# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh19258.fasta.huge -Q ../query/KIAA0717.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0717, 751 aa vs ./tmplib.23663 library 1986754 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5841+/-0.00662; mu= 9.8385+/- 0.451 mean_var=186.1301+/-45.130, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.094008 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0740 ( 696 res) hk03989s1 ( 696) 1814 258.7 1.4e-69 KIAA0878 ( 687 res) hk07361 ( 687) 352 60.4 7e-10 >>KIAA0740 ( 696 res) hk03989s1 (696 aa) initn: 3279 init1: 1811 opt: 1814 Z-score: 1340.8 bits: 258.7 E(): 1.4e-69 Smith-Waterman score: 3282; 67.972% identity (85.315% similar) in 715 aa overlap (25-735:1-694) 10 20 30 40 50 60 KIAA07 ACSAGRDVFLTLEATPSHVVVSRLMDSDMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARAC ::.::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA07 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARAC 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA07 NATLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFA :.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA07 NTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFA 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA07 YGRSDVVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVILVGCQLDLRYADLEAVNRAR :::::::::::::::::::.:::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::: KIAA07 YGRSDVVVLCFSIANPNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRAR 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA07 RPLARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQF :::::::: ..:::::::::::::::.::::::: :::::::::::::::::::::::: KIAA07 RPLARPIKRGDILPPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQF 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA07 WKSHLRNVQRPLLQAPFLPPKPPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQERV :::::..::.::::::::::: :::.: .:. :: . . : ::..::::::...::.. 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KIAA08 CTSDRGSCVSTTE-GIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN---QKT 230 240 250 260 270 250 260 270 280 290 KIAA07 HLRNVQRPLLQA--PFLPPK--PPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQER . .: . .. . ::. : . :. : . .:: :.::.. . KIAA08 SEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDL 280 290 300 310 320 330 300 310 320 330 340 350 KIAA07 VRIF-AHKIYLSTSSSKFYDLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHH .. :::: : . : :. :: . : : : : . . 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