# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00116.fasta.nr -Q ../query/KIAA0540.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0540, 2041 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823899 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7218+/-0.00019; mu= 14.7417+/- 0.011 mean_var=92.9935+/-18.152, 0's: 35 Z-trim: 46 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.132999 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119585207|gb|EAW64803.1| hCG15426, isoform CRA_ (2040) 13701 2640.5 0 gi|34526553|dbj|BAC85154.1| FLJ00341 protein [Homo (2760) 9315 1799.1 0 gi|194221387|ref|XP_001916603.1| PREDICTED: neurob (2748) 8664 1674.2 0 gi|109483998|ref|XP_236649.4| PREDICTED: similar t (2745) 8354 1614.7 0 gi|189030822|sp|Q6ZQA0.2|NBEL2_MOUSE RecName: Full (2742) 8325 1609.1 0 gi|187957482|gb|AAI57957.1| Nbeal2 protein [Mus mu (2750) 8318 1607.8 0 gi|149260328|ref|XP_982666.2| PREDICTED: similar t (2825) 8317 1607.6 0 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4.2e-175 gi|34536111|dbj|BAC87543.1| unnamed protein produc (1042) 3188 623.1 4.5e-175 gi|149944613|ref|NP_001092743.1| neurobeachin-like (1404) 3187 623.0 6.4e-175 gi|148667728|gb|EDL00145.1| mCG116543 [Mus musculu (1942) 3174 620.6 4.6e-174 gi|153791557|ref|NP_775620.2| neurobeachin like 1 (2688) 3174 620.7 5.9e-174 gi|149046043|gb|EDL98936.1| rCG22325 [Rattus norve (2645) 3173 620.5 6.7e-174 gi|118093506|ref|XP_421964.2| PREDICTED: hypotheti (2298) 3138 613.8 6.3e-172 gi|47216728|emb|CAG01002.1| unnamed protein produc (2221) 3136 613.4 8e-172 gi|109100697|ref|XP_001094456.1| PREDICTED: simila (2295) 3076 601.9 2.4e-168 gi|33417009|gb|AAH55813.1| Nbeal1 protein [Mus mus ( 707) 2845 557.2 2.2e-155 gi|148677062|gb|EDL09009.1| mCG146094 [Mus musculu ( 448) 2769 542.4 3.7e-151 gi|115681472|ref|XP_785921.2| PREDICTED: hypotheti (3355) 2614 513.4 1.6e-141 gi|198437793|ref|XP_002124159.1| PREDICTED: ALS2CR (2609) 2486 488.7 3.2e-134 gi|156212913|gb|EDO33951.1| predicted protein [Nem ( 988) 2465 484.4 2.5e-133 gi|215493323|gb|EEC02964.1| nbeal1, putative [Ixod (1960) 2292 451.4 4.1e-123 gi|190586905|gb|EDV26958.1| hypothetical protein T ( 887) 2285 449.8 5.7e-123 gi|26334213|dbj|BAC30824.1| unnamed protein produc ( 550) 2228 438.7 7.7e-120 gi|167878726|gb|EDS42109.1| beach protein [Culex q ( 879) 2138 421.6 1.7e-114 gi|190625025|gb|EDV40549.1| GF10565 [Drosophila an ( 879) 2135 421.0 2.6e-114 gi|194164285|gb|EDW79186.1| GK12734 [Drosophila wi ( 878) 2122 418.5 1.5e-113 gi|194128403|gb|EDW50446.1| GM14636 [Drosophila se ( 878) 2118 417.7 2.5e-113 gi|194179768|gb|EDW93379.1| GE21425 [Drosophila ya ( 905) 2115 417.2 3.8e-113 gi|10727297|gb|AAF47865.2| CG1332 [Drosophila mela ( 878) 2113 416.8 4.9e-113 gi|194153486|gb|EDW68670.1| GJ12835 [Drosophila vi ( 879) 2111 416.4 6.3e-113 gi|54641798|gb|EAL30548.1| GA12201 [Drosophila pse ( 880) 2111 416.4 6.3e-113 gi|193918426|gb|EDW17293.1| GI16583 [Drosophila mo ( 878) 2098 413.9 3.6e-112 gi|190653646|gb|EDV50889.1| GG15207 [Drosophila er ( 878) 2098 413.9 3.6e-112 gi|55242555|gb|EAL40970.1| AGAP003389-PA [Anophele ( 885) 2094 413.1 6.1e-112 gi|193896990|gb|EDV95856.1| GH15934 [Drosophila gr ( 878) 2084 411.2 2.3e-111 gi|108882503|gb|EAT46728.1| conserved hypothetical ( 884) 2079 410.3 4.5e-111 >>gi|119585207|gb|EAW64803.1| hCG15426, isoform CRA_c [H (2040 aa) initn: 13701 init1: 13701 opt: 13701 Z-score: 14197.3 bits: 2640.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 13701; 100.000% identity (100.000% similar) in 2040 aa overlap (2-2041:1-2040) 10 20 30 40 50 60 KIAA05 PMELRHLLRPRPGLDSEPGGAEAGKARHAGAVIRTLSGMARHQGPARALRYFDLTPSMAG ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 MELRHLLRPRPGLDSEPGGAEAGKARHAGAVIRTLSGMARHQGPARALRYFDLTPSMAG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA05 IMVPPVQRWPGPGFTFHAWLCLHPMDTAPTPAPTRPLQRKQLYSFFTSSGSGFEAFFTAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 IMVPPVQRWPGPGFTFHAWLCLHPMDTAPTPAPTRPLQRKQLYSFFTSSGSGFEAFFTAA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 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