KIAA09 SPSPRPLRPGVTLPPGALTMNTKDTTEVAENSHHLKIFLPKKLLECLPRCPLLPPERLRW 20 30 40 50 60 70 140 150 160 170 180 190 KIAA08 NTNEEIAAYLITFEKHEEWLTTSPKTRPQNGSMILYNRKKVKYRKDGYCWKKRKDGKTTR :::::::.::::::::.:::. .:::::::::.::::::::::::::: ::::::::::: KIAA09 NTNEEIASYLITFEKHDEWLSCAPKTRPQNGSIILYNRKKVKYRKDGYLWKKRKDGKTTR 80 90 100 110 120 130 200 210 220 230 240 250 KIAA08 EDHMKLKVQGVECLYGCYVHSSIIPTFHRRCYWLLQNPDIVLVHYLNVPAIEDCGKPCGP ::::::::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::: :.: KIAA09 EDHMKLKVQGMECLYGCYVHSSIVPTFHRRCYWLLQNPDIVLVHYLNVPALEDCGKGCSP 140 150 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 KIAA08 ILCSINTDKKEWAKWTKEELIGQLKPMFHGIKWTCSNGNSSSGFSVEQLVQQILDSHQTK :.:::..:..:: ::..:::.::::::::::::.: ::.. ::::.:::::::.: :: KIAA09 IFCSISSDRREWLKWSREELLGQLKPMFHGIKWSC--GNGTEEFSVEHLVQQILDTHPTK 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 KIAA08 PQPRTHNCLCTGSLGAGGSVHHKCNSAKHRIISPKVEPRTGGYGSHSEVQHNDVSEGKHE : :::: :::.:.::.: :. :::.:.::::::::::::. .. . 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KIAA09 ---PASEMTM-EDMAPGQ--------LSSGVPEA---------PL-------LLMDYEAT 910 920 930 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA08 QVTGNPKGTSVGKEAAPSQVRPREPMSVLMMANREVVNTELGSYRDSAENEECGQPMDDI :::: . : : : : . :. . :. . : .: : KIAA09 ----NPKGPLSSLPALP-------PAS------------DDGA---APEDADSPQAVDVI 940 950 960 1460 1470 1480 1490 1500 1510 KIAA08 QVNMMTLAEHIIEATPDRIKQENFVPMESSGL---ERTDPATISSTMSWLASYLADADCL :.:..::..::::::.:::.:.:: . .: ::: . .: ::::::::: ..: . 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