# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01510.fasta.huge -Q ../query/KIAA0559.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0559, 1212 aa vs ./tmplib.23663 library 1986293 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3764+/-0.00868; mu= -3.1808+/- 0.590 mean_var=273.9131+/-68.043, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 263 in 2/38 Lambda= 0.077494 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0434 ( 1571 res) hh02165 (1571) 719 94.7 1.2e-19 KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 264 43.7 0.0002 KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053) 253 42.5 0.00043 >>KIAA0434 ( 1571 res) hh02165 (1571 aa) initn: 1218 init1: 344 opt: 719 Z-score: 444.7 bits: 94.7 E(): 1.2e-19 Smith-Waterman score: 1370; 32.978% identity (60.136% similar) in 1031 aa overlap (1-973:542-1510) 10 20 KIAA05 LPNPPPEEIS---TGTQSTFSTMGTVSRRR ::.::::: .: : ... .: KIAA04 RFSLYQHQGGLGSQVSALPPNSLVRKVKRTLPSPPPEEAHLPLAGQASPQLYAASLLQRG 520 530 540 550 560 570 30 40 50 60 70 80 KIAA05 ICRTNTM--ARAKILQDIDRELDLVERESAKLRKKQAELDEEEKEIDAKLRYLEMGINRR . .:. ..:..:...::.: :::.::.::::::::::::::::::::.:::.::..: KIAA04 LTGPTTVPATKASLLRELDRDLRLVEHESTKLRKKQAELDEEEKEIDAKLKYLELGITQR 580 590 600 610 620 630 90 100 110 120 130 KIAA05 KEALLKEREKRERAYLQGVAEDRDYMSDSEVSSTRPTRIESQHG--IERPRTA-----PQ ::.: :.: :. :.:..: :::.::::... : . : .. : :: :. KIAA04 KESLAKDRGGRDYPPLRGLGEHRDYLSDSELNQLRLQGCTTPAGQFVDFPATAAAPATPS 640 650 660 670 680 690 140 150 160 170 180 190 KIAA05 --TEFSQ--FIPPQTQTESQLVPPTSPYTQYQYSSPALPTQAPTSYTQQSHFEQQTLYHQ : :.: : :: : . :: : . :: :::: : : . .. KIAA04 GPTAFQQPRFQPPAPQYSAGSGGPT------QNGFPA--HQAPT-YPGPSTYPAPAFPPG 700 710 720 730 740 200 210 220 230 240 250 KIAA05 QVSPYQTQ-PTFQAVATMSFTPQVQPTPTPQPS-YQLPSQMMVIQQKPRQTTLY-LEPKI : . :. :: . : :: : . . .:.. . ::::::.: :: :. KIAA04 ASYPAEPGLPNQQAFRPTGHYAGQTPMPTTQSTLFPVPADSRAPLQKPRQTSLADLEQKV 750 760 770 780 790 800 260 270 280 290 300 KIAA05 TSNYEVIRNQPLMIAPVSTDNTFAVSHLGSKYNSLDL----RIGLEERSSMASSPISSIS .::::: . . .. . ...... ..: :.. . : : .:.:...:: . KIAA04 PTNYEVIASPVVPMSSAPSETSYSGPAVSSGYEQGKVPEVPRAG--DRGSVSQSPAPTYP 810 820 830 840 850 860 310 320 330 340 350 360 KIAA05 ADSFYADIDHHTPRNYVLIDDIGEITKGTAALSTAFSLHEKDLSKTDRLLRTTETRRSQE .:: :.......:::::.::::.:.:: .. ::: : .. . : . : ..: KIAA04 SDSHYTSLEQNVPRNYVMIDDISELTKDST--STA-----PDSQRLEPLGPGSSGRPGKE 870 880 890 900 910 370 380 390 400 410 420 KIAA05 VTDFLAPLQSSSRLHSYVKAEEDPMEDPYELKLLKHQIKQEFRRGTESLDHLAGLSHYYH . . :.. . :...::. :: :. . : :. :: . :. .::: KIAA04 PGEP-GVLDGPTLPCCYARGEEESEEDSYDPRG-----KGGHLRSMESNGRPAS-THYY- 920 930 940 950 960 430 440 450 460 470 480 KIAA05 ADTSYRHFPKSEKYSISRLTLEKQAAKQLPAAILYQKQSKHKKSLIDPKMSKFSPIQESR .:..::: . :::. . . :. .:.: : . .:.:::.:. .. :.::::::.:.. KIAA04 GDSDYRHGARVEKYGPGPMG-PKHPSKSLAPAAISSKRSKHRKQGMEQKISKFSPIEEAK 970 980 990 1000 1010 1020 490 500 510 520 530 540 KIAA05 DLEPDYSSYMTSSTSSIGGISSRARLLQDDITFGLRKNITDQQKFMGSSLGTGLGTLGNT :.: : .:: ..:: .. ::.: .::.::.::.::. .:::..: : KIAA04 DVESDLASYPPPAVSS--SLVSRGRKFQDEITYGLKKNVYEQQKYYGMSS---------- 1030 1040 1050 1060 1070 550 560 570 580 590 600 KIAA05 IRSALQDEADKPYSSGSRSRPSSRPSSVYGLDLSIKRDSSSSSLRLKAQEAEALDVSFSH :.:..: :. :...:::: ::. : :: ..: :. . . .: ::.. KIAA04 -RDAVED--DRIYGGSSRSRA---PSAYSGEKLS-SHDFSGWG-KGYEREREAVE----- 1080 1090 1100 1110 610 620 630 640 650 660 KIAA05 ASSSARTKPTSLPISQSRGRIPIVAQNSEEESPLSPVGQPMGMARAAAGPLPPISADTRD ..: ::.:: ...:: : :. .: ::::::.::.:.: : :.::::: ..:: KIAA04 RLQKAGPKPSSLSMAHSRVRPPMRSQASEEESPVSPLGRP----RPAGGPLPP-GGDTCP 1120 1130 1140 1150 1160 1170 670 680 690 700 710 720 KIAA05 QFGSSHSLPEVQQHMREESRTRGYDRDIAFIMDDFQHAMSDSEAYHLRREETDWFDKPRE :: ::::.:.::.:... :...: :. ..:.:: . ..:::::::: .::::::::::. KIAA04 QFCSSHSMPDVQEHVKDGPRAHAYKREEGYILDDSHCVVSDSEAYHLGQEETDWFDKPRD 1180 1190 1200 1210 1220 1230 730 740 750 760 770 KIAA05 SRLE-----NGHGLDRKLPERLVHSRPLSQHQEQIIQMNGKTMH-YIFP--HARIKITRD .: . .::... . .: .: : :. . .: : : :: : : KIAA04 ARSDRFRHHGGHAVSSSSQKRG-PARH-SYHDYDEPPEEGLWPHDEGGPGRHASAKEHRH 1240 1250 1260 1270 1280 1290 780 790 800 810 820 830 KIAA05 SKDHTVSGNGLGIRIVGGKEIPGHSGEIGAYIAKI--LPGGSAEQTGKLMEGM-QVLEWN . :: : . : . :. ..: . :. :... . : . :. . :.. KIAA04 GDHGRHSGRHTG-EEPGRRAAKPHARDLGRHEARPHSQPSSAPAMPKKGQPGYPSSAEYS 1300 1310 1320 1330 1340 1350 840 850 860 870 880 890 KIAA05 GIPLTSKTYEEVQSIISQQSGEAEICVRLDLNMLSDSENSQHLELHEPPKAVDKAKSPGV .:..:..... :..... :. .. . . .:. .. . ....::. KIAA04 QPSRASSAYHHASD--SKKGSRQAHSGPAALQSKAEPQAQPQLQGRQAAPGPQQSQSPSS 1360 1370 1380 1390 1400 900 910 920 930 940 KIAA05 D--PKQLAAELQKVSLQQSPLVLS----SVVEKGSHVHSGPTSAGSSSV-------PSPG :. :.. ... ::. : :. .... . .: ::. ::. . :.:: KIAA04 RQIPSGAASRQPQTQQQQQGLGLQPPQQALTQARLQQQSQPTTRGSAPAASQPAGKPQPG 1410 1420 1430 1440 1450 1460 950 960 970 980 990 KIAA05 -------QPGSPSVSKKKHGSS----KPTDGTKVVSHPITGEIQLQINYDLGNLIIHILQ ::..: ... .::. : .: ..: : KIAA04 PSTATGPQPAGPPRAEQTNGSKGTAKAPQQGRAPQAQPTPGPGPAGVKAGARPGGTPGAP 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA05 ARNLVPRDNNGYSDPFVKVYLLPGRGQVMVVQNASAEYKRRTKHVQKSLNPEWNQTVIYK KIAA04 AGQPGADGESVFSKILPGGAAEQAGKLTEAVSAFGKKFSSFW 1530 1540 1550 1560 1570 >>KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200 aa) initn: 396 init1: 163 opt: 264 Z-score: 171.3 bits: 43.7 E(): 0.0002 Smith-Waterman score: 499; 24.607% identity (51.440% similar) in 764 aa overlap (410-1145:96-751) 380 390 400 410 420 430 KIAA05 RLHSYVKAEEDPMEDPYELKLLKHQIKQEFRRGTESLDHLAGLSHYYHADTSYRHFPKSE ::. . . .: . :.. : .:. KIAA07 RYDQREEREEYSQYATSDTAMPRSPSDYADRRSQHEPQFYEDSDHLSYRDSNRRSHRHSK 70 80 90 100 110 120 440 450 460 470 480 KIAA05 KYSI------SRLTLEKQAAKQLPAAILYQKQSKHKKSLIDPKMSKF----SPIQESRDL .: . :: :.: .. . ::.... ::..... .: .:. . KIAA07 EYIVDDEDVESRDEYERQRREE-------EYQSRYRS---DPNLARYPVKPQPYEEQMRI 130 140 150 160 170 490 500 510 520 530 540 KIAA05 EPDYSSYMTSSTSSIGGISSRARLLQDDITFGLRKNITDQQKFMGSSLGTGLGTLGNTIR . . : : .: :.:. :: . ..:. :.. ... : KIAA07 HAEVSRARHERRHS--DVSLANADLEDSRISMLRMDRPSRQR----SISERRAAMENQRS 180 190 200 210 220 550 560 570 580 590 600 KIAA05 SALQD--EADKPYSSGSRSRPSSRPSSVYGLDLSIKRDSSSSSLRLKAQEAEALDVSFSH ... ::. : : ..:. : :. . : : : . . :. :. :: : : KIAA07 YSMERTREAQGPSSYAQRTTNHSPPTPRRS-PLPIDRPDLRRTDSLRKQHH--LDPS-SA 230 240 250 260 270 280 610 620 630 640 650 660 KIAA05 ASSSARTKPTSLPISQSRGRIPIVAQNSEEESPLSPVGQPMGMARAAAGPLPPIS-ADTR . .. : : .. ..: . ...:: : : .: .. : . :: .... KIAA07 VRKTKREKMETMLRNDS-----LSSDQSESVRP--PPPKPHKSKKG--GKMRQISLSSSE 290 300 310 320 330 670 680 690 700 710 720 KIAA05 DQFGSSHSLPEVQQ-HMREESRTRGYDRDIAFIMDDFQHAMSDSEAYHLRREETDWFD-K ....:. .. ... :: .. : . . . : ..:::.. :..: .: . KIAA07 EELASTPEYTSCDDVEIESESVSEKGDSQKGKRKTSEQAVLSDSNTRSERQKEMMYFGGH 340 350 360 370 380 390 730 740 750 760 770 KIAA05 PRESRLE------NGHGLDRKLPERLVHSRPLSQHQEQIIQMNGKTMHYIFPHARIKITR : :: . :.: : . . :. .. . . .: .. .:: ... KIAA07 SLEEDLEWSEPQIKDSGVDTCSSTTLNEEHSHSD-KHPVTWQPSKDGDRLI--GRILLNK 400 410 420 430 440 450 780 790 800 810 820 830 KIAA05 DSKDHTV---SGNGLGIRIVGGKEIPGHSGEIGAYIAKILPGGSAEQTGKLMEGMQVLEW :: .: :: ::...:::: .::.. :.:.:. :. :. .:.: : .:::: KIAA07 RLKDGSVPRDSGAMLGLKVVGGKMT--ESGRLCAFITKVKKGSLADTVGHLRPGDEVLEW 460 470 480 490 500 510 840 850 860 870 880 890 KIAA05 NGIPLTSKTYEEVQSIISQQSGEAEICVRLDLNMLSDSENSQHLELHEPPKAVDKAKSPG :: : . :.::: .:: ... : .. .: . .: . . KIAA07 NGRLLQGATFEEVYNIILESKPEPQV----------------ELVVSRPIGDIPRI---- 520 530 540 550 900 910 920 930 940 950 KIAA05 VDPKQLAAELQKVSLQQSPLVLSSVVEKGSHVHSGPTSAGSSSVPSPGQPGSPSVSKKKH : . :.:.. : : .: . : :: :: .:: KIAA07 --PDSTHAQLESSS---------------SSFESQKMDRPSISVTSPMSPGM-------- 560 570 580 960 970 980 990 1000 1010 KIAA05 GSSKPTDGTKVVSHPITGEIQLQINYD-LGN-LIIHILQARNLVPRDNNGYSDPFVKVYL . : . ..:...... .: .:. ::. :: :..: :... .:.::.:. KIAA07 --------LRDVPQFLSGQLSIKLWFDKVGHQLIVTILGAKDLPSREDGRPRNPYVKIYF 590 600 610 620 630 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA05 LPGRGQVMVVQNASAEYKRRTKHVQKSLNPEWNQTVIYKSISMEQLKKKTLEVTVWDYDR :: : : . ::::: :.:.:.:.:::: ::. . ...... ::.:.:: : KIAA07 LPDR---------SDKNKRRTKTVKKTLEPKWNQTFIYSPVHRREFRERMLEITLWDQAR 640 650 660 670 680 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA05 FSS--NDFLGEVLIDLSSTSHLDNTPRWYPLKEQTESIDHGKSHSSQSSQQSPKPSVIKS ..::::.::.: :. ::. :.:: : ::... :. :.: . . KIAA07 VREEESEFLGEILIELE-TALLDDEPHWYKL--QTHDV-------SSLPLPHPSPYMPRR 690 700 710 720 730 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA05 RSHGIFPDPSKDMQVPTIEKSHSSPGSSKSSSEGHLRSHGPSRSQSKTSVTQTHLEDAGA . :: .:.. .: KIAA07 QLHG--ESPTRRLQRSKRISDSEVSDYDCDDGIGVVSDYRHDGRDLQSSTLSVPEQVMSS 740 750 760 770 780 790 >>KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053 aa) initn: 471 init1: 160 opt: 253 Z-score: 165.4 bits: 42.5 E(): 0.00043 Smith-Waterman score: 490; 26.949% identity (51.186% similar) in 590 aa overlap (583-1145:413-913) 560 570 580 590 600 610 KIAA05 QDEADKPYSSGSRSRPSSRPSSVYGLDLSIKRDSSSSSLRLKAQEAEALDVSFSHASSSA .: :. . : .: : . ..: ..: KIAA03 DPNLARYPVKPPPEEQQMRMHARVSRARHERRHSDVALPRTEAGAALPEGKAGKRAPAAA 390 400 410 420 430 440 620 630 640 650 660 KIAA05 RTKPTSLPISQS-----RGRIPIVAQNSEEESPLSPVGQPMGMARAAAGPLPPISADTR- :..: . : . : . : : . : ... :: .: :. :. ..: KIAA03 RASPPDSPRAYSAERTAETRAPGAKQLTNH-SPPAPRHGPVPAEAPELKAQEPLRKQSRL 450 460 470 480 490 500 670 680 690 700 710 KIAA05 -----------DQFGSSHSLPEVQQHMREESRTRGYDRDIAFIMDDFQHAMSDSEAYHLR :...:..: . . . :: . . .. ....: : . KIAA03 DPSSAVLMLRNDSLSSDQSESVRPSPPKPHRSKRGGKKRQMSVSSSEEEGVSTPEYTSCE 510 520 530 540 550 560 720 730 740 750 760 KIAA05 REETDWFDKPRESRLENGHGLDRK-LPERLVHSR---PLSQHQE--QIIQMNGKTMHYIF : . :: :.: :: : ::: :.:.: : . . . . .. KIAA03 DVELE-----SESVSEKGD-LDYYWLDPATWHSRETSPISSHPVTWQPSKEGDRLIGRVI 570 580 590 600 610 770 780 790 800 810 820 KIAA05 PHARIKITRDSKDHTVSGNGLGIRIVGGKEIPGHSGEIGAYIAKILPGGSAEQTGKLMEG . : . .:: : ::...:::: :..::.:.:. :. :. .:.: : KIAA03 LNKRTTMPKDS------GALLGLKVVGGKMTD--LGRLGAFITKVKKGSLADVVGHLRAG 620 630 640 650 660 830 840 850 860 870 880 KIAA05 MQVLEWNGIPLTSKTYEEVQSIISQQSGEAEICVRLDLNMLSDSENSQHLELHEPPKAVD .:::::: :: . : ::: .:: ....: .. . ..: . . :. . KIAA03 DEVLEWNGKPLPGATNEEVYNIILESKSEPQVEI-----IVSRP-------IGDIPR-IP 670 680 690 700 710 890 900 910 920 930 940 KIAA05 KAKSPGVDPKQLAAELQKVSLQQSPLVLSSVVEKGSHVHSGPTSAGSSSVPSPGQPGSPS ... : .. .. . : ::. . : : :: :: .::. . KIAA03 ESSHPPLESSSSSFESQKM---ERP---------------------SISVISPTSPGALK 720 730 740 750 950 960 970 980 990 1000 KIAA05 VSKKKHGSSKPTDGTKVVSHPITGEIQLQINYD-LGN-LIIHILQARNLVPRDNNGYSDP :. .:. : :...... :: .:. ::...::: .: : .. .: KIAA03 ------------DAPQVL--P--GQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQATDLPARVDGRPRNP 760 770 780 790 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA05 FVKVYLLPGRGQVMVVQNASAEYKRRTKHVQKSLNPEWNQTVIYKSISMEQLKKKTLEVT .::.:.:: : : . ::::: :.: :.:.:::: .:. . ...... ::.: KIAA03 YVKMYFLPDR---------SDKSKRRTKTVKKILEPKWNQTFVYSHVHRRDFRERMLEIT 800 810 820 830 840 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA05 VWDYDRFSS--NDFLGEVLIDLSSTSHLDNTPRWYPLKEQTESIDHGKSHSSQSSQQSPK ::: : . ..::::.::.: :. ::. :.:: :. . :: : :. KIAA03 VWDQPRVQEEESEFLGEILIELE-TALLDDEPHWYKLQTHDES-----------SLPLPQ 850 860 870 880 890 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA05 PSVIKSRSHGIFPDPSKDMQVPTIEKSHSSPGSSKSSSEGHLRSHGPSRSQSKTSVTQTH :: . : : . :: .: KIAA03 PSPFMPRRHIHGESSSKKLQRSQRISDSDISDYEVDDGIGVVPPVGYRSSARESKSTTLT 900 910 920 930 940 950 1212 residues in 1 query sequences 1986293 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:59 2008 done: Thu Dec 18 15:06:59 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]