# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg04796s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0625.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0625, 2663 aa vs ./tmplib.23663 library 1984842 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9040+/-0.00688; mu= 5.4082+/- 0.466 mean_var=188.1660+/-45.654, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 24 in 1/39 Lambda= 0.093498 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151) 450 74.8 1.9e-13 KIAA0560 ( 1521 res) hj07625 (1521) 284 52.5 1.3e-06 KIAA0083 ( 1077 res) ha03631 (1077) 223 44.2 0.00029 >>KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151 aa) initn: 581 init1: 135 opt: 450 Z-score: 333.5 bits: 74.8 E(): 1.9e-13 Smith-Waterman score: 626; 29.774% identity (55.338% similar) in 665 aa overlap (1917-2564:501-1044) 1890 1900 1910 1920 1930 1940 KIAA06 QLARAVLNPNPMDFCTKDLLTTTSERIIAYLRDFNEDQKKAIETAYAMVKHSPSVAKICL : :.:..: :..: : . : . : KIAA02 SGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKT----VLQRP----LSL 480 490 500 510 520 1950 1960 1970 1980 1990 2000 KIAA06 IHGPPGTGKSKTIVGLLYRLLTENQRKGHSDENSNAKIKQNRVLVCAPSNAAVDELMKKI :.:::::::. : . ..:.: :.:.. :::::::: :::.: .:: KIAA02 IQGPPGTGKTVTSATIVYHL----ARQGNGP-----------VLVCAPSNIAVDQLTEKI 530 540 550 560 2010 2020 2030 2040 2050 2060 KIAA06 ILEFKEKCKDKKNPLGNCGDINLVRLGPEKSINSEVLKFSLDSQVNHRMKKELPSHVQAM . : ...::: :: . ..:: : :. 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