# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03819s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0647.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0647, 1195 aa vs ./tmplib.23663 library 1986310 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1063+/-0.00687; mu= 8.3033+/- 0.466 mean_var=196.4532+/-45.900, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.091505 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0371 ( 1203 res) hh00252 (1203) 3768 511.0 4.5e-145 KIAA1073 ( 675 res) hj06550 ( 675) 909 133.2 1.3e-31 KIAA1682 ( 775 res) fh23774 ( 775) 352 59.8 1.9e-09 KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 ( 619) 257 47.1 9.8e-06 KIAA0305 ( 1547 res) hg00042 (1547) 263 48.4 1e-05 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 249 46.5 3.7e-05 KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) ( 993) 232 44.1 0.00013 KIAA1589 ( 816 res) fj08951 ( 816) 228 43.4 0.00017 KIAA1362 ( 699 res) fj02381 ( 699) 220 42.3 0.00031 KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542) 202 40.3 0.0027 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 198 39.7 0.0034 >>KIAA0371 ( 1203 res) hh00252 (1203 aa) initn: 2844 init1: 1557 opt: 3768 Z-score: 2696.4 bits: 511.0 E(): 4.5e-145 Smith-Waterman score: 3785; 49.597% identity (71.659% similar) in 1242 aa overlap (1-1195:6-1203) 10 20 30 40 50 KIAA06 MGEEGPPSLEYIQAKDLFPPKELVKEEENLQVPFTVLQGEGVEFLGRAADALIAI : :: ::: :::...:: :.:..:.::::::: :.::..::.::: ::.::. 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KIAA03 SSLAGPGEDPLSADS-LGKPTRVPGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEESGVEEPAHR 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 KIAA06 LLNTAVPREMKSNTSDPEIKVLEETKGPAPDPSAQDELGRTLDG-IGEPPEHCPETEAVS ... :.. . :: .. .:.. .:. :: .: : .:. . . KIAA03 ---AGI--EIQEGKEDPLLE--KESRRKTPEASA---IGLHQDPELGDAALRSHLDMSWP 720 730 740 750 760 770 780 790 800 KIAA06 ALSKVISNKCDGVCNFPESSQNSPTGTPQQAQP--------------DSMLGVPSKCVLD .:. ::.. .:. . : : : : . : ...: .: . KIAA03 LFSQGISEQQSGLSVLLSSLQVPPRGEDSLEVPVEQFRIEEIAEGREEAVLPIPVDAKVG 770 780 790 800 810 820 810 820 830 840 850 860 KIAA06 HSLSTVCN--PPSAACQT--P-LDPSTDFLNQDPSGSVASISHQEQLSSVPDLTHGEEDI .. : :. : .. .: : .: :::.: .: .: :.: . : . . KIAA03 YGTSQSCSLLPSQVPFETRGPNVDSSTDMLVED---KVKSVSGPQG--------HHRSCL 830 840 850 860 870 870 880 890 900 910 920 KIAA06 GKRGNNRNGQLLENPRFGKMPLE--LVRKPISQSQISEFSFLGSNWDSFQGMVTSFPSGE . :..: : .: : : : ::..: : . . : :::. :. ..: .: KIAA03 VNSGKDRLPQTME-PS----PSETSLVERPQVGSVVHRTS-LGSTL-SLTRSPCALPLAE 880 890 900 910 920 930 940 950 960 KIAA06 ATPRRLLSYGC------CSKRP---NSKQMRAT--GPCFGGQWAQREGVKSPVCS--SHS . :. : :..: .. :: : : : .:. .. . : : : : KIAA03 CK-EGLVCNGAPETENRASEQPPGLSTLQMYPTPNGHCANGEAGRSKDSLSRQLSAMSCS 930 940 950 960 970 980 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA06 NGHCTGPGGKNQMWLSSHPKQVSSTKPVPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQI ..: . . ... :: :: : .: . :. .:::::. ::.::.::::: KIAA03 SAHLHSRNLHHK-WLHSH-----SGRPSATSSPDQPSRSHLDDDGMSVYTDTIQQRLRQI 990 1000 1010 1020 1030 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 EAGYKQEVEQLRRQVRELQMRLDIRHCCAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDH :.:..:::: :..::.::. ::. .. . . :. :. : . .:... .. : KIAA03 ESGHQQEVETLKKQVQELKSRLESQYLTSS-LHFNGDFGDEVTSIPDSESNLDQNCLSRC 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA06 SEDCLSEASWEPVDKKETEVTRWVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCC : . .:::::: :::..::.:::.:::.:.::: :: ::::.:.:::::::::::..:: KIAA03 STEIFSEASWEQVDKQDTEMTRWLPDHLAAHCYACDSAFWLASRKHHCRNCGNVFCSSCC 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 HLKLPIPDQQLYDPVLVCNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS . :.:.:.:::..: ::.::: .. . . .. .: ::::..:. KIAA03 NQKVPVPSQQLFEPSRVCKSCYSSLHPTSSS--IDLELDKPIAATSN 1160 1170 1180 1190 1200 >>KIAA1073 ( 675 res) hj06550 (675 aa) initn: 1119 init1: 873 opt: 909 Z-score: 659.6 bits: 133.2 E(): 1.3e-31 Smith-Waterman score: 1106; 34.331% identity (59.843% similar) in 635 aa overlap (16-623:87-664) 10 20 30 40 KIAA06 MGEEGPPSLEYIQAKDLFPPKELVKEEEN----LQVPFTVLQGEG : : : : .: : .. : .: ::. KIAA10 LSSASTSHSENSVHTKSASVVSSDSISTSADNFSPDLRVLRESNKLAEMEEP-PLLPGEN 60 70 80 90 100 110 50 60 70 80 KIAA06 VEFLGR----------AADALIAISNYRLHIKF--KDS--VINVPLRMIDSVE------S .. ... :. . ....::::..: .: :... : .:. :: : KIAA10 IKDMAKDVTYICPFTGAVRGTLTVTNYRLYFKSMERDPPFVLDASLGVINRVEKIGGASS 120 130 140 150 160 170 90 100 110 120 130 KIAA06 R--DMFQLHISCKDSKVVR-CHFSTFKQCQEWLSRLSRATARPAKPEDLFAFAYHAWCLG : . . :. ::: . .: : . . . : . . .. :::: :. KIAA10 RGENSYGLETVCKDIRNLRFAHKPEGRTRRSIFENLMKYAFPVSNNLPLFAFEYKE---- 180 190 200 210 220 230 140 150 160 170 180 190 KIAA06 LTEEDQHTHLCQPGEHIRCRQEAELARMGFDVQNVWRVSHINSNYKLCPSYPQKLLVPVW . .. .: .: . : :.:. .. ::...:: :.:: .:: :.::. KIAA10 -VFPENGWKLYDPLLEYR--------RQGIPNES-WRITKINERYELCDTYPALLVVPAN 240 250 260 270 280 200 210 220 230 240 250 KIAA06 ITDKELENVASFRSWKRIPVVVYRHLRNGAAIARCSQPEISWWGWRNADDEYLVTSIAKA : :.::. :::::: ::::. . : .. :.:.::::: .. : :. .:: . .: KIAA10 IPDEELKRVASFRSRGRIPVLSWIHPESQATITRCSQPMVGVSGKRSKEDEKYLQAI--- 290 300 310 320 330 260 270 280 290 300 310 KIAA06 CALDPGTRATGGSLSTGNNDTSEACDADFDSSLTACSGVESTAAPQKLLILDARSYTAAV ..:.: .:..:.::: . :: KIAA10 --------------------------------------MDSNAQSHKIFIFDARPSVNAV 340 350 360 320 330 340 350 360 370 KIAA06 ANRAKGGGCECEEYYPNCEVVFMGMANIHAIRNSFQYLRAVCSQMPDPSNWLSALESTKW ::.::::: : :. : : :.::. . :::..:.:.. :. . . ..::: ::::.: KIAA10 ANKAKGGGYESEDAYQNAELVFLDIHNIHVMRESLRKLKEIVYPNIEETHWLSNLESTHW 370 380 390 400 410 420 380 390 400 410 420 430 KIAA06 LQHLSVMLKAAVLVANTVDREGRPVLVHCSDGWDRTPQIVALAKILLDPYYRTLEGFQVL :.:....: .:. .:. :. :.:::::::::: :...:: ..:: ::::..::.:: KIAA10 LEHIKLILAGALRIADKVESGKTSVVVHCSDGWDRTAQLTSLAMLMLDGYYRTIRGFEVL 430 440 450 460 470 480 440 450 460 470 480 490 KIAA06 VESDWLDFGHKFGDRCGHQENVEDQNEQCPVFLQWLDSVHQLLKQFPCLFEFNEAFLVKL ::..::.:::.: : :: .. . . .. :::::..: : :. .::: ::::: ::. . KIAA10 VEKEWLSFGHRFQLRVGHGDKNHADADRSPVFLQFIDCVWQMTRQFPTAFEFNEYFLITI 490 500 510 520 530 540 500 510 520 530 540 550 KIAA06 VQHTYSCLYGTFLANNPCEREKRNIYKRTCSVWALLRAGNKNFHNFLYTPSSDMVLHPVC ..: ::::.:::: :. .: :.:. ::: :.:. . . ..: : :: :. ::.:: KIAA10 LDHLYSCLFGTFLCNSEQQRGKENLPKRTVSLWSYINSQLEDFTNPLYGSYSNHVLYPVA 550 560 570 580 590 600 560 570 580 590 600 610 KIAA06 HVRALHLWTAVYLPASSPCTLGEENMDLYLSPVAQSQEFSGRSLDRLPKTRSMDDLLSAC .: :.::.. :. . : . : .:. :.. .....: . : . :. KIAA10 SMRHLELWVGYYIRWNPRMKPQEPIHNRYKELLAKRAELQ-KKVEELQREISNRSTSSSE 610 620 630 640 650 620 630 640 650 660 670 KIAA06 DTSSPLTRTSSDPNLNNHCQEVRVGLEPWHSNPEGSETSFVDSGVGGPQQTVGEVGLPPP .::: KIAA10 RASSPAQCVTPVQTVV 660 670 >>KIAA1682 ( 775 res) fh23774 (775 aa) initn: 332 init1: 207 opt: 352 Z-score: 261.5 bits: 59.8 E(): 1.9e-09 Smith-Waterman score: 352; 32.240% identity (68.306% similar) in 183 aa overlap (340-519:349-529) 310 320 330 340 350 360 KIAA06 DARSYTAAVANRAKGGGCECEEYYPNCEVVFMGMANIHAIRNSFQYLRAV--CSQMPDPS :... .:.. ..:. : . ... : . KIAA16 QIQKSFLDGIYKTIHRPPYEIVKTEDLSSNFLSLQEIQTAYSKFKQLFLIDNSTEFWDTD 320 330 340 350 360 370 370 380 390 400 410 420 KIAA06 -NWLSALESTKWLQHLSVMLKAAVLVANTVDREGRPVLVHCSDGWDRTPQIVALAKILLD .:.: :::..::. . :: :. ... .. .. ::. .. : : .:.....: KIAA16 IKWFSLLESSSWLDIIRRCLKKAIEITECMEAQNMNVLLLEENASDLCCLISSLVQLMMD 380 390 400 410 420 430 430 440 450 460 470 480 KIAA06 PYYRTLEGFQVLVESDWLDFGHKFGDRCGHQENVEDQNEQCPVFLQWLDSVHQLLKQFPC :. :: ::: :....:. :: : :::.: . ....:. :::: .:: : ::..: : KIAA16 PHCRTRIGFQSLIQKEWVMGGHCFLDRCNHLR--QNDKEEVPVFLLFLDCVWQLVHQHPP 440 450 460 470 480 490 490 500 510 520 530 540 KIAA06 LFEFNEAFLVKLVQHTYSCLYGTFLANNPCEREKRNIYKRTCSVWALLRAGNKNFHNFLY :::.:..:. : . : ...::. :.: ... KIAA16 AFEFTETYLTVLSDSLYIPIFSTFFFNSPHQKDTNMGREGQDTQSKPLNLLTVWDWSVQF 500 510 520 530 540 550 550 560 570 580 590 600 KIAA06 TPSSDMVLHPVCHVRALHLWTAVYLPASSPCTLGEENMDLYLSPVAQSQEFSGRSLDRLP KIAA16 EPKAQTLLKNPLYVEKPKLDKGQRKGMRFKHQRQLSLPLTQSKSSPKRGFFREETDHLIK 560 570 580 590 600 610 >>KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 (619 aa) initn: 281 init1: 188 opt: 257 Z-score: 194.8 bits: 47.1 E(): 9.8e-06 Smith-Waterman score: 263; 29.747% identity (58.861% similar) in 158 aa overlap (1022-1170:452-607) 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 STKPVPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQIEAGYKQEVEQLRRQVRELQMRLD ...: :.:. : : : . ..:: . : KIAA15 AQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKD 430 440 450 460 470 480 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA06 IRHCCAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDHSE-----DCLSEASWEPVDKKET .. .. . .: :.. . . . . ... . :::.. . : ::. KIAA15 ALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEA 490 500 510 520 530 540 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA06 EVTR----WVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCCHLKLPIPDQQLYDP . . :. :. :.:: :. :: :.::.:::::::..:: .: .::.:.. : KIAA15 NKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSP--KP 550 560 570 580 590 1170 1180 1190 KIAA06 VLVCNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS : ::.::. KIAA15 VRVCDSCHALLIQRCSSNLP 600 610 >>KIAA0305 ( 1547 res) hg00042 (1547 aa) initn: 288 init1: 211 opt: 263 Z-score: 194.5 bits: 48.4 E(): 1e-05 Smith-Waterman score: 263; 36.154% identity (61.538% similar) in 130 aa overlap (1056-1182:697-821) 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 RQIEAGYKQEVEQLRRQVRELQMRLDIRHCCA--PPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTED :: :.: ....... . ::.. . KIAA03 TRSSKDLNKPDVPDTIESEPSTADTVVPITCAIDSTADPQVSFNSNYIDI-ESNSEGGSS 670 680 690 700 710 720 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA06 FGSDHSEDCLSEAS-WEPVDKKETEVTRWVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNV : . . :: . : . : . . . : :::: : .:.::. .: ..::::::: ::.: KIAA03 FVTAN-EDSVPENTCKEGLVLGQKQPT-WVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKV 730 740 750 760 770 780 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 FCAGCCHLKLPIPDQQLYDPVLVCNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS ::. ::. : . : : . :: ::: :. ..: : : KIAA03 FCGVCCNRKCKL--QYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSNLKSNHSDECTTVQ 790 800 810 820 830 840 KIAA03 PPQENQTSSIPSPATLPVSALKQPGVEGLCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSK 850 860 870 880 890 900 >>KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556 aa) initn: 317 init1: 230 opt: 249 Z-score: 184.5 bits: 46.5 E(): 3.7e-05 Smith-Waterman score: 259; 29.070% identity (55.814% similar) in 172 aa overlap (1015-1180:1397-1550) 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA06 SHPKQVSSTKPVPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQIEAGYKQEVEQLRRQVR : :. . . ... ::. : . . :. KIAA09 QLSLDEKDGFIFVNYSEGQTRAHLQGPLSHPHPNPIEVRNYSRLKPGYRWERQLVFRSKL 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA06 ELQMRLDIRHCCAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDHSEDCLSEA-----SWE .. .: :. : ::: : : : .:::. .... :: KIAA09 TMHTAFD-RKDNAHPAE--------VTALGIS---------KDHSRILVGDSRGRVFSWS 1430 1440 1450 1460 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA06 PVDKK-ETEVTRWVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCCHLKLPIPDQQ :. .. . .:: :. .. : .:. .: :..:::::::::..:: : ... : . 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KIAA13 DTRATMCMICTSEFTLTWRRHHCRACGKIVCQACSSNKYGL-DYLKNQPARVCEHCFQEL 560 570 580 590 600 610 1180 1190 KIAA06 QVSRARELMSQQLKKPIATASS : KIAA13 QKLDHQHSPRIGSPGNHKSPSSALSSVLHSIPSGRKQKKIPAALKEVSANTEDSSMSGYL 620 630 640 650 660 670 >>KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542 aa) initn: 220 init1: 103 opt: 202 Z-score: 151.0 bits: 40.3 E(): 0.0027 Smith-Waterman score: 202; 27.778% identity (51.667% similar) in 180 aa overlap (1026-1195:730-892) 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 VPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQIEAGYKQEVEQLRRQVRELQMRLDIRHC . .. : :. :. .: .:: .: : KIAA03 AVQTLQQLLVGQEIGFTMDEVDSLLSRYAEKALDFPYPQR-EKRSDSVIHLQ---EIVHQ 700 710 720 730 740 750 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA06 CAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDHSEDCLSEASWEPVDKKETEVT------ : : : . .:. . ..: :: . : : :. :.. .. : KIAA03 AADPETLPRSPSAEFS------PAAPPGISSIHSPS-LRERSFPPTQPSQEFVPPATPPA 760 770 780 790 800 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA06 --RWVPDHMASHCYNCDCE--FWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCCHLKLPIPDQQLYDPVLV .::::. : :. : :. : . .:::::: :: . :..: :. . . .:. : KIAA03 RHQWVPDETESICMVC-CREHFTMFNRRHHCRRCGRLVCSSCSTKKMVVEGCR-ENPARV 810 820 830 840 850 860 1170 1180 1190 KIAA06 CNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS :..:: . . ... . .:: : :: KIAA03 CDQCYSYCN----KDVPEEPSEKPEALDSSKSESPPYSFVVRVPKADEVEWILDLKEEEN 870 880 890 900 910 920 1195 residues in 1 query sequences 1986310 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:35 2008 done: Thu Dec 18 15:10:36 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.330 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]