# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02356.fasta.huge -Q ../query/KIAA0569.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0569, 1318 aa vs ./tmplib.23663 library 1986187 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5730+/-0.00855; mu= -10.2154+/- 0.577 mean_var=341.9030+/-80.907, 0's: 0 Z-trim: 62 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.069362 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 337 48.5 5.2e-06 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 327 47.5 9.9e-06 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 319 46.5 1.3e-05 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 320 46.6 1.3e-05 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 321 46.8 1.3e-05 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 319 46.6 1.5e-05 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 315 46.1 1.5e-05 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 317 46.4 1.6e-05 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 319 46.6 1.7e-05 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 310 45.6 2.4e-05 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 313 46.1 2.7e-05 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 307 45.4 3.5e-05 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 306 45.3 3.8e-05 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 309 45.7 3.9e-05 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 305 45.2 4e-05 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 301 44.8 5.1e-05 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 304 45.3 5.7e-05 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 304 45.3 5.8e-05 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 299 44.6 6.1e-05 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 296 44.2 6.4e-05 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 302 45.1 6.7e-05 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 297 44.5 8.7e-05 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 293 44.0 8.9e-05 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 292 43.9 9.1e-05 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 292 43.9 9.2e-05 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 288 43.4 0.00011 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 290 43.7 0.00011 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 288 43.4 0.00011 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 291 44.0 0.00015 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 286 43.4 0.00017 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 283 43.0 0.00018 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 286 43.4 0.00019 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 280 42.6 0.00019 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 271 41.5 0.00026 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 280 42.8 0.00027 KIAA0414 ( 492 res) hh00161 ( 492) 273 41.9 0.00032 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 271 41.9 0.00047 KIAA1190 ( 174 res) hg03443a ( 174) 248 39.0 0.00084 KIAA1572 ( 492 res) fh23424 ( 492) 258 40.4 0.0009 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 259 40.6 0.00091 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 258 40.4 0.00095 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 259 40.6 0.00097 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 258 40.5 0.0011 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 249 39.5 0.0017 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 251 39.8 0.0018 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 248 39.6 0.0027 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 241 38.8 0.0035 KIAA0760 ( 1224 res) hk04642s1 (1224) 245 39.5 0.0043 KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 234 38.0 0.005 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 226 37.3 0.0097 >>KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 (766 aa) initn: 337 init1: 337 opt: 337 Z-score: 199.8 bits: 48.5 E(): 5.2e-06 Smith-Waterman score: 337; 50.000% identity (74.444% similar) in 90 aa overlap (1088-1177:331-420) 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA05 KYQRKQGFQGELLDGAQDYMSGLDDMTDSDSCLSRKKIKKTESGMYACDLCDKTFQKSSS : : :..: .:: : :. : :::...: KIAA20 QTSSLTCHRRLHTGEKPYKCEECDKAFHFKSILERHRIIHTEEKPYKCNECGKTFRQKSI 310 320 330 340 350 360 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA05 LLRHKYEHTGKRPHQCQICKKAFKHKHHLIEHSRLHSGEKPYQCDKCGKRFSHSGSYSQH : ::. :::..:..:. : :.:.:: : : :::.:::::.:..::: :::..: . : KIAA20 LTRHHRLHTGEKPYKCNECGKTFSHKSSLTCHHRLHTGEKPYKCNECGKTFSHKSSLTCH 370 380 390 400 410 420 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA05 MNHRYSYCKREAEEREAAEREAREKGHLEPTELLMNRAYLQSITPQGYSDSEERESMPRD KIAA20 RRLHTGEKPYKCEECDKAYSFRSNFEIHRKIHTEDNAYKCNECGKTFSRTSSLTCHRRRH 430 440 450 460 470 480 >>KIAA0412 ( 720 res) hg03242 (720 aa) initn: 1048 init1: 287 opt: 327 Z-score: 194.8 bits: 47.5 E(): 9.9e-06 Smith-Waterman score: 330; 36.047% identity (61.628% similar) in 172 aa overlap (1028-1183:235-403) 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA05 LYTALPPQSAFPPATFMPPVQTSIPGLRPYPGLDQMSFLPHMAYTYPTGAATFADMQQRR ::.: . : : .: :: : KIAA04 QVTQGNSVDSQLGQAEDQDGLSEMQEGHFRPGIDPQEKSPGKMSPECDGLGT-ADGVCSR 210 220 230 240 250 260 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA05 KYQRKQGFQGELLDGAQDYMSGLDDMTDSD----SC------LSRKKI----KKTESGM- : .: :. . . .. :: : : . . .: ...:.. .: .::. 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KIAA17 RHQKTHTGDRPYKCYECGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQT 200 210 220 230 240 250 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA05 EHTGKRPHQCQICKKAFKHKHHLIEHSRLHSGEKPYQCDKCGKRFSHSGSYSQHMNHRYS :::..::.:. : :.: . :::.:.: :::::::.:..::: ::.:. .:: KIAA17 IHTGEKPHKCNECGKSFCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTG 260 270 280 290 300 310 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA05 YCKREAEEREAAEREAREKGHLEPTELLMNRAYLQSITPQGYSDSEERESMPRDGESEKE KIAA17 EKPYECNECGRGFSERSDLIKHYRVHTGERPYKCDECGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPY 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1508 ( 573 res) hk06576 (573 aa) initn: 309 init1: 309 opt: 321 Z-score: 192.8 bits: 46.8 E(): 1.3e-05 Smith-Waterman score: 351; 24.578% identity (54.458% similar) in 415 aa overlap (845-1228:163-561) 820 830 840 850 860 870 KIAA05 SSKPLAPNSNPPTKDSLLPRSPVKPMDSITSPSIAELHNSVTNCDPPLRLTKPSHFTNIK .:.: . :. . . : :: ..:. . 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KIAA15 AFSCNIYLIHHQR-FHTGERPYVCSECGKSFGQKSVLIQHQRVHTGERPYECSECGKVFS 370 380 390 400 410 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA05 SDSCLSRKKIKKTESGMYACDLCDKTFQKSSSLLRHKYEHTGKRPHQCQICKKAFKHKHH ..: : :.. .:.. : :. :.:.:. ...:.::. :::.::..:..: :.: .: : KIAA15 QSSGLFRHRRAHTKTKPYECSECEKSFSCKTDLIRHQTVHTGERPYECSVCGKSFIRKTH 420 430 440 450 460 470 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA05 LIEHSRLHSGEKPYQCDKCGKRFSHSGSYSQHMNHRYSYCKREAEEREAAEREAREKGHL ::.:. .:..:.::.::.::: .:.:.. :: .: .: : :: .. .: :.:: KIAA15 LIRHQTVHTNERPYECDECGKSYSQSSALLQH--RRVHTGERPYECRECGKSFTR-KNHL 480 490 500 510 520 530 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA05 --EPTELLMNRAYLQSITPQGYSDSEERESMPRDGESEKEHEKEGEDGYGKLGRQDGDEE . : .: : : ...:.: KIAA15 IQHKTVHTGERPYECSECGKSFSQSSGLLRHRRVHVQ 540 550 560 570 >>KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 (579 aa) initn: 1144 init1: 319 opt: 319 Z-score: 191.7 bits: 46.6 E(): 1.5e-05 Smith-Waterman score: 319; 24.444% identity (52.500% similar) in 360 aa overlap (824-1177:121-458) 800 810 820 830 840 850 KIAA05 EWFEQRKVYQYSNSRSPSLERSSKPLAPNSNPPTKDSLLP--RSPVKPMDSITSPSIAEL .: .: .: :. :. ...: : KIAA18 AALRLTARSQETVTFKDVAMDFTPEEWGKLDPAQRDVMLENYRNLVSLWLPVSKP---ES 100 110 120 130 140 860 870 880 890 900 910 KIAA05 HNSVTNCDPPLRLTKPSHFTNIKPVEKLDHSRSNTPSPLNLSSTSSKNSHSSSYTPNSFS :: . : ::.: . . .. . .: .:...: .. : : . . : :: KIAA18 HN-LENGKEPLKLERKAPKSSYSDMETRPQSKDSTSVQDFSKAESCKVAIIDRLTRNSVY 150 160 170 180 190 200 920 930 940 950 960 970 KIAA05 SEELQAEPLDLSLPKQMKEPKSIIATKNKTKASSISLDH-NSVSSSSENSDEPLNLTFIK . .:.: : . ... .. :. . . : ::.: .... . .: . KIAA18 DSNLEAA---LECENWLENQQG-----NQERHLREMFTHMNSLSEETDHKHDVYWKSFNQ 210 220 230 240 250 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA05 KEFSNSNNLDNKSTNPVFSMNPFSAKPLYTALPPQSAFPPATFMPPVQTSIPGLRPYPGL : ... :.. ... : : . . : .. : .. : : .. KIAA18 KSVLITEDRVPKGSYAFHTLEK-SLKQKSNLMKKQRTYKEKK--PHKCNDCGELFTYHSV 260 270 280 290 300 310 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA05 ---DQMSFLPHMAYTYPTGAATFADMQQRRKYQRKQGFQGELLDGAQDYMSGLDDMTDSD : . :: . .:. . :.:: . :.. .. . .:.:. 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KIAA13 QVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGK--NLSQDMLLTHQCSHATEHPLPCAQCPKHFT 90 100 110 120 130 140 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA05 NSNNLDNKSTNPVFSMNPFSAKPLYTALPPQSAFPPATFMPPVQTSIPGLRPYPGLDQMS . .:.. : . . : . : :. :. :..: ::.: : . KIAA13 PQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRL----TYHLRVHNSTE--RPFPCPDCPK 150 160 170 180 190 200 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA05 FLPHMAY--TYPTGAAT---FADMQQRRKYQRKQGFQGELLDGAQDY-----MSGLDDMT . .: .. . :. : : :... : .. . ::. . :.: KIAA13 RFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQCGID--F 210 220 230 240 250 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA05 DSDSCLSRKKIKKTESGMYACDLCDKTFQKSSSLLRHKYEHTGKRPHQCQICKKAFKHKH .. : : :... .: : : :.:.:... :: :. :::.:: .: : :.: .:: KIAA13 NGHSALIRHQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKEHLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKSFIRKH 260 270 280 290 300 310 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA05 HLIEHSRLHSGEKPYQCDKCGKRFSHSGSYSQHMNHRYSYCKREAEEREAAEREAREKGH ::..:.:.:.::.:: :. ::. : .. . ..:. 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