# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00116.fasta.huge -Q ../query/KIAA0540.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0540, 2041 aa vs ./tmplib.23663 library 1985464 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4241+/-0.00653; mu= 13.3418+/- 0.445 mean_var=159.3465+/-37.463, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.101602 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1544 ( 1028 res) fh02556 (1028) 1367 213.7 2e-55 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 1231 194.0 2.6e-49 KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270) 1161 183.6 2.8e-46 >>KIAA1544 ( 1028 res) fh02556 (1028 aa) initn: 1450 init1: 488 opt: 1367 Z-score: 1087.1 bits: 213.7 E(): 2e-55 Smith-Waterman score: 1652; 33.667% identity (62.024% similar) in 998 aa overlap (1041-1999:73-1011) 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA05 QFEMDTYAKSHDLMSGFWNACYDMLMSSGQRRQWERAQSRRAFQELVLEPAQRRARLEGL :.. : .... :. . : : . : . KIAA15 IELINEGRLLCHAMKDHIVRVANEAEFILNRQRAEDVHKHAEFESQCAQYAADRREEEKM 50 60 70 80 90 100 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA05 RYTAVLKQQATQHSMALLHWGALWRQLASPCGAW-ALRDTPIPR-WKLSSAETYSRMRLK . . .: : . :.. ::: :. . . :.:. : : : . KIAA15 CDHLISAAKHRDHVTANQLKQKILNILTNKHGAWGAVSHSQLHDFWRLDYWEDDLRRRRR 110 120 130 140 150 160 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA05 LVPNHHFDPHLEA--SALRDNLGEVPLTPTEEASLPLAVTKEAKVSTPPELLQEDQLGED .: : . : :: .: . : .. .... :.... .. ::. : :.: KIAA15 FVRNAFGSTHAEALLKAAIEYGTEEDVVKSKKTFRSQAIVNQ---NAETELMLE---GDD 170 180 190 200 210 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA05 ELAELETPMEAAELDEQREKLVLSAECQLVTVVAVVPGLLEVTTQNVYFY----DGSTER . . : .. :.:. .:::. ::.. :.:. : : .:: ..:: :.. .. KIAA15 DAVSL---LQEKEIDNLAGPVVLSTPAQLIAPVVVAKGTLSITTTEIYFEVDEDDSAFKK 220 230 240 250 260 270 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA05 VETEEGI---GYDFRRPLAQLREVHLRRFNLRRSALELFFIDQANYFLNFPCKVGTTPVS ..:. : . ....: : ::. :. .:::.:. .... ..::: .. . : KIAA15 IDTKVLAYTEGLHGKWMFSEIRAVFSRRYLLQNTALEVFMANRTSVMFNFPDQATVKKVV 280 290 300 310 320 330 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA05 SPSQTPRPQPGPIPPHTQVRNQVYSWLLRLRPPSQGYLSSRSPQEMLRASGLTQKWVQRE . :: : :. : :. .: .:... ..:..::.: .:: KIAA15 --YSLPRVGVGT------------SYGL----PQARRISLATPRQLYKSSNMTQRWQRRE 340 350 360 370 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA05 ISNFEYLMQLNTIAGRTYNDLSQYPVFPWVLQDYVSPTLDLSNPAVFRDLSKPIGVVNPK :::::::: ::::::::::::.::::::::: .: : :::. :. :::::::::..::: KIAA15 ISNFEYLMFLNTIAGRTYNDLNQYPVFPWVLTNYESEELDLTLPGNFRDLSKPIGALNPK 380 390 400 410 420 430 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA05 HAQLVREKYESFEDPAGTIDKFHYGTHYSNAAGVMHYLIRVEPFTSLHVQLQSGRFDCSD .: . :.::..:: . .::.::::.:.... .:.:.::::.. .. ..:.:: : KIAA15 RAVFYAERYETWEDDQS--PPYHYNTHYSTATSTLSWLVRIEPFTTFFLNANDGKFDHPD 440 450 460 470 480 490 1480 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA05 RQFHSVAAAWQARLESPADVKELIPEFFYFPDFLENQNGFDLGCLQLTNEKVGDVVLPPW : : ::: .:.. .. .:::::::::.:.:... :.::..:: .. . :.:: :::: KIAA15 RTFSSVARSWRTSQRDTSDVKELIPEFYYLPEMFVNSNGYNLG-VREDEVVVNDVDLPPW 500 510 520 530 540 550 1540 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA05 ASSPEDFIQQHRQALESEYVSAHLHEWIDLIFGYKQRGPAAEEALNVFYYCTYEGAVDLD :..::::.. .:.:::::.:: .::.::::::::::::: : .:::::.: ::::.:.:: KIAA15 AKKPEDFVRINRMALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQRGPEAVRALNVFHYLTYEGSVNLD 560 570 580 590 600 610 1600 1610 1620 1630 1640 1650 KIAA05 HVTDERERKALEGIISNFGQTPCQLLKEPHPTRLSAEEAAHRLARLDTNSPSIFQHLDEL .:: :.:.:. :.:::::: ::: :::: : :: .: : .:: .:. :.. KIAA15 SITDPVLREAMEAQIQNFGQTPSQLLIEPHPPRSSA----MHLCFLP-QSPLMFK--DQM 620 630 640 650 660 1660 1670 1680 1690 1700 KIAA05 KAFFAEVVSDGVPLVLALVPHRQPHSFITQGS-PDL----LVTVSASGLLGTHSW----- . . : .:: . : .: . .. .. : : .:::. : :.... : KIAA15 Q--------QDVIMVLKF-PSNSPVTHVAANTLPHLTIPAVVTVTCSRLFAVNRWHNTVG 670 680 690 700 710 1710 1720 1730 1740 1750 1760 KIAA05 ---LP-YDRNISNYFSFSKDPTMGSHK--TQRLLSGPWVPGSGVSGQALAVAPDGKLLFS : :. . .... . :: ..... ..: .. . .... ..:. :.. .. KIAA15 LRGAPGYSLDQAHHLPIEMDPLIANNSGVNKRQITDLVDQSIQINAHCFVVTADNRYILI 720 730 740 750 760 770 1770 1780 1790 1800 1810 KIAA05 GGHWDGSLRVTALPRGKLLSQLSCHLDVVTCLALDTCGI----YLISGSRDTTCMVWRLL : :: :.:: . ::: . . : ::::::: . : :..:::::.: ..: KIAA15 CGFWDKSFRVYSTETGKLTQIVFGHWDVVTCLARSESYIGGDCYIVSGSRDATLLLWYWS 780 790 800 810 820 830 1820 1830 1840 1850 1860 1870 KIAA05 ---HQGGLSVGLA--PKPVQVLYGHGAAVSCVAISTELDMAVSGSEDGTVIIHTVRRGQF : : . . . : : :: :: : ::.. .:: ...::...: ..::. :.. KIAA15 GRHHIIGDNPNSSDYPAPRAVLTGHDHEVVCVSVCAELGLVISGAKEGPCLVHTIT-GDL 840 850 860 870 880 890 1880 1890 1900 1910 1920 1930 KIAA05 VAALR-PLGATFPGPIFHLALGSEGQIVVQSSAWERPGAQVTYSLHLYSVNGKLRASLPL . ::. : . :: : ...:::. .. .:: . .:.:::: :.. . KIAA15 LRALEGPENCLFPRLI---SVSSEGHCIIY---YERG------RFSNFSINGKLLAQMEI 900 910 920 930 940 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA05 AEQPTALTVTEDF--VLLGTAQCALHILQLNTLLPAAPPLPMKVAIRSVAVTKERSHVLV .. :. .. : .. : . .... : . ..::.. ..... ... KIAA15 NDSTRAILLSSDGQNLVTGGDNGVVEVWQACDFKQLYIYPGCDAGIRAMDLSHDQRTLIT 950 960 970 980 990 1000 2000 2010 2020 2030 2040 KIAA05 GLEDGKLIVVVAGQPSEVRSSQFARKLWRSSRRISQVSSGETEYNPTEAR :. .:... KIAA15 GMASGSIVAFNIDFNRWHYEHQNRY 1010 1020 >>KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556 aa) initn: 752 init1: 599 opt: 1231 Z-score: 977.2 bits: 194.0 E(): 2.6e-49 Smith-Waterman score: 1340; 36.162% identity (60.574% similar) in 766 aa overlap (1176-1875:533-1246) 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA05 DNLGEVPLTPTEEASLPLAVTKEAKVSTPPELLQEDQLGEDELAELETPMEAA---ELDE : :: ::..: : : . : .: : KIAA09 EDTIAKVKGLVKPPLKRSRSAPDGGDEENQEQLQ-DQIAEGSSIEEEEKTDNATLLRLLE 510 520 530 540 550 560 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA05 QREKLVLSAECQLVTVVAVVPGLLEVTTQNVYFYDG----STERVETEEGIGYDFRRPL- . ::. .: : . . ::: .. : :: .:.... : . ....:. KIAA09 EGEKIQHMYRCARVQGLDTSEGLLLFGKEHFYVIDGFTMTATREIRDIETLPPNMHEPII 570 580 590 600 610 620 1260 1270 1280 1290 KIAA05 --------AQLR------------EVHLRRFNLRRSALELFFIDQANYFLNFPCKVGTTP .::. ::: ::. :. :.:.: : ::.: : KIAA09 PRGARQGPSQLKRTCSIFAYEDIKEVHKRRYLLQPIAVEVFSGDGRNYLLAF-------- 630 640 650 660 670 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA05 VSSPSQTPRPQPGPIPPHTQVRNQVYSWLLRLRPP---SQGYLSSRSPQEML-RASGL-- : : .::.::. .: . : :. .:.. :. . ..::: KIAA09 ----------QKG-------IRNKVYQRFLAVVPSLTDSSESVSGQRPNTSVEQGSGLLS 680 690 700 710 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA05 --------TQKWVQREISNFEYLMQLNTIAGRTYNDLSQYPVFPWVLQDYVSPTLDLSNP ::.: . :::::.:::.:::.:::.:::: :::::::.: :: : .::.:: KIAA09 TLVGEKSVTQRWERGEISNFQYLMHLNTLAGRSYNDLMQYPVFPWILADYDSEEVDLTNP 720 730 740 750 760 770 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA05 AVFRDLSKPIGVVNPKHAQLVREKYESFEDPAGTIDKFHYGTHYSNAAGVMHYLIRVEPF .::.:.::.:. . .. ...:...::: : .:::::::.: : ::.:.::: KIAA09 KTFRNLAKPMGAQTDERLAQYKKRYKDWEDPNGETPAYHYGTHYSSAMIVASYLVRMEPF 780 790 800 810 820 830 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA05 TSLHVQLQSGRFDCSDRQFHSVAAAW-QARLESPADVKELIPEFFYFPDFLENQNGFDLG :.. ..::.:.:: .::.:::: :: .: .. ::::::::::::.:.:: :.:.:::: KIAA09 TQIFLRLQGGHFDLADRMFHSVREAWYSASKHNMADVKELIPEFFYLPEFLFNSNNFDLG 840 850 860 870 880 890 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA05 CLQLTNEKVGDVVLPPWASS-PEDFIQQHRQALESEYVSAHLHEWIDLIFGYKQRGPAAE : : .. :.:::.:::::.. :..::. ::.::: .::::::::::::::::::.:::: KIAA09 CKQ-NGTKLGDVILPPWAKGDPREFIRVHREALECDYVSAHLHEWIDLIFGYKQQGPAAV 900 910 920 930 940 950 1590 1600 1610 1620 1630 KIAA05 EALNVFYYCTYEGAVDLDHVTDERERKALEGIISNFGQTPCQLLKEPHP-----TRLSAE ::.:::.. ::: ::. ...: .. : :.:.:::: : ::.:.::: .::... KIAA09 EAVNVFHHLFYEGQVDIYNINDPLKETATIGFINNFGQIPKQLFKKPHPPKRVRSRLNGD 960 970 980 990 1000 1010 1640 1650 1660 1670 1680 1690 KIAA05 EAAHRLARLDTNSPSIFQHLDELKAFFAEVVSDGVPLVLALVPHRQPHSFITQGSPDLLV .:. . .:.. .:.:::.:. : . . ..: . :. . .:. KIAA09 NAGISVLPGSTSDKIFFHHLDNLR-----------PSLTPVKELKEPVGQIVCTDKGILA 1020 1030 1040 1050 1060 1700 1710 1720 1730 1740 1750 KIAA05 TVSASGLLGTHSWLPYDRNIS-NYFSFSKDPTMGSHKTQRLLS-----GPWVPGSGVSGQ : . .: .: ..... .: ..: .:...... .. . : :: KIAA09 -VEQNKVLIPPTW---NKTFAWGYADLSC--RLGTYESDKAMTVYECLSEW-------GQ 1070 1080 1090 1100 1110 1760 1770 1780 1790 1800 KIAA05 AL-AVAPDGKLLFSGGH------WDGSLRVTALPRGKLLSQLSCHLDVVTCLALDTCGIY : :. :. ::...:: :. . : . : : :.::: . . KIAA09 ILCAICPNPKLVITGGTSTVVCVWEMGTSKEKAKTVTLKQALLGHTDTVTCATASLAYHI 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1810 1820 1830 1840 1850 KIAA05 LISGSRDTTCMVWRLLHQGGLSVGLAPK-PVQVLYGH---GAAVSCVAISTELDMAVSGS ..::::: ::..: : . . :. . . ::..: . : :::.. .. ...:. KIAA09 IVSGSRDRTCIIWDLNKLSFLTQLRGHRAPVSALCINELTGDIVSCAGTYIHV-WSINGN 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1860 1870 1880 1890 1900 1910 KIAA05 EDGTVIIHTVRRGQFVAALRPLGATFPGPIFHLALGSEGQIVVQSSAWERPGAQVTYSLH .: : : :.. KIAA09 PIVSVNTFTGRSQQIICCCMSEMNEWDTQNVIVTGHSDGVVRFWRMEFLQVPETPAPEPA 1240 1250 1260 1270 1280 1290 >>KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270 aa) initn: 940 init1: 477 opt: 1161 Z-score: 922.8 bits: 183.6 E(): 2.8e-46 Smith-Waterman score: 1220; 29.963% identity (55.288% similar) in 1078 aa overlap (994-1998:246-1263) 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA05 EPLGLQWGLPSLPPTNGSPTFFEDFQAFCATPEWRHFIDKQVQPTMSQFEMDTYAKS--- :: :.. . : : ... . . ..: KIAA16 VAQRQQTLEDAFKIDLSVKPGEREVKIEEVTPLWEETMLKAWQHYLASEKKSLASRSNVA 220 230 240 250 260 270 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA05 HDLMSGFWNACYDMLMSSGQRRQWERAQSRRAFQELVLEPAQRRAR-LEGLRYTAVLKQQ : .:.. . :. :: . . . .: .::.. : . : .... KIAA16 HHSKVTLWSGSLSSAMKLMPGRQAKDPECKTEDFVSCIENYRRRGQELYASLYKDHVQRR 280 290 300 310 320 330 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA05 ATQHSMALLHWGALWRQLASPCGAWALRDT--PIPRWKLSSAETYSRMRLK---LVPNHH . : :. . .:: . : :. . : :.:. : .::: . : : . 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KIAA16 -KTSPAVTALAVSRNHTKLLVGDERGRIFCWSADG 1240 1250 1260 1270 2041 residues in 1 query sequences 1985464 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:13 2008 done: Thu Dec 18 15:06:15 2008 Total Scan time: 1.050 Total Display time: 0.300 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]