# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07567.fasta.huge -Q ../query/KIAA0684.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0684, 1218 aa vs ./tmplib.23663 library 1986287 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2161+/-0.00683; mu= 8.9688+/- 0.464 mean_var=205.1389+/-50.201, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.089547 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0126 ( 1075 res) ha03786 (1075) 738 108.8 4.6e-24 >>KIAA0126 ( 1075 res) ha03786 (1075 aa) initn: 610 init1: 326 opt: 738 Z-score: 523.8 bits: 108.8 E(): 4.6e-24 Smith-Waterman score: 1058; 27.253% identity (59.227% similar) in 932 aa overlap (339-1214:172-1068) 310 320 330 340 350 360 KIAA06 GASSLSSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA : .. :: ::.:. : :.:. : KIAA01 ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA 150 160 170 180 190 200 370 380 390 400 410 420 KIAA06 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPYG----FIQEL : . .:: :. .. : :. : .:. .. .. . :..:. KIAA01 VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV 210 220 230 240 250 260 430 440 450 460 470 KIAA06 VRTTHQDEEV--FKQIFIPILQGLALAAKECSLDSDYFKYPLMALGELCETKFGKTHPVC ... :::: : ...::... : : : . . :.: .. : . . . KIAA01 IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA 270 280 290 300 310 480 490 500 510 520 530 KIAA06 NLVASLRLWLPKSLSPGCGRELQRLSYLGAFFSFSVFAEDDVKVVEK--YFSGPAITL-E .. .. :: .: :. :. . ::...:.: . . :::. :: .:. . . KIAA01 KVF--VEYIQPK--DPTNGQMYQK-TLLGVILSISCLLKTP-GVVENHGYFLNPSRSSPQ 320 330 340 350 360 370 540 550 560 570 580 590 KIAA06 NTRVVSQSLQHYLELGRQELFKILHSIL-LNGETREAALSYMAAVVNANMKKAQMQTDD- . .: ...... .......:...: :. ::.. ::... ..:: .... ... KIAA01 EIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGRTKIWANQM 380 390 400 410 420 430 600 610 620 630 640 KIAA06 -----RLVSTDGFMLNFLWVLQQLSTKI------KLETVDPTYIFHPRCRITLPNDETRV .. ..:.:.::. .: .: . .: : .::: : . ::: : KIAA01 PEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTY-----CALKELNDEERK 440 450 460 470 480 650 660 670 680 690 700 KIAA06 --NATMEDVNDWLTELYGDQPPFSEPKFPTECFFLTLHAHHLSILPSCRRYIRRLRAIRE :. :. . : : : : .::::: . .: ...:. : :. : . KIAA01 IKNVHMRGL-DKETCLI---PAVQEPKFPQN---YNLVTENLA-LTEYTLYLGFHRLHDQ 490 500 510 520 530 710 720 730 740 750 KIAA06 LNRTVEDLKNNESQWKD-----SPLATRHREMLKRCKTQLKKLVRCKACADAGLLDESFL . . ..:. . :.: :: : :: :...:. . ... . ..: KIAA01 MVKINQNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLRE-------QFERLMTIYLSTKTAMTEPQML 540 550 560 570 580 590 760 770 780 790 800 810 KIAA06 RRCLNFYGLLIQLLLRIL---DPAYP-DITLPLNSDVPKVFAALPEFYVEDVAEFLFFIV . :::. . ::... . . : ..:.:: : . .: .:::.......::.:. KIAA01 QNCLNLQVSMAVLLVQLAIGNEGSQPIELTFPL-PDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLR 600 610 620 630 640 820 830 840 850 860 KIAA06 QYSPQALYEPCT--QDIVMFLVVMLCNQNYIRNPYLVAKLVEVMFMTNPAVQ----PRTQ ... . : . .. :.... . . ..::.: :::.::. . : .. : .. KIAA01 RFADDILETSADSLEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVS 650 660 670 680 690 700 870 880 890 900 910 920 KIAA06 KFFE---MIENHPLSTKLLVPSLMKFYTDVEHTGATSEFYDKFTIRYHISTIFKSLW--- . :. .. : . .: . .:.: ..:.: :: .: .::. : . :.. .: KIAA01 SVFHRKRVFCNFQYAPQL-AEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTD 710 720 730 740 750 760 930 940 950 960 970 KIAA06 ------QNIAHHGTFMEEFNSGKQFVRYINMLINDTTFLLDESLESLKRIHEVQEEMKNK ...: ... : . :.:..:.:.::. :::::... :..: ..:. :.. KIAA01 TYRESIKDLADYASKNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKI-KIQQIEKDR 770 780 790 800 810 820 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 EQWDQLPRDQQQARQSQLAQDERVSRSYLALATETVDMFHILTKQVQKPFLRPELGPRLA .::.: . .. ... : . ...: . ...::. . .::..... :..: :. :. KIAA01 GEWDSLTPEARREKEAGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERII 830 840 850 860 870 880 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA06 AMLNFNLQQLCGPKCRDLKVENPEKYGFEPKKLLDQLTDIYLQL-DCARFAKAIADDQRS .:::. ::.: ::: :::.. .. :.:..:.... :::.: : : .. : :: KIAA01 SMLNYFLQHLVGPKMGALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRS 890 900 910 920 930 940 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA06 YSKELFEEVISKMRKAGIKSTIAIEKFKLLAEKVEEIVAKNARAEIDYSDAPDEFRDPLM :: :: ... ..: . : : :. :::... .. . . : :.:: ::: ::.: KIAA01 YSPTLFAQTVRVLKKIN-KPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIM 950 960 970 980 990 1000 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA06 DTLMTDPVRLPSGTI-MDRSIILRHLLNSPTDPFNRQTLTESMLEPVPELKEQIQAWMRE .::: ::: :::. . .::: : ::::.. ::::::. :: ....: ::::.:: :. : KIAA01 STLMCDPVVLPSSRVTVDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAE 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA06 KQNSDH .. KIAA01 RKQQKEQLE 1070 1218 residues in 1 query sequences 1986287 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:59 2008 done: Thu Dec 18 15:12:00 2008 Total Scan time: 0.720 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]