# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03971.fasta.huge -Q ../query/KIAA0618.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0618, 1052 aa vs ./tmplib.23663 library 1986453 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.6699+/-0.0122; mu= -35.9059+/- 0.824 mean_var=791.1725+/-187.464, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.045597 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0023 ( 2111 res) ha00512 (2111) 504 49.5 5.5e-06 KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458) 391 42.0 0.00073 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 386 41.6 0.00082 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 355 39.5 0.0032 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 365 40.5 0.0041 >>KIAA0023 ( 2111 res) ha00512 (2111 aa) initn: 372 init1: 146 opt: 504 Z-score: 199.3 bits: 49.5 E(): 5.5e-06 Smith-Waterman score: 667; 26.103% identity (53.676% similar) in 1088 aa overlap (45-1010:944-1996) 20 30 40 50 60 KIAA06 TPRRRYPIHQAQYSCLGVLPTVCWNGYHKKAVLSPRNSRMVCSPVTVRIAPPDRR----- : ::: .. .. . .. : .:: : KIAA00 HSFDSDLESLCNALLKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPAS 920 930 940 950 960 970 70 80 90 100 110 KIAA06 FSRSAIPEQI-------ISSTLSSPSS----NAPDPCAK-ETVLSALKEKEKKRTVEEED .::::. : .::: : .: .: : :.:..: .. :: . 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KIAA00 NTGGGLFGQSNAPAFGQSPGFGQGGSVFGGTSAATTTAATSGFSFCQASGFGSSNTGSVF 1790 1800 1810 1820 1830 1840 880 890 900 910 920 KIAA06 GSSSS----VFG--STTPSPFTFGGSAAPAGSGSF-GINVATPGSSTTTGAFSFGAGQSG :...: ::: :.. : .::.. . :.: : :.. .... . :: ..: : KIAA00 GQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGLGGKPSQDAANKNPFSSASGGFG 1850 1860 1870 1880 1890 1900 930 940 950 960 970 KIAA06 STATSTPFAGGLGQNALGTTGQSTPFAFNVSSTTESKPV--F---GGT-ATPTFGLNTPA :::::. .: .:..: .: .: :: :.::. : ::. :. ::...: KIAA00 STATSNT------SNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGFGFSSPN 1910 1920 1930 1940 1950 1960 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 P--GVGTS---GSSLSFGASSAPAQGFVGVAPFGNTFAHQQEHSPRKGPNNLSKRKLLPA : :.. :: .::.: : :: :: ::.. : KIAA00 KTGGFGAAPVFGSPPTFGGS--P--GFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASA 1970 1980 1990 2000 2010 1040 1050 KIAA06 VRAQGPPRRGQASSFPTRKE KIAA00 GGFGSLAMSLSPTLKGRLLLMRPKAGGGREQAAPGRKSNESRSLGHLCMERALTSPLKVW 2020 2030 2040 2050 2060 2070 >>KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458 aa) initn: 380 init1: 119 opt: 391 Z-score: 161.2 bits: 42.0 E(): 0.00073 Smith-Waterman score: 474; 27.823% identity (57.447% similar) in 611 aa overlap (427-1009:766-1330) 400 410 420 430 440 450 KIAA06 SLPPCPESAGAATTEALSPPKTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAP .: .: :. : .:.. : :. :. :: KIAA11 ARAQENADASTNVNFSRGASTRAGFSDGASISFNGAPS--SSGGFSGGPGITF-GV--AP 740 750 760 770 780 790 460 470 480 490 500 510 KIAA06 SMVPATDTKAPPTLQAETATKPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASS--APP : . .. : .. . .:. . .:: : . :: ... .: .. :. : . : KIAA11 STSASFSNTASISFGGTLSTSSSFSSAASIS------FGCAHSTSTSFSSEASISFGGMP 800 810 820 830 840 520 530 540 550 560 570 KIAA06 MFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGPSVTATAPSSSSLPTTTSTTAPTFQPVFSSMGPPASVPL . :.. .: :: . :.: .. .::.. : :::: :. :.:. .:.: KIAA11 CTSASFSGGVSSSFSGPL--STSATFSGGASSGFGGTLSTTAG-FSGVLSTSTSFGSAPT 850 860 870 880 890 900 580 590 600 610 620 630 KIAA06 PAPFFKQTTTPATAPTTTAPLFTGLASATSAVAPITSASPSTDSASKPAFGFGINSVSSS . :... . .:. : :. :.. . :.: : .. . .. :: . .:. KIAA11 TSTVFSSALSTSTG-------FGGILSTSVCFGGSPSSSGSFGGTLSTSICFGGSPCTST 910 920 930 940 950 640 650 660 670 680 690 KIAA06 SVSTTTSTATAASQPFLFGAPQASAASFTPAMGSIFQFGKPPALPTTTTVTTFSQSLHTA . . : ::... ::. ....:.: .... . : : .: . :. .:.: KIAA11 GFGGTLSTSVS------FGGSSSTSANFGGTLSTSICFDGSP-----STGAGFGGALNT- 960 970 980 990 1000 700 710 720 730 740 750 KIAA06 VPTATSSSAADFS-GFGSTLATSAPATSSQPTLTFSNTSTPTFNIPFGSSAKSPLPSYPG .:. .:. . : :::....::: .. : . ..: .. :::. .. .: : KIAA11 --SASFGSVLNTSTGFGGAMSTSADFGGTLST-SVCFGGSPGTSVSFGSALNTN-AGYGG 1010 1020 1030 1040 1050 760 770 780 790 800 810 KIAA06 A-NPQPAFGAAEGQPPG-AAKPALAPSFGSSFTFGNSAAPAAAPTPAPPSMIKVVPAYVP : . . ::.. . ...:. . .::.... . : . :.. . . . ... . KIAA11 AVSTNTDFGGTLSTSVCFGGSPSTSAGFGGALNTNASFGCAVSTSASFSGAVSTSACFSG 1060 1070 1080 1090 1100 1110 820 830 840 850 860 KIAA06 TPI-HPIFGGA--THSAFGLK-ATASAFGAPASSQPAFGG--STAVFFGAATSSGFGATT .:: .: :::: : ..:: .::. ::. :.. .::. ::.: ::.: :.. 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