# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03834.fasta.huge -Q ../query/KIAA0617.ptfa ./tmplib.19088 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0617, 786 aa vs ./tmplib.19088 library 1986707 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7164+/-0.00488; mu= 9.5526+/- 0.332 mean_var=90.6256+/-21.331, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.134725 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0695 ( 781 res) hk04006s1 ( 781) 984 202.1 1.9e-52 KIAA1406 ( 571 res) fg03519s1 ( 571) 137 37.3 0.0053 >>KIAA0695 ( 781 res) hk04006s1 (781 aa) initn: 1336 init1: 380 opt: 984 Z-score: 1033.6 bits: 202.1 E(): 1.9e-52 Smith-Waterman score: 1711; 38.235% identity (69.565% similar) in 782 aa overlap (14-786:46-781) 10 20 30 KIAA06 HRRRGARPEAAAGEGTSTMSNLSKGT-GSRKDTKMRIRAF--- ....:.:..... :: : :. :. : KIAA06 TAATSQQQQLKNKSILISSVASVHHANGLAKSSTTVSSFANSKPGSAK--KLVIKNFKDK 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 KIAA06 PMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVV : . :.:.. :. ::.:.. :: ... ..::::. . .. .: . .:: ::.. 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