# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02959.fasta.huge -Q ../query/KIAA0685.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0685, 939 aa vs ./tmplib.23663 library 1986566 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3308+/-0.00738; mu= 7.6193+/- 0.500 mean_var=235.0218+/-57.457, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.083660 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1558 ( 882 res) hj01607 ( 882) 1792 229.9 1.1e-60 KIAA1115 ( 895 res) hk05464 ( 895) 1218 160.6 7.8e-40 >>KIAA1558 ( 882 res) hj01607 (882 aa) initn: 1886 init1: 1314 opt: 1792 Z-score: 1181.5 bits: 229.9 E(): 1.1e-60 Smith-Waterman score: 2521; 46.382% identity (69.846% similar) in 912 aa overlap (12-878:3-862) 10 20 30 40 50 60 KIAA06 TRDFHRSSAAVTMFWKFDLNTTSHVDKLLDKEHVTLQELMDEDDILQECKAQNQKLLDFL .:::::::...::.: ::..: :::.:::::.:.::::::::.::..:: KIAA15 KTSMFWKFDLHSSSHIDTLLEREDVTLKELMDEEDVLQECKAQNRKLIEFL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA06 CRQQCMEELVSLITQDPPLDMEEKVRFKYPNTACELLTCDVPQISDRLGGDESLLSLLYD . .:.:.:::.: ..:: ::.::.:.:::: .::::: :: :..:::: ::::: ::. KIAA15 LKAECLEDLVSFIIEEPPQDMDEKIRYKYPNISCELLTSDVSQMNDRLGEDESLLMKLYS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA06 FLDHEPPLNPLLASFFSKTIGNLIARKTEQVITFLKKKDKFISLVLKHIGTSALMDLLLR :: .. ::::::::::::... ::.:: ::.. ::::: :..:..:::::::.:::::: KIAA15 FLLNDSPLNPLLASFFSKVLSILISRKPEQIVDFLKKKHDFVDLIIKHIGTSAIMDLLLR 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA06 LVSCVEPAGLRQDVLHWLNEEKVIQRLVELIHPSQDEDRQSNASQTLCDIVRLGRDQGSQ :..:.:: :::::.::::::.::::::..::::.:::.:::::.::.::::.::: : KIAA15 LLTCIEPPQPRQDVLNWLNEEKIIQRLVEIVHPSQEEDRHSNASQSLCEIVRLSRDQMLQ 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 KIAA06 LQEALEPDPLLTALESQDCVEQLLKNMFDGDRTESCLVSGTQVLLTLLETRRVGTEGLVD .:.. ::::::..::.:. .::::.:.: ...:: .::. :.::::::::: :: .. KIAA15 IQNSTEPDPLLATLEKQEIIEQLLSNIFHKEKNESAIVSAIQILLTLLETRRPTFEGHIE 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 KIAA06 SFSQGLERSY-AVSSSVLHGIEPRLKDFHQLLLNPPKKKAILTTIGVLEEPLGNARLHGA :. .: .:..:::..:. :: .::.:::.::::... :: :::. :.::.::. 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KIAA15 FADQDDIGNVSFDRVSDINFTLNTNE-SGNIALFEACCKERIQQFDDGGSDEEDIWEEKH 580 590 600 610 620 630 630 640 650 660 670 680 KIAA06 TRCAARVMARPRFGAPHASESCSKNGPERGGQDGKASLEAHRDAPGAGAPPAPGKKEAPP . . . : :. . :: ... .:: :..: :. .. : KIAA15 IAFTPESQRRSSSGSTDSEESTDSEE-----EDG-----AKQDL----FEPSSANTE-DK 640 650 660 670 690 700 710 720 730 740 KIAA06 VEGDSEAGAMWTAVFDEPANSTPTAPGVVRDVGSSVWAAGTSAP-EEKGWAKFTDFQPFC .: : :.: :: : ..: :: . .:::.::.. : .: :::.:..: KIAA15 MEVDLSEPPNWSANFDVPMETTHGAP--LDSVGSDVWSTEEPMPTKETGWASFSEFTSSL 680 690 700 710 720 730 750 760 770 780 790 800 KIAA06 CSESGPRCSSPVDTECSHAEGSRSQGPEKAFSPASPCAWNVCVTRKAP-LLASDSSSSGG .... : .:::. : : . ..: .: : . : .: .: ..::.: KIAA15 STKDSLRSNSPVEMETS----------TEPMDPLTPSAAALAVQPEAAGSVAMEASSDGE 740 750 760 770 780 810 820 830 840 850 KIAA06 SHSEDGDQKAASAMDAVSRGPGREAPPLPTVARTEEAV-----------GRVGCADSRLL .:. :. . ..:. : .:. : . :.:: :: :... ... KIAA15 EDAESTDKVTETVMN----GGMKETLSLTVDAKTETAVFKRVLKSYREEGKLSTSQDAAC 790 800 810 820 830 860 870 880 890 900 910 KIAA06 SPACPAPKEVTAAPAVAVPPEATVAITTALSKAGPAIPTPAVSSALAVAVPLGPIMAVTA . : :. . : :. :: .. KIAA15 KDAEECPETAEAKCAAPRPPSSSPEQRTGQPSAPGDTSVNGPV 840 850 860 870 880 >>KIAA1115 ( 895 res) hk05464 (895 aa) initn: 1924 init1: 1209 opt: 1218 Z-score: 807.0 bits: 160.6 E(): 7.8e-40 Smith-Waterman score: 2215; 42.088% identity (66.200% similar) in 929 aa overlap (6-875:8-892) 10 20 30 40 50 KIAA06 TRDFHRSSAAVTMFWKFDLNTTSHVDKLLDKEHVTLQELMDEDDILQECKAQNQKLLD : . .:::::::.:.::.: ::..: ..: ::.::.:.:::::. :.:::: KIAA11 APSARSRRPPSQGAMFWKFDLHTSSHLDTLLEREDLSLPELLDEEDVLQECKVVNRKLLD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA06 FLCRQQCMEELVSLITQDPPLDMEEKVRFKYPNTACELLTCDVPQISDRLGGDESLLSLL :: . .. .:. .::.:: . ::..:.:::..:::.:: :::::.: ::.:::::. : KIAA11 FLLQPPHLQAMVAWVTQEPPDSGEERLRYKYPSVACEILTSDVPQINDALGADESLLNRL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA06 YDFLDHEPPLNPLLASFFSKTIGNLIARKTEQVITFLKKKDKFISLVLKHIGTSALMDLL : ::. :::::::::::..: :: :::.:...::.::: :..:.:.::::::.:::: KIAA11 YGFLQSTGSLNPLLASFFSKVMGILINRKTDQLVSFLRKKDDFVDLLLQHIGTSAIMDLL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 KIAA06 LRLVSCVEPAGLRQDVLHWLNEEKVIQRLVELIHPSQDEDRQSNASQTLCDIVRLGRDQG :::..::: :::::..::::::..:::.: ::::.::...:::::.::::.::.:.: KIAA11 LRLLTCVERPQLRQDVVNWLNEEKIVQRLIEQIHPSKDENQHSNASQSLCDIIRLSREQM 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA06 SQLQEALEPDPLLTALESQDCVEQLLKNMFDGDRTESCLVSGTQVLLTLLETRRVGTEGL :.:.. ::: ::..::.:. .::::.:::.:....: .::: :::::::: :: .:.. KIAA11 IQVQDSPEPDQLLATLEKQETIEQLLSNMFEGEQSQSVIVSGIQVLLTLLEPRRPRSESV 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 KIAA06 -VDSF-----------SQGLERSYAVSSSVLHGIEPRLKDFHQLLLNPPKKKAILTTIGV :.:: .:: .: . : ..::...:::. ::::::.::: . . : :. KIAA11 TVNSFFSSVDGQLELLAQGALESTVSSVGALHALRPRLSCFHQLLLEPPKLEPLQMTWGM 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 KIAA06 LEEPLGNARLHGARLMAALLHTNTPSINQELCRLNTMDLLLDLFFKYTWNNFLHFQVELC : ::::.::: ..:.:. : .: ....:: :.. . .:::::.:..::::: ::: : KIAA11 LAPPLGNTRLHVVKLLASALSANDAALTHELLALDVPNTMLDLFFHYVFNNFLHAQVEGC 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 KIAA06 IAAILSHAAREERTEASGSESRVEPPHENGNRSLETPQPAASLPDNTMVTHLFQKCCLVQ ....:: . :: .. : ::: .: .: ::.:.: ::. KIAA11 VSTMLS----------------LGPPPDS---SPETPI------QNPVVKHLLQQCRLVE 430 440 450 470 480 490 500 510 520 KIAA06 RILEAWEANDHTQAAGGMRRGNMGHLTRIANAVVQNLERGPVQTHISEVIRGLPADCRGR ::: .:: ::..: ::: :.: ::::::.:.:.::: :.:: .. .... ::.. . . KIAA11 RILTSWEENDRVQCAGGPRKGYMGHLTRVAGALVQNTEKGPNAEQLRQLLKELPSEQQEQ 460 470 480 490 500 510 530 540 550 KIAA06 WESFVEETLTETNRRNTVDL------------------------------AFSDYQIQQM ::.:: :.:::..: ::: :: :.:.:.: KIAA11 WEAFVSGPLAETNKKNMVDLVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRM 520 530 540 550 560 570 560 570 580 590 600 610 KIAA06 TANFVDQFGFNDEEFADQDDNINAPFDRIAEINFNIDADEDSPSAALFEACCSDRIQPFD :. :.:.::::::::..:....:::::. :.:.:...::...:.: :.: : .:::: :: KIAA11 TSAFIDHFGFNDEEFGEQEESVNAPFDKTANITFSLNADDENPNANLLEICYKDRIQQFD 580 590 600 610 620 630 620 630 640 650 660 KIAA06 DDEDEDIWED------SDTRCAA---RVMAR-PRFGAPHASESCSKNGPERGGQDGKASL :::.:. :. :: . .: .:: :.: : . .: .: . .. . . KIAA11 DDEEEEDEEEAQGSGESDGEDGAWQGSQLARGARLGQPPGVRS---GGSTDSEDEEEEDE 640 650 660 670 680 690 670 680 690 700 710 720 KIAA06 EAHRDAPGAGAPPAPGKKE-APPVEGDSEAGAMWTAVFDEPANSTPTAPGVVRDVGSSVW : ..: : : : . : : . : :::.:: ...::.: : : KIAA11 EEEEDEEGIGCAARGGATPLSYPSPGPQPPGPSWTATFDPVPTDAPTSP---RVSGEEEL 700 710 720 730 740 730 740 750 760 770 780 KIAA06 AAGTSAPEEKGWAKFTDFQPFCCSESGPRCSSPVDTECSHAEGSRSQGPEKAFSPASPCA .: ::. : :. .. : .: .. : ::: : .: KIAA11 HTGPPAPQ--G--------PLSVPQGLPT-QSLASPPARDALQLRSQDPTPPSAPQEATE 750 760 770 780 790 790 800 810 820 830 KIAA06 WNVCVTRKAPLLASDSSSSGGSHSEDGDQKAASAMDAVSRGPGREAP------PLPTVAR . . .:: : : . . . : ..: :. :...: :. .: : : ... KIAA11 GSKVTEPSAPCQAL-VSIGDLQATFHGIRSAPSSSDSATRDPSTSVPASGAHQP-PQTTE 800 810 820 830 840 850 840 850 860 870 880 890 KIAA06 TEEAVGRVGCADSRLLSPACPAPKEVTAAPAVAVPPEATVAITTALSKAGPAIPTPAVSS :.. .: .:. . : : .:: . : KIAA11 GEKSPEPLGLPQSQSAQALTPPPIPNGSAPEGPASPGSQ 860 870 880 890 900 910 920 930 KIAA06 ALAVAVPLGPIMAVTAAPAMVATLGTVTKDGQMPRQKELP 939 residues in 1 query sequences 1986566 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:01 2008 done: Thu Dec 18 15:12:02 2008 Total Scan time: 0.650 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]