# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk01768.fasta.huge -Q ../query/KIAA0655.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0655, 1083 aa vs ./tmplib.23663 library 1986422 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0042+/-0.00916; mu= -3.5461+/- 0.614 mean_var=401.4582+/-99.926, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 79 in 1/39 Lambda= 0.064011 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1027 ( 2550 res) fh00156s1 (2550) 372 50.4 3.8e-06 KIAA0320 ( 1933 res) bg00151 (1933) 360 49.1 7e-06 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 256 39.5 0.0055 >>KIAA1027 ( 2550 res) fh00156s1 (2550 aa) initn: 360 init1: 229 opt: 372 Z-score: 202.2 bits: 50.4 E(): 3.8e-06 Smith-Waterman score: 432; 22.673% identity (52.903% similar) in 913 aa overlap (175-1024:1641-2539) 150 160 170 180 190 200 KIAA06 VNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMFD----YMDC :: . : ..: .: . : : ..: KIAA10 SAKTMLESAGGLIQTARALAVNPRDPPSWSVLAGHSRTVSDSIKKLITSMRDKAPGQLEC 1620 1630 1640 1650 1660 1670 210 220 230 240 250 KIAA06 ELKLS--ESVFRQLNTA--IAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTV-----KLLFK : .. .: .:.:. : :::: .::: . :. : :. .:. KIAA10 ETAIAALNSCLRDLDQASLAAVSQ------QLAPREGISQEALHTQMLTAVQEISHLIEP 1680 1690 1700 1710 1720 260 270 280 290 300 KIAA06 LHSCLPADTLQ-GHR-DRFHEQFHSLR-NFFRRASDMLYFKR----LIQIPRLPEGPPNF : . :.. : ::. ... . :. : :: : . : : : :. .. KIAA10 LANAARAEASQLGHKVSQMAQYFEPLTLAAVGAASKTLSHPQQMALLDQTKTLAESALQL 1730 1740 1750 1760 1770 1780 310 320 330 340 350 KIAA06 L-----------RASALAEHIKPVVVIPEEAPEDEEPE-NLIEISTGPPAGEPVVVADLF : .:. : .. .: . :: :: : ..: .: ... . KIAA10 LYTAKEAGGNPKQAAHTQEALEEAVQMMTEAVEDLTTTLNEAASAAGVVGGMVDSITQAI 1790 1800 1810 1820 1830 1840 360 370 380 390 400 KIAA06 DQT----FGPPNGSVKDDRDLQIESLKREVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEG .: .: :.:: : . .... : . . .:. . . . .. : .:... : KIAA10 NQLDEGPMGEPEGSFVDYQTTMVRTAK-AIAVTVQEMVTKSNTSPEELGPLANQLTSDYG 1850 1860 1870 1880 1890 1900 410 420 430 440 450 460 KIAA06 ELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEA-ERKASATEARYNK-LK .: . : : ..::.. .. . :. .: :. .: .: . : ..: .: : KIAA10 RLASEAKPAAVA-AENEEIGSHIKH-RVQEL-GHGCAALVTKAGALQCSPSDAYTKKELI 1910 1920 1930 1940 1950 1960 470 480 490 500 510 520 KIAA06 E---KHSELV-HVHAELLRKNADTAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVE-QVKRESELK : . :: : :: : : : : .:... . .: . . : . ..::. KIAA10 ECARRVSEKVSHVLAALQAGNRGTQACITAASAVSGIIADLDTTIMFATAGTLNREGTET 1970 1980 1990 2000 2010 2020 530 540 550 560 570 KIAA06 LEEKSDQLEKLKRELEAKAGEL----ARAQEALSHTEQSKSELSSRL-DTLSAEKDALSG . .. . . : . : . : : .:: :... ::. .:: :... .:.. KIAA10 FADHREGILKTAKVLVEDTKVLVQNAAGSQEKLAQAAQSSVATITRLADVVKLGAASLGA 2030 2040 2050 2060 2070 2080 580 590 600 610 620 630 KIAA06 AVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQGRLAERESQEQGLRQ--RLLDE . .. :. : . : .. . : . .. . :. . ..: . . . :: KIAA10 EDPETQVVLINAVKDVAKALGDLISATKAAAGKVGDDPAVWQLKNSAKVMVTNVTSLLKT 2090 2100 2110 2120 2130 2140 640 650 660 670 680 690 KIAA06 QFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYL :: . :.... :. .. .. . : . :. : .: .. . .. . . :. . KIAA10 VKAV-EDEATKGTRALEATTEHIRQELAVFCSPEPPAKTSTPEDFIRMTKGITMATAKAV 2150 2160 2170 2180 2190 700 710 720 730 740 750 KIAA06 TSLADASAL-VAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPAD---RLIDTCRECGARALEL .. . : : . .:. : .. . . : : : . :::. ::: KIAA10 AAGNSCRQEDVIATANLSRRAIADMLRACKEAAYHPEVAPDVRLRALHYGRECANGYLEL 2200 2210 2220 2230 2240 2250 760 770 780 790 800 KIAA06 MGQ--LQDQQALRHMQASL------VRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELGAVVDKEM . . : :. ... .: : . ..: .. .: : :. .....:. KIAA10 LDHVLLTLQKPSPELKQQLTGHSKRVAGSVTELIQAAEAMKGTEW-VDPEDPTVIAENEL 2260 2270 2280 2290 2300 2310 810 820 830 840 850 860 KIAA06 AATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTTSTSLQKE ...:::: :....:.. .:. . .:. .:.::.. .. : :: .... :.: KIAA10 LGAAAAIEAAAKKLEQLKPRAKPKEADESLNFEEQILEAAKSIAAATSALVKAASAAQRE 2320 2330 2340 2350 2360 2370 870 880 890 900 910 920 KIAA06 IVESGR-GAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKYEELIVC .: .:. :: . . ...:..:::::.. :. ....: :::. .: .. :.:: KIAA10 LVAQGKVGAIPANAL--DDGQWSQGLISAARMVAAATNNLCEAANAAVQGHASQEKLISS 2380 2390 2400 2410 2420 2430 930 940 950 960 970 980 KIAA06 SHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQIEDRDTM ....:::::::..: ::::.. : ..::: . .:.. . :.: ..... :... KIAA10 AKQVAASTAQLLVACKVKADQDSEAMKRLQAAGNAVKRASDNLVKAAQKAAAFEEQENET 2440 2450 2460 2470 2480 2490 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA06 DFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGEEVAIRP ... : . .: ..:. :. :: : .:...:.:.: KIAA10 VVVKEKMVGGIAQIIAAQEEMLRKERELEEARKKLAQIRQQQYKFLPSELRDEH 2500 2510 2520 2530 2540 2550 1050 1060 1070 1080 KIAA06 STAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY >>KIAA0320 ( 1933 res) bg00151 (1933 aa) initn: 205 init1: 205 opt: 360 Z-score: 197.4 bits: 49.1 E(): 7e-06 Smith-Waterman score: 362; 25.826% identity (62.462% similar) in 333 aa overlap (704-1024:1593-1921) 680 690 700 710 720 730 KIAA06 SRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPA : : . .:. :.. .... . . : : . KIAA03 SPEESIRMTKGITMATAKAVAAGNSCRQEDVIATANLSRKAVSDMLTACKQASFHP-DVS 1570 1580 1590 1600 1610 1620 740 750 760 770 780 KIAA06 D----RLIDTCRECGARALELMGQL-----QDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKP : : . :: :.:. .. . .... :.. . .. .: : . KIAA03 DEVRTRALRFGTECTLGYLDLLEHVLVILQKPTPEFKQQLAAFSKRVAGAVTELIQAAEA 1630 1640 1650 1660 1670 1680 790 800 810 820 830 840 KIAA06 -KSLD-VRQEELGAVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSC :. . : :. .... :. ...:.:: :....:.. .:. .. :. .:.::.. KIAA03 MKGTEWVDPEDPTVIAETELLGAAASIEAAAKKLEQLKPRAKPKQADETLDFEEQILEAA 1690 1700 1710 1720 1730 1740 850 860 870 880 890 900 KIAA06 TDLMKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLV .. : :: .... :.:.: .:. .. . : ...:..:::::.. :. ....: KIAA03 KSIAAATSALVKSASAAQRELVAQGKVGSIPAN-AADDGQWSQGLISAARMVAAATSSLC 1750 1760 1770 1780 1790 1800 910 920 930 940 950 960 KIAA06 EAADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAA :::. : .. :.:: ....:::::::..: ::::.. : . ::: . .:.. . KIAA03 EAANASVQGHASEEKLISSAKQVAASTAQLLVACKVKADQDSEAMRRLQAAGNAVKRASD 1810 1820 1830 1840 1850 1860 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA06 NVV-ASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRK :.: :. :.. . .: :.. ... : . .: ..:. :. :: : .:...:. KIAA03 NLVRAAQKAAFGKADDDDVV--VKTKFVGGIAQIIAAQEEMLKKERELEEARKKLAQIRQ 1870 1880 1890 1900 1910 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 QHYVLAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLV :.: KIAA03 QQYKFLPTELREDEG 1920 1930 >>KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984 aa) initn: 193 init1: 86 opt: 256 Z-score: 145.4 bits: 39.5 E(): 0.0055 Smith-Waterman score: 300; 21.225% identity (56.553% similar) in 702 aa overlap (360-1022:894-1559) 330 340 350 360 370 380 KIAA06 PENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLKREVEML-RSELEKI .... ....: :.:. :.:. ..: .. KIAA08 EEMQAKEDELQKTKERQQKAENELKELEQKHSQLTEEKNLLQEQLQAETELYAEAEEMRV 870 880 890 900 910 920 390 400 410 420 430 440 KIAA06 KLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLRAAQLEGERS--QG .: :.. .:. .. .:..:::.. . :. .. ... ... .:. ::: :.. : KIAA08 RLAAKKQ--ELEEILHEMEARLEEEEDRGQQLQAERKKMAQQMLDLEE-QLEEEEAARQK 930 940 950 960 970 980 450 460 470 480 490 500 KIAA06 LREE---AERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQSQEEVARV :. : :: : . : . . .....: . . : .. .: . .:. ... ...... KIAA08 LQLEKVTAEAKIKKLEDEILVMDDQNNKLSKERKLLEERISDLTTNLAEEEEKAKNLTKL 990 1000 1010 1020 1030 1040 510 520 530 540 550 560 KIAA06 KEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQ-LEKLKRELEAKAGELARAQEAL-SHTEQSKSELS :.. .. .. : .:: :::: : ::::::.::. :... . : .. . : .:. KIAA08 KNKHESMISEL--EVRLKKEEKSRQELEKLKRKLEGDASDFHEQIADLQAQIAELKMQLA 1050 1060 1070 1080 1090 570 580 590 600 610 620 KIAA06 SRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQGRLAERE .. . :.: :. . :.. : . .:: :. .: :. .:... : :. KIAA08 KKEEELQAALARLDDEIAQKNNAL----KKIRELEGHISDLQE-------DLDSERAARN 1100 1110 1120 1130 1140 630 640 650 660 670 680 KIAA06 SQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALD . :. ..: : :.. .:. :.:.... .:: . :. ..::: KIAA08 KAEK--QKRDLGEELEALKTE-------LEDTLDSTATQQELRAKREQE--VTVLKKALD 1150 1160 1170 1180 1190 690 700 710 720 730 KIAA06 AVSTLEEGHAQYLTSL-ADA-SALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPAD--RLI . .:...: . . :.: :. : .:.. :. : : . .: : :.. KIAA08 EETRSHEAQVQEMRQKHAQAVEELTEQLEQFKRAKANLDKNK-QTLEKENADLAGELRVL 1200 1210 1220 1230 1240 1250 740 750 760 770 780 790 KIAA06 DTCR-ECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQG-ILQLGQELKPKSLDVRQEELG . : . .: .:.:. :. . .. .:. :. . .: .:.. . . . : KIAA08 GQAKQEVEHKKKKLEAQVQELQS-KCSDGERARAELNDKVHKLQNEVESVTGMLNEAEGK 1260 1270 1280 1290 1300 1310 800 810 820 830 840 850 KIAA06 AV-VDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNER--ILNSCTDLMKAIRLL :. . :..:. :. ..:. . ... : ..:. .. .:: . .. . :.: . : KIAA08 AIKLAKDVASLSSQLQDTQELLQEETRQKLNVSTKLRQLEEERNSLQDQLDEEMEAKQNL 1320 1330 1340 1350 1360 1370 860 870 880 890 900 KIAA06 VTTSTSLQKEIVESGRG----AATQQEFYAKNSRWT---EGLISA--SKAVGWGATQ--- ..:. .. .: . :.: . . ..:. :.: . ::... . KIAA08 ERHISTLNIQLSDSKKKLQDFASTVEALEEGKKRFQKEIENLTQQYEEKAAAYDKLEKTK 1380 1390 1400 1410 1420 1430 910 920 930 940 950 KIAA06 --LVEAADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVN : . : .:. . ..:. .. . ::.: : ..:.. . .: . .: KIAA08 NRLQQELDDLVVDLDNQRQLVSNLEKKQRKFDQLLAEEKNISSKYADERDRAEAEAR--- 1440 1450 1460 1470 1480 1490 960 970 980 990 1000 1010 KIAA06 ERAANVVASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVR--------VLELEKTLE :. ..... ... .: .: .. .. .. :. : ::: : : ::::. . KIAA08 EKETKALSLARALEEALEAKEELERTN----KMLKAEMEDLVSSKDDVGKNVHELEKSKR 1500 1510 1520 1530 1540 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA06 AERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLD : . .. :.. : KIAA08 ALETQMEEMKTQLEELEDELQATEDAKLRLEVNMQALKGQFERDLQARDEQNEEKRRQLQ 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1083 residues in 1 query sequences 1986422 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:53 2008 done: Thu Dec 18 15:10:54 2008 Total Scan time: 0.720 Total Display time: 0.190 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]