# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00889b.fasta.huge -Q ../query/KIAA0608.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0608, 775 aa vs ./tmplib.23663 library 1986730 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3864+/-0.00758; mu= 0.2963+/- 0.513 mean_var=228.1974+/-54.251, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.084902 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 2225 285.7 1.1e-77 KIAA0019 ( 838 res) ha00537 ( 838) 346 55.6 2.5e-08 KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 320 52.3 2.1e-07 KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 305 50.7 1.1e-06 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 249 43.7 9.6e-05 KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233) 200 37.8 0.0079 >>KIAA1322 ( 702 res) fh13826 (702 aa) initn: 2193 init1: 1314 opt: 2225 Z-score: 1486.3 bits: 285.7 E(): 1.1e-77 Smith-Waterman score: 2225; 70.563% identity (88.961% similar) in 462 aa overlap (316-774:242-701) 290 300 310 320 330 340 KIAA06 RDHLPPAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWK : :..::.:::. : . . :. ::: KIAA13 VTLSSIKETRGLHQQDCVHEAEEGSKLKILGPFSNFFARNLLA-RKQSARLDKHNDLGWK 220 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 KIAA06 LFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPS ::::.: ::: :: :: ::.::: ..:: ::: :... :::..:::::::::::::::. 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