# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg04739.fasta.huge -Q ../query/KIAA0713.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0713, 945 aa vs ./tmplib.23663 library 1986560 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8948+/-0.00504; mu= 16.0208+/- 0.343 mean_var=84.3685+/-19.754, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.139632 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0975 ( 1528 res) hj06890 (1528) 186 48.3 8.4e-06 KIAA0254 ( 1009 res) ha07011 (1009) 138 38.4 0.0052 >>KIAA0975 ( 1528 res) hj06890 (1528 aa) initn: 168 init1: 113 opt: 186 Z-score: 196.0 bits: 48.3 E(): 8.4e-06 Smith-Waterman score: 186; 37.374% identity (69.697% similar) in 99 aa overlap (645-742:53-145) 620 630 640 650 660 670 KIAA07 SVQLHAYISDTVYADYDPYAVAGVCNDHGKTYALYAITVHRRNLNSEEMWKTYRRYSDFH ::..: : : .. . : . .:::::: KIAA09 PNMATARTFGPEREAEPAKEARVVGSELVDTYTVYIIQV----TDGSHEWTVKHRYSDFH 30 40 50 60 70 680 690 700 710 720 730 KIAA07 DFHMRITEQFESLSSILKLPEKKTFNNMDRDFLEKRKKDLNAYLQLLLAPEMMKASPALA :.: ... . ..... : :: :: ... .:...:::.:::..::: ::: . .:: KIAA09 DLHEKLVAE-RKIDKNL-LPPKKIIGKNSRSLVEKREKDLEVYLQKLLAAFPGVTPRVLA 80 90 100 110 120 130 740 750 760 770 780 790 KIAA07 HYV-YDFLENKAYSKGKGDFARKMDTFVNPLRNSMRNVSNAVKSLPDSLAEGMTKMSDNM :.. . : : KIAA09 HFLHFHFYEINGITAALAEELFEKGEQLLGAGEVFAIGPLQLYAVTEQLQQGKPTCASGD 140 150 160 170 180 190 >>KIAA0254 ( 1009 res) ha07011 (1009 aa) initn: 306 init1: 138 opt: 138 Z-score: 145.9 bits: 38.4 E(): 0.0052 Smith-Waterman score: 308; 20.807% identity (49.172% similar) in 966 aa overlap (79-943:51-936) 50 60 70 80 90 100 KIAA07 RTSLPRGVIMLTEASLSIWGWGSLGIVLFLITFGPFVIFYL--TFYILCFVGGGLVV--- . .: .....: . ..::.... ::: KIAA02 ETVPPFQETPAGSSCHLNNLLSSRKLMAVGVLLGWLLVIHLLVNVWLLCLLSALLVVLGG 30 40 50 60 70 80 110 120 130 140 150 KIAA07 ---TLLFGKTNSEKYLEQCEHSFLP-PTSPGVPKCLEEMKREARTIKIDRRLTGANIIDE . : : .... .::. :.: : : :. ....:: :.: KIAA02 WLGSSLAGVASGRLHLER----FIPLATCPPCPEAERQLERE-----INR---------- 90 100 110 120 160 170 180 190 200 210 KIAA07 PLQQVIQFSLRDYVQYWYYTLSDDESFLLEIRQTLQNALIQFATRSKEIDWQPYFTTRIV .::. .::.: :: ..:.. .: :.. .... . .. : . .: . . .. 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