# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02319.fasta.huge -Q ../query/KIAA0667.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0667, 1111 aa vs ./tmplib.23663 library 1986394 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9024+/-0.00509; mu= 18.0675+/- 0.346 mean_var=102.7642+/-24.382, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.126518 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0829 ( 1277 res) hh04834s1 (1277) 3147 586.0 1.2e-167 >>KIAA0829 ( 1277 res) hh04834s1 (1277 aa) initn: 4132 init1: 1741 opt: 3147 Z-score: 3102.0 bits: 586.0 E(): 1.2e-167 Smith-Waterman score: 4304; 55.248% identity (78.356% similar) in 1229 aa overlap (1-1111:56-1277) 10 20 30 KIAA06 SSLLEKMTSSDKDFRFMATSDLMSELQKDS :.:::::::::::::::::.:::.:::::: KIAA08 RRRQRQRAAAPAAPAGGIEAVNMASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDS 30 40 50 60 70 80 40 50 60 KIAA06 IQLDEDSERKVVKMLLRLLEDKNGEVQNLAVKWLG------------------------- :.::.:::::::::.:.::::::::::::::: :: KIAA08 IKLDDDSERKVVKMILKLLEDKNGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSD 90 100 110 120 130 140 70 KIAA06 ------------------VP-------LGA------------------------------ .: :.: KIAA08 KEQLRDISSIGLKTVIGELPPASSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIM 150 160 170 180 190 200 80 90 100 110 KIAA06 -------------FHASLLHCLLPQLSSPRLAVRKRAVGALGHLATACSTDLFVELADHL :: :.: ::::::.:::::::::.. :::::. .:.. .::.: .:: KIAA08 ADMLSRQGGLLVNFHPSILTCLLPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHL 210 220 230 240 250 260 120 130 140 150 160 170 KIAA06 LDRLPGPRVPTSPTAIRTLIQCLGSVGRQAGHRLGAHLDRLVPLVEDFCNLDDDELRESC :..: : .. :: :::.....::::::.: .:....::: :::.::::::: : KIAA08 LSELSKN---DSMSTTRTYIQCIAAISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYC 270 280 290 300 310 320 180 190 200 210 220 230 KIAA06 LQAFEAFLRKCPKEMGPHVPNVTSLCLQYIKHDPNYNYDS-DEDEEQMETEDSEFSEQES .::::.:.:.::::. ::: .. ..::.:. .:::::::. ::::. :... .. ..: : KIAA08 IQAFESFVRRCPKEVYPHVSTIINICLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGS 330 340 350 360 370 380 240 250 260 270 280 290 KIAA06 EDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCIAALISSRPDLLPDFHCTLAPVLIRRFKEREENVKADVF .::::::::::::::::::::. :..:.: ..::.:. :..:.:: :::::::::::::: KIAA08 DDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCLDAVVSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVF 390 400 410 420 430 440 300 310 320 330 340 350 KIAA06 TAYIVLLRQTRPPKGWLEAMEEPTQTGSNLHMLRGQVPLVVKALQRQLKDRSVRARQGCF ::. ::.:::: ..:: . : . : ::..::: .::::..:.:..::..:: :: KIAA08 HAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDAMEQGETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCF 450 460 470 480 490 500 360 370 380 390 400 410 KIAA06 SLLTELAGVLPGSLAEHMPVLVSGIIFSLADRSSSSTIRMDALAFLQGLLGTEPAEAFHP ..::::..::::.:..:.:::: :::::: :.::::....:::. : .: .. ..::: KIAA08 NMLTELVNVLPGALTQHIPVLVPGIIFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHP 510 520 530 540 550 560 420 430 440 450 460 470 KIAA06 HLPILLPPVMACVADSFYKIAAEALVVLQELVRALWPLHRPRMLDPEPYVGEMSAVTLAR :. :.:::.:::.: ::::..:::.: :.::... :: .: .: ::. .. . :. : KIAA08 HVQALVPPVVACVGDPFYKITSEALLVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKR 570 580 590 600 610 620 480 490 500 510 520 530 KIAA06 LRATDLDQEVKERAISCMGHLVGHLGDRLGDDLEPTLLLLLDRLRNEITRLPAIKALTLV :.:.:.:::::::::::::... .::: ::.:: :: ..:.::.:::::: ..:::::. KIAA08 LKAADIDQEVKERAISCMGQIICNLGDNLGSDLPNTLQIFLERLKNEITRLTTVKALTLI 630 640 650 660 670 680 540 550 560 570 580 590 KIAA06 AVSPLQLDLQPILAEALHILASFLRKNQRALRLATLAALDALAQSQGLSLPPSAVQAVLA : :::..::.:.:.:.. :::::::::::::.:.::.::: : .. . :: . ..::: KIAA08 AGSPLKIDLRPVLGEGVPILASFLRKNQRALKLGTLSALDILIKNYSDSLTAAMIDAVLD 690 700 710 720 730 740 600 610 620 630 640 650 KIAA06 ELPALVNESDMHVAQLAVDFLATVTQAQPASLVEVSGPVLSELLRLLRSPLLPAGVLAAA ::: :..::::::.:.:..::.:.... :.:: ..:: .:.::. :.::::: .:.:.: KIAA08 ELPPLISESDMHVSQMAISFLTTLAKVYPSSLSKISGSILNELIGLVRSPLLQGGALSAM 750 760 770 780 790 800 660 670 680 690 700 710 KIAA06 EGFLQALVGTRPPCVDYAKLISLLTAPVYEQAVDGGPGLHKQVFHSLARCVAALSAACPQ :.:::: : . : :. .::.::: :.. ::: ..:.:.:::::. :::. KIAA08 LDFFQALVVTGTNNLGYMDLLRMLTGPVYSQST---ALTHKQSYYSIAKCVAALTRACPK 810 820 830 840 850 720 730 740 750 760 770 KIAA06 EAASTASRLVCDARSPHSSTGVKVLAFLSLAEVGQVAGPGPQRELKAVLLEALGSPSEDV :. ....... :... .:. ....::.:::.:::. . : :::.:.:::..::::.: KIAA08 EGPAVVGQFIQDVKNSRSTDSIRLLALLSLGEVGHHIDLSGQLELKSVILEAFSSPSEEV 860 870 880 890 900 910 780 790 800 810 820 830 KIAA06 RAAASYALGRVGAGSLPDFLPFLLEQIEAEPRRQYLLLHSLREALGAAQPDSLKPYAEDI ..::::::: ...:.::..:::.:..: ..:.:::::::::.: ...:. .::::.:.: KIAA08 KSAASYALGSISVGNLPEYLPFVLQEITSQPKRQYLLLHSLKEIISSASVVGLKPYVENI 920 930 940 950 960 970 840 850 860 870 880 890 KIAA06 WALLFQRCEGAEEGTRGVVAECIGKLVLVNPSFLLPRLRKQLAAGRPHTRSTVITAVKFL ::::...:: ::::::.:::::.:::.:..: :::::. : .: ..::.:.::::: KIAA08 WALLLKHCECAEEGTRNVVAECLGKLTLIDPETLLPRLKGYLISGSSYARSSVVTAVKFT 980 990 1000 1010 1020 1030 900 910 920 930 KIAA06 ISDQPHPIDPLLKSFI------------------------AVHNKPSLVRDLLDDILPLL :::.:.:::::::. : :.::::::.::::: .:: : KIAA08 ISDHPQPIDPLLKNCIGDFLKTLEDPDLNVRRVALVTFNSAAHNKPSLIRDLLDTVLPHL 1040 1050 1060 1070 1080 1090 940 950 960 970 980 990 KIAA06 YQETKIRRDLIREVEMGPFKHTVDDGLDVRKAAFECMYSLLESCLGQLDICEFLNHVEDG :.:::.:..:::::::::::::::::::.:::::::::.::.::: .::: ::::::::: KIAA08 YNETKVRKELIREVEMGPFKHTVDDGLDIRKAAFECMYTLLDSCLDRLDIFEFLNHVEDG 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 LKDHYDIRMLTFIMVARLATLCPAPVLQRVDRLIEPLRATCTAKVKAGSVKQEFEKQDEL :::::::.::::.:..::.::::. ::::.:::.::::::::.::::.:::::::::::: KIAA08 LKDHYDIKMLTFLMLVRLSTLCPSAVLQRLDRLVEPLRATCTTKVKANSVKQEFEKQDEL 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA06 KRSAMRAVAALLTIPEVGKSPIMADFSSQIRSNPELAALFESIQKDSASAPSTDSMELS ::::::::::::::::. :::.:..:.::: :::::::.::::::::.:. . .::. : KIAA08 KRSAMRAVAALLTIPEAEKSPLMSEFQSQISSNPELAAIFESIQKDSSST-NLESMDTS 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1111 residues in 1 query sequences 1986394 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:20 2008 done: Thu Dec 18 15:11:21 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]