# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04329.fasta.huge -Q ../query/KIAA0750.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0750, 1125 aa vs ./tmplib.23663 library 1986380 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7852+/-0.00679; mu= 4.1410+/- 0.461 mean_var=195.9710+/-48.352, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.091617 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1364 ( 811 res) fj02442 ( 811) 2504 344.2 4.6e-95 KIAA0903 ( 962 res) hk09970 ( 962) 325 56.2 2.6e-08 KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 330 57.3 3.2e-08 KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 217 41.9 0.00045 >>KIAA1364 ( 811 res) fj02442 (811 aa) initn: 2850 init1: 1778 opt: 2504 Z-score: 1798.5 bits: 344.2 E(): 4.6e-95 Smith-Waterman score: 2521; 48.898% identity (62.539% similar) in 953 aa overlap (167-1110:1-733) 140 150 160 170 180 190 KIAA07 DLRGLGAKKFYGKFCAGSIDHISIRQLQLILFKVALMLGVEIHVNVEFVKVLEPPEDQEN :.::::.::.:::::::: ...::::::: KIAA13 LLKVALILGIEIHVNVEFQGLIQPPEDQEN 10 20 30 200 210 220 230 240 250 KIAA07 QKIGWRAEFLPTDHSLSEFEFDVIIGADGRRNTLEGFRRKEFRGKLAIAITANFINRNST ..::::: : : .::.::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.: KIAA13 ERIGWRALVHPKTHPVSEYEFEVIIGGDGRRNTLEGFRRKEFRGKLAIAITANFINRNTT 40 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 310 KIAA07 AEAKVEEISGVAFIFNQKFFQDLKEETGIDLENIVYYKDCTHYFVMTAKKQSLLDKGVII :::::::::::::::::::::.:.: ::::::::::::: :::::::::::::::::::. KIAA13 AEAKVEEISGVAFIFNQKFFQELREATGIDLENIVYYKDDTHYFVMTAKKQSLLDKGVIL 100 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 KIAA07 NDYIDTEMLLCAENVNQDNLLSYAREAADFATNYQLPSLDFAMNHYGQPDVAMFDFTCMY .:: :::.:: :::.:. :::::::::::.:. ::::::::.::::::::::::::::: KIAA13 HDYADTELLLSRENVDQEALLSYAREAADFSTQQQLPSLDFAINHYGQPDVAMFDFTCMY 160 170 180 190 200 210 380 390 400 410 420 430 KIAA07 ASENAALVRERQAHQLLVALVGDSLLEPFWPMGTGCARGFLAAFDTAWMVKSWNQGTPPL ::::::::::...:::::::::::::::::::::: :::::::.:.::::.::. :: :: KIAA13 ASENAALVREQNGHQLLVALVGDSLLEPFWPMGTGIARGFLAAMDSAWMVRSWSLGTSPL 220 230 240 250 260 270 440 450 460 470 480 490 KIAA07 ELLAERESLYRLLPQTTPENINKNFEQYTLDPGTRYPNLNSHCVRPHQVKHLYITKELE- :.::::::.:::::::::::..::: ::..:: :::::.: . .:: ::.::: : : . KIAA13 EVLAERESIYRLLPQTTPENVSKNFSQYSIDPVTRYPNINVNFLRPSQVRHLYDTGETKD 280 290 300 310 320 330 500 510 520 530 540 550 KIAA07 -HYPLERLGSVRRSVNLSRKESDIRPSKLLTWCQQQTEGYQHVNVTDLTTSWRSGLALCA : .: : . : . .:.:.:: : :::: :::.::.:: ::::::: ::.::::::: KIAA13 IHLEMESLVNSRTTPKLTRNESVARSSKLLGWCQRQTDGYAGVNVTDLTMSWKSGLALCA 340 350 360 370 380 390 560 570 580 590 600 610 KIAA07 IIHRFRPELINFDSLNEDDAVENNQLAFDVAEREFGIPPVTTGKEMASAQEPDKLSMVMY ::::.::.::.::::.:... .:::::::.::.:.:: :. :::::::. :::::::::: KIAA13 IIHRYRPDLIDFDSLDEQNVEKNNQLAFDIAEKELGISPIMTGKEMASVGEPDKLSMVMY 400 410 420 430 440 450 620 630 640 650 660 670 KIAA07 LSKFYELFRGTPLRPVDSWRKNYGENADL-SLAKSSISN-NYLNLTFPRKRTPRVDGQTG :..:::.:. . : :. : :.: : . ..: :: . :. :. :::.:. : . KIAA13 LTQFYEMFKDS-LPSSDTLDLNAEEKAVLIASTRSPISFLSKLGQTISRKRSPK-DKKEK 460 470 480 490 500 680 690 700 710 720 KIAA07 ENDMNKRRRKGFTNLDEPSNFSSRS-----LGSNQECGSSKEGGNQNKVKSMANQLLAKF . : .::: . .: . . :. ... . . ::::::: ::.:::::: KIAA13 DLDGAGKRRKTSQSEEEEAPRGHRGERPTLVSTLTDRRMDVAVGNQNKVKYMATQLLAKF 510 520 530 540 550 560 730 740 750 760 770 780 KIAA07 EESTRNPSLMKQERRVSGIGKPVLCSSSGPPVHSCCPKPEEATPSPSPPLKRQFPSVVVT ::.. :. : ..:: KIAA13 EENA---------------------------------------PAQSIGIRRQ------- 570 580 790 800 810 820 830 840 KIAA07 GHVLRELKQVSAGSECLSRPWRARAKSDLQLGGTENFATLPSTRPRAQALSGVLWRLQQV : . . .: : :: : ..: :. :: :. KIAA13 ---LTQERGASQPSCCL--PGQVR----------------PAPTPR--------WK---- 590 600 850 860 870 880 890 900 KIAA07 EEKILQKRAQNLANREFHTKNIKEKAAHLASMFGHGDFPQNKLLSKGLSHTHPPSPPSRL .: KIAA13 ---------------------------------------------QG------------- 610 910 920 930 940 950 960 KIAA07 PSPDPAASSSPSTVDSASPARKEKKSPSGFHFHPSHLRTVHPQLTVGKVSSGIGAAAEVL KIAA13 ------------------------------------------------------------ 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA07 VNLYMNDHRPKAQATSPDLESMRKSFPLNLGGSDTCYFCKKRVYVMERLSAEGHFFHREC ::.: :: :::::::::::.:::::::::::::.:::: : KIAA13 --------------------SMKKEFPQNLGGSDTCYFCQKRVYVMERLSAEGKFFHRSC 620 630 640 650 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA07 FRCSICATTLRLAAYTFDCDEGKFYCKPHFIHCKTNSKQRKRRAELKQQREEEATWQEQE :.: :::::::.::..: ..::::::::. . .. :::: : . .:: :. KIAA13 FKCEYCATTLRLSAYAYDIEDGKFYCKPHYCYRLSGYAQRKRPA-VAPLSGKEAKGPLQD 660 670 680 690 700 710 1090 1100 1110 1120 KIAA07 APRRDTPTESSCAVAAIGTLEGSPPVHFSLPVLHPLLG . :. ... .... :: KIAA13 GATTDANGRANAVASSTERTPGSGVNGLEEPSIAKRLRGTPERIELENYRLSLRQAEALQ 720 730 740 750 760 770 >>KIAA0903 ( 962 res) hk09970 (962 aa) initn: 319 init1: 255 opt: 325 Z-score: 241.0 bits: 56.2 E(): 2.6e-08 Smith-Waterman score: 325; 28.968% identity (60.714% similar) in 252 aa overlap (511-755:170-406) 490 500 510 520 530 540 KIAA07 RPHQVKHLYITKELEHYPLERLGSVRRSVNLSRKESDIRPSKLLTWCQQQTEGYQHVNVT :.:: . ..::.::.. :..:. :..: KIAA09 PKTGVLNENTVSAGKDLSTSPKPSPIPSPVLGRKPNA--SQSLLVWCKEVTKNYRGVKIT 140 150 160 170 180 190 550 560 570 580 590 600 KIAA07 DLTTSWRSGLALCAIIHRFRPELINFDSLNEDDAVENNQLAFDVAEREFGIPPVTTGKEM ..:::::.::..:::.:.:::.::.. ::: .: :::. :.: . .:: . ..: KIAA09 NFTTSWRNGLSFCAILHHFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYD-GFASIGISRLLEPSDM 200 210 220 230 240 250 610 620 630 640 650 KIAA07 ASAQEPDKLSMVMYLSKFYELFRGTPLRPV----DSWRKNYGENADLSLAKSSISNN--Y . ::::... :: .. : : : : .: ...: . . ..::.... : KIAA09 VLLAIPDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVDQEKFY 260 270 280 290 300 310 660 670 680 690 700 710 KIAA07 LNLTFPRKRTPRVDGQ-TGENDMNKRRRKGFTNLDEPSNFSSRSLGSNQECGSSKEGGNQ .:. :: :... .: : : . :. .. ..: .. : .. .. KIAA09 AELS-DLKREPELQQPISGAVD--------FLSQDDSVFVNDSGVGESE---SEHQTPDD 320 330 340 350 360 720 730 740 750 760 770 KIAA07 NKVKSMANQLLAKFEESTRNPSLMKQERRVSGIGKPVLCSSSGPPVHSCCPKPEEATPSP . : :. . . .:. . ... :.:: : .::.. KIAA09 HLSPSTASPYCRRTKSDTEPQKSQQSSGRTSGSDDPGICSNTDSTQAQVLLGKKRLLKAE 370 380 390 400 410 420 780 790 800 810 820 830 KIAA07 SPPLKRQFPSVVVTGHVLRELKQVSAGSECLSRPWRARAKSDLQLGGTENFATLPSTRPR KIAA09 TLELSDLYVSDKKKDMSPPFICEETDEQKLQTLDIGSNLEKEKLENSRSLECRSDPESPI 430 440 450 460 470 480 >>KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414 aa) initn: 308 init1: 274 opt: 330 Z-score: 239.5 bits: 57.3 E(): 3.2e-08 Smith-Waterman score: 330; 29.756% identity (63.415% similar) in 205 aa overlap (455-657:141-337) 430 440 450 460 470 480 KIAA07 MVKSWNQGTPPLELLAERESLYRLLPQTTPENINKNFEQYTLDPGTRYPNLNSHCVRP-- ::..: . :. . .. :..:: . KIAA03 DGRNLLRLLEVLSGEILPKPTKGRMRIHCLENVDKAL-QFLKEQKVHLENMGSHDIVDGN 120 130 140 150 160 490 500 510 520 530 540 KIAA07 HQVKHLYITKELEHYPLERLGSVRRSVNLSRKESDIRPSKLLTWCQQQTEGYQHVNVTDL :.. . . .. .. . ::. : ::. . :: :::..: :: .::: .. KIAA03 HRLTLGLVWTIILRFQIQDI-SVETEDN---KEKKSAKDALLLWCQMKTAGYPNVNVHNF 170 180 190 200 210 220 550 560 570 580 590 600 KIAA07 TTSWRSGLALCAIIHRFRPELINFDSLNEDDAVENNQLAFDVAEREFGIPPVTTGKEMAS :::::.:::. ::.:. ::.:..:.::.. .: : : ::..::.:.:. . ... . KIAA03 TTSWRDGLAFNAIVHKHRPDLLDFESLKKCNAHYNLQNAFNLAEKELGLTKLLDPEDV-N 230 240 250 260 270 280 610 620 630 640 650 660 KIAA07 AQEPDKLSMVMYLSKFYELFRGTPLRPVDSWRKNYGENADLSLAKSSISNNYLNLTFPRK ...::. :.. :.. .:. : . .. . : :. : .. . ..: .: KIAA03 VDQPDEKSIITYVATYYHYF--SKMKALAVEGKRIGKVLDHAMEAERLVEKYESLASELL 290 300 310 320 330 340 670 680 690 700 710 720 KIAA07 RTPRVDGQTGENDMNKRRRKGFTNLDEPSNFSSRSLGSNQECGSSKEGGNQNKVKSMANQ KIAA03 QWIEQTIVTLNDRQLANSLSGVQNQLQSFNSYRTVEKPPKFTEKGNLEVLLFTIQSKLRA 350 360 370 380 390 400 >>KIAA1668 ( 791 res) fh11717 (791 aa) initn: 289 init1: 200 opt: 217 Z-score: 164.9 bits: 41.9 E(): 0.00045 Smith-Waterman score: 217; 29.508% identity (63.115% similar) in 122 aa overlap (1000-1118:89-209) 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA07 LYMNDHRPKAQATSPDLESMRKSFPLNLGGSDTCYFCKKRVYVMERLSAEGHFFHRECFR :.:: :...:....: :.:...::.::: KIAA16 APTPVESEDVAQGEELSSGSLSEQGTGQTPSSTCAACQQHVHLVQRYLADGRLYHRHCFR 60 70 80 90 100 110 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA07 CSICATTLRLAAYTFDCDEGKFYCKPHFIHCKTNSKQRKRRAEL---KQQREEEATWQEQ : :..:: .:: .:: : : : . .... : . . :::.... . . . KIAA16 CRRCSSTLLPGAYENGPEEGTFVCAEHCARLGPGTRSGTRPGPFSQPKQQHQQQLAEDAK 120 130 140 150 160 170 1090 1100 1110 1120 KIAA07 EAPRRDTPTESSCAVAAIGTLEGSPPVHFSLPVLHPLLG ..: :. :. : : ..:: .. ..: KIAA16 DVPG-GGPSSSAPAGAEADGPKASPEARPQIPTKPRVPGKLQELASPPAGRPTPAPRKAS 180 190 200 210 220 230 KIAA16 ESTTPAPPTPRPRSSLQQENLVEQAGSSSLVNGRLHELPVPKPRGTPKPSEGTPAPRKDP 240 250 260 270 280 290 1125 residues in 1 query sequences 1986380 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:34 2008 done: Thu Dec 18 15:14:35 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]