# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk01953s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0662.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0662, 1114 aa vs ./tmplib.23663 library 1986391 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9434+/- 0.01; mu= -9.8080+/- 0.676 mean_var=430.1566+/-105.482, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061839 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1111 ( 1084 res) hj04651s1 (1084) 1863 181.3 6.5e-46 KIAA1004 ( 1163 res) hj01244 (1163) 522 61.7 7.1e-10 >>KIAA1111 ( 1084 res) hj04651s1 (1084 aa) initn: 2804 init1: 1659 opt: 1863 Z-score: 916.1 bits: 181.3 E(): 6.5e-46 Smith-Waterman score: 2977; 46.161% identity (68.756% similar) in 1133 aa overlap (6-1114:53-1084) 10 20 30 KIAA06 TSSRSRAAARRGNMATVPVYCVCRLPYDVTRPRAA :. :..::.:::::.::::::::: KIAA11 CSMNRSRAIVQRGRVLPPPAPLDTTNLAGRRTLQGRAKMASVPVYCLCRLPYDVTRFMIE 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 KIAA06 RPPARPGPTRAAQRRGRATAPDIDIYHCPNCEKTHGKSTLKKKRTWHKHGPGQAPDV--- . . . : :::.::::::: :: : .::.: : ... :. KIAA11 CDMCQDWFHGSCVGVEEEKAADIDLYHCPNCEVLHGPSIMKKRR-----GSSKGHDTHKG 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 KIAA06 KPVQNGSQLFIKELRSRTFPRAEDVVARVPGSQLTLGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAV :::..:: :..::::::: ...:. . :.:::. ..::..:. :::: ::::::... KIAA11 KPVKTGSPTFVRELRSRTFDSSDEVILKPTGNQLTVEFLEENSFSVPILVLKKDGLGMTL 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 KIAA06 PAPTFYVSDVENYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKLKEFVDYYYSTNRKRVLNVTNLEFSD :.:.: : :::.::: .. .:: :::.: :::::: .:: :::: .:..:::: .::::: KIAA11 PSPSFTVRDVEHYVGSDKEIDVIDVTRQADCKMKLGDFVKYYYSGKREKVLNVISLEFSD 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 KIAA06 TRMSSFVEPPDIVKKLSWVENYWPDDALLAKPKVTKYCLICVKDSYTDFHIDSGGASAWY ::.:..:: : ::.::::::: ::.. .. .:.: ::::. :.::::::::: ::.:.:: KIAA11 TRLSNLVETPKIVRKLSWVENLWPEECVFERPNVQKYCLMSVRDSYTDFHIDFGGTSVWY 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 KIAA06 HVLKGEKTFYLIRPASANISLYERWRSASNHSEMFFADQVDKCYKCIVKQGQTLFIPSGW ::::::: ::::::..::..:.: : :.::..::::.::::::::: ::::::::::.:: KIAA11 HVLKGEKIFYLIRPTNANLTLFECWSSSSNQNEMFFGDQVDKCYKCSVKQGQTLFIPTGW 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 KIAA06 IYATLTPVDCLAFAGHFLHSLSVEMQMRAYEVERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLE :.:.:::::::::.:.:::::..:::..:::.:.::. ..: .:::::: :::.:::.:. KIAA11 IHAVLTPVDCLAFGGNFLHSLNIEMQLKAYEIEKRLSTADLFRFPNFETICWYVGKHILD 380 390 400 410 420 430 400 410 420 430 440 450 KIAA06 AFKGSHKSGKQLPPHLVQGAKILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHFKPSQLIKDLAKEI :.: ... .. .::.:.: :: :::.::.:.:: .::::.:: . :::::::.:: KIAA11 IFRGLRENRRHPASYLVHGGKALNLAFRAWTRKEALPDHEDEIPETVRTVQLIKDLAREI 440 450 460 470 480 490 460 470 480 490 500 510 KIAA06 RLSENASKAVRPEVNTVASSDEVCDGDREKEEPPSPIEATPPQSLLEKVSKKKTPKTVKM :: :. . ..:...... .: : . : : : ... . . .. KIAA11 RLVEDIFQ------QNVGKTSNIFGLQR--IFPAGSIPLTRP-------AHSTSVSMSRL 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 KIAA06 PKPSKIPKPPKPPKPPRPPKTLKLKDGGKKKGKKSRESASPTIPNLDLLEAHTKEALTKM ::: . : :: : : : ...:::.: . . .:.......:: KIAA11 SLPSKNGSKKKGLKP----KELFKK--AERKGKESSALGPAGQLSYNLMDTYSHQAL--- 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 630 KIAA06 EPPKKGKATKSVLSVPNKDVVHMQNDVERLEIREQTKSKSEAKWKYKNSKPDSLLKMEEE : :. :. ... . . ..: :.. : .: .:: . KIAA11 ---KTGSFQKAKFNITGACLNDSDDDSPDLDLD-------------GNESPLALLMSNGS 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 KIAA06 QKLEKSPLAGNKDNKFSFSFSNKKLLGSKALRPPTSPGVFGALQNFKEDKPKPVRDEYEY : :: :. .. .:.. . .. .:.. .... ::.. KIAA11 TKRVKS-LSKSRRTKIAKKVDKARLMAEQVME-----------------------DEFDL 640 650 660 670 700 710 720 730 740 KIAA06 VSDDGELKIDEFPIRRKKNA---PKRDLSFLLDKKAVLPTPVTKPKLDSAAYKSDDSSDE ::: ::.::: ..: . :: .. : :. : .: . : ..:: KIAA11 DSDD-ELQIDERLGKEKATLIIRPKFPRKLPRAKPCSDPNRVREPGEVEFDIEEDYTTDE 680 690 700 710 720 730 750 760 770 780 790 800 KIAA06 GSLHIDTDTKPGRNARVKKESGSSAAGILDLLQASEEVGALEYNPSSQPPASPSTQEAIQ : : .... .::.:.::::::.::..::. .: .. ::::::::::: KIAA11 -------DMVEGVEGKLG--NGSGAGGILDLLKASRQVGGPDYAALTEAPASPSTQEAIQ 740 750 760 770 780 810 820 830 840 850 860 KIAA06 GMLSMANLQASDSC-----LQTTWGAGQAK--GSSLAAHGARKNGGGSGKSAGKRLLKRA ::: :::::.:.: ::. : .:: . ::: .. :. .:. .: .. ::: .:: KIAA11 GMLCMANLQSSSSSPATSSLQAWWTGGQDRSSGSSSSGLGTVSNSPASQRTPGKRPIKRP 790 800 810 820 830 840 870 880 890 900 910 KIAA06 AKNSVDLDDYEE-----EQDHLDACFKDSDYVYPSLESDEDNPIFKSRSKKRKGSDDAPY : .. .. :: ::: : :::::..:.:::::::.:.: .::: ::.:.:::::. KIAA11 AYWRTESEEEEENASLDEQDSLGACFKDAEYIYPSLESDDDDPALKSRPKKKKNSDDAPW 850 860 870 880 890 900 920 930 940 950 960 970 KIAA06 SPTARVGPSVPRQDRPVREGTRVASIETGLAAAAAKLSQQEEQKSKKKKSAKRK-LTPNT :: ::: :..:.:::::::::::::::::::::::::.::: ::..::: :.: : .. KIAA11 SPKARVTPTLPKQDRPVREGTRVASIETGLAAAAAKLAQQELQKAQKKKYIKKKPLLKEV 910 920 930 940 950 960 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 TSPSTSTSISAGTTSTSTTPASTTPASTTPASTTPASTSTASSQASQEGSSPEPPPESH- .: : ... . :.:: :. :. . ..: ::: :::: . KIAA11 EQPR---------------PQDSNLSLTVPAPTVAATPQLVTS------SSPLPPPEPKQ 970 980 990 1000 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA06 ---SSSLADHEYTA-AGTFTGAQAGRTSQPMAPGVFLTQRRPSASSPNNNTAAKGKRTKK :.::::::::: ..: :::.:.. ::::::::::::::..: ..: :..::: :: KIAA11 EALSGSLADHEYTARPNAFGMAQANRSTTPMAPGVFLTQRRPSVGS-QSNQAGQGKRPKK 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1100 1110 KIAA06 GMATAKQRLGKILKIHRNGKLLL :.::::::::.:::::::::::: KIAA11 GLATAKQRLGRILKIHRNGKLLL 1070 1080 >>KIAA1004 ( 1163 res) hj01244 (1163 aa) initn: 692 init1: 517 opt: 522 Z-score: 269.2 bits: 61.7 E(): 7.1e-10 Smith-Waterman score: 805; 33.085% identity (65.423% similar) in 402 aa overlap (98-480:35-432) 70 80 90 100 110 120 KIAA06 KTHGKSTLKKKRTWHKHGPGQAPDVKPVQNGSQLFIKELRSRTFPRAEDVVARVPGSQLT :.. : : . .: . :. . :.... KIAA10 EEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGKDFN 10 20 30 40 50 60 130 140 150 160 170 180 KIAA06 LGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAVPAPTFYVSDVENYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKL . :... :. .:.. ..::::. .: : : :.::. :: .: ::: ::. :: .: . KIAA10 VEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTM 70 80 90 100 110 120 190 200 210 220 230 KIAA06 KEFVDYYYSTN--RKRVLNVTNLEFSDTRMSSFVEPPDIVKKLSWVENYWP--------- ... :: . . :... :: .:::: ::. ..:. :. : ..::.:.:: KIAA10 AQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTE 130 140 150 160 170 180 240 250 260 270 280 290 KIAA06 -DDALLAK--PKVTKYCLICVKDSYTDFHIDSGGASAWYHVLKGEKTFYLIRPASANISL .:.: ::: ::::. :. :::::.: ::.:.:::. .: :.:.:: :.. :. : KIAA10 STNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHNLEL 190 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 350 KIAA06 YERWRSASNHSEMFFADQVDKCYKCIVKQGQTLFIPSGWIYATLTPVDCLAFAGHFLHSL :: : .......:..:.:. : . .::: :. ::::::.:. ::.: :.:.:.::::. KIAA10 YENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSF 250 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 KIAA06 SVEMQMRAYEVERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLEAFKGSHKSGKQLPPHLVQGAK .. ::.. :..: : .. . ..: . :::. .. . . . . :.. . .. KIAA10 NIPMQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKEFQKESLSMDL 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 KIAA06 ILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHF--KPSQLIKDLAKEIRLSENA-SKAVR--PEVNT ::: . ..:. :. :... . : : . .:. . :. .. .:. : : .. KIAA10 ELNGLESGNGDEEAV----DREPRRLSSRRSVLTSPVANGVNLDYDGLGKTCRSLPSLKK 370 380 390 400 410 420 470 480 490 500 510 520 KIAA06 VASSDEVCDGDREKEEPPSPIEATPPQSLLEKVSKKKTPKTVKMPKPSKIPKPPKPPKPP . ..: : .: KIAA10 TLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVP 430 440 450 460 470 480 1114 residues in 1 query sequences 1986391 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:09 2008 done: Thu Dec 18 15:11:10 2008 Total Scan time: 0.720 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]