# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg02898s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0529.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0529, 952 aa vs ./tmplib.23663 library 1986553 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7444+/-0.00513; mu= 11.1864+/- 0.349 mean_var=105.0007+/-24.745, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 6 in 1/39 Lambda= 0.125164 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371) 881 170.7 1.1e-42 KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120) 664 131.5 5.8e-31 KIAA1097 ( 980 res) hk07058 ( 980) 368 78.0 6.5e-15 KIAA1003 ( 917 res) hk09911 ( 917) 351 74.9 5.2e-14 KIAA1203 ( 727 res) fg03361 ( 727) 254 57.2 8.3e-09 KIAA1594 ( 931 res) fj09468 ( 931) 233 53.6 1.4e-07 KIAA0190 ( 813 res) ha03225 ( 813) 221 51.3 5.6e-07 KIAA1063 ( 593 res) hj04848 ( 593) 216 50.3 8.3e-07 KIAA1453 ( 1123 res) fh14729 (1123) 193 46.4 2.3e-05 KIAA1372 ( 773 res) fj03335 ( 773) 169 41.9 0.00036 KIAA1057 ( 977 res) hh11838 ( 977) 149 38.4 0.0052 KIAA1891 ( 780 res) fk02783 ( 780) 143 37.2 0.0094 >>KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371 aa) initn: 1340 init1: 830 opt: 881 Z-score: 858.4 bits: 170.7 E(): 1.1e-42 Smith-Waterman score: 1345; 35.519% identity (59.290% similar) in 732 aa overlap (257-906:547-1269) 230 240 250 260 270 280 KIAA05 PNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTE ::. :: ::::::::::.:: :::: : . 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KIAA08 VSKENSTASEVLDSLSQSVHVKPENLRLAEVIKNRFHRVFLPSHSLDTVSPSDTLLCFEL 760 770 780 790 800 810 530 540 550 KIAA05 NINRTEDTEHVII------------PV-----CLR------EKFRHSSY----------- .. :.:.. :. : : ::... . KIAA08 -LSSELAKERVVVLEVQQRPQVPSVPISKCAACQRKQQSEDEKLKRCTRCYRVGYCNQLC 820 830 840 850 860 870 560 570 580 590 600 KIAA05 --TH---HTG---SSLFGQPFLMAVPRNNTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH :: : : .: :::..:: . :: . :: . : . KIAA08 QKTHWPDHKGLCRPENIGYPFLVSVPASRLTYARLAQLLEGYARYSVSVFQPPFQPGRMA 880 890 900 910 920 930 610 620 630 640 650 KIAA05 C------CKDQNINGNGPNGIHEEG--SPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSV : .:. : :. .: :.. : :. : :: . . : KIAA08 LESQSPGCTTLLSTGSLEAGDSERDPIQPPELQLVTPMAEG--DTGLP---RVWAAPDR- 940 950 960 970 980 660 670 680 690 KIAA05 GGDNDSENGLCTEDTCKGQL------TGHK-KR----LFTFQFNNLGNTD------INYI : : .:. .: .: . .:.. .: . .: . . . : : KIAA08 -GPVPSTSGISSEMLASGPIEVGSLPAGERVSRPEAAVPGYQHPSEAMNAHTPQFFIYKI 990 1000 1010 1020 1030 1040 700 710 720 730 740 750 KIAA05 KDDTRHIRFDDR---QLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHES--VEYKPPK ...:. :..:. :.: . ::: : . . . : :....: :. . . KIAA08 DSSNREQRLEDKGDTPLELGDDCSLALVWRNNERLQEFVLVASKELECAEDPGSAGEAAR 1050 1060 1070 1080 1090 1100 760 770 780 790 800 810 KIAA05 KPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSR : .:..::: : :. :. ::::.::.:..:.:.: :: :: ::.:.:::::. KIAA08 AGHFTLDQCLNLFTRPEVLAPEEAWYCPQCKQHREASKQLLLWRLPNVLIVQLKRFSFRS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 820 830 840 850 860 KIAA05 YM-RDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGPC-RYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAK--- .. :::.. ::.::. .::.:.: :. . :.: :: :::::: :::::: :. KIAA08 FIWRDKINDLVEFPVRNLDLSKFCIGQKEEQLPSYDLYAVINHYGGMIGGHYTACARLPN 1170 1180 1190 1200 1210 1220 870 880 890 900 910 920 KIAA05 ----NKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASA ...: : ::::.:.:..:.:.:.. ::::::.:... KIAA08 DRSSQRSDVGWRLFDDSTVTTVDESQVVTRYAYVLFYRRRNSPVERPPRAGHSEHHPDLG 1230 1240 1250 1260 1270 1280 930 940 950 KIAA05 ATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN KIAA08 PAAEAAASQASRIWQELEAEEEPVPEGSGPLGPWGPQDWVGPLPRGPTTPDEGCLRYFVL 1290 1300 1310 1320 1330 1340 >>KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120 aa) initn: 649 init1: 649 opt: 664 Z-score: 647.7 bits: 131.5 E(): 5.8e-31 Smith-Waterman score: 664; 41.841% identity (67.782% similar) in 239 aa overlap (214-448:729-967) 190 200 210 220 230 KIAA05 MSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLP----SY ..:. : : : .:. : : : KIAA00 KAKPQIPAERDREPSKLKRSYSSPDITQAIQEEEKRKPTVTPTVNRENKPTCYPKAEISR 700 710 720 730 740 750 240 250 260 270 280 290 KIAA05 TAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNF . .. .: .. :.: :: ::::::.::: .::: :.: :..:: . ::...: KIAA00 LSASQIRNLNPVFGGSGPALTGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDDINR 760 770 780 790 800 810 300 310 320 330 340 350 KIAA05 DNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFL .: :: .::.:. .. ..: .:.:.. :..:. :: .:.. ::.::.::: :::: :: KIAA00 SNLLGHKGEVAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGKINDQFAGYSQQDSQELLLFL 820 830 840 850 860 870 360 370 380 390 400 410 KIAA05 LDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVC .::::::::. .. . .. : : .::.::..: . :.:::: .:.: ::::. : KIAA00 MDGLHEDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKSTVQC 880 890 900 910 920 930 420 430 440 450 460 470 KIAA05 PECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTA : : : ::. : ::.::: .. ::. KIAA00 LTCHKKSRTFEAFMYLSLPLASTSKCTLQDCLRLFSKEEKLTDNNRFYCSHCRARRDSLK 940 950 960 970 980 990 >>KIAA1097 ( 980 res) hk07058 (980 aa) initn: 664 init1: 201 opt: 368 Z-score: 359.6 bits: 78.0 E(): 6.5e-15 Smith-Waterman score: 494; 23.932% identity (50.997% similar) in 702 aa overlap (224-903:169-752) 200 210 220 230 240 KIAA05 PDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVK-------NS--NYCLPSYTAYKN :: :.:. :: .. .:: :. :. KIAA10 HYLTVNLTTLRVWCYACSKEVFLDRKLGTQPSLPHVRQPHQIQENSVQDFKIPSNTTLKT 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 KIAA05 -----YDYSEPGRNNEQP----GLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQE .: . ..:. :: ::.:.::::.::.:.: ::: ::::..::. KIAA10 PLVAVFDDLDIEADEEDELRARGLTGLKNIGNTCYMNAALQALSNCPPLTQFFLDCGGLA 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 KIAA05 ELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMW-SGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQE . . .: : ::: .:. ..: ... . :.: .. . : : ::.::: :: KIAA10 RTD-KKP-----AICKSYLKLMTELWYKSRPGSVVPTTLFQGIKTVNPTFRGYSQQDAQE 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 KIAA05 LLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFK .: :.: :::.:.. :. ... :. ...::. :. ...: :: :. KIAA10 FLRCLMDLLHEELKE-------QVMEVEEDPQTITTEETMEEDKSQSD---VD-----FQ 320 330 340 350 420 430 440 450 460 470 KIAA05 STLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNIL : : . . :. ... . ..:.. : .. :. : KIAA10 SCESCSNSDRAENENGSRCF-------SEDNNETTMLIQDDENNSEMSKDWQKEK----- 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 530 KIAA05 DLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTE .:. .. ... . .: :.. .:: : :. .. : KIAA10 -MCNKINKVNS------------EGEF------DKDRDSISETVDL----------NNQE 410 420 430 540 550 560 570 580 590 KIAA05 HVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTE : . . . : : : . :. .. : .. : :. . ..:. KIAA10 TVKVQI----HSRASEYITDVHSNDLSTPQIL--PSNEGVNP-------------RLSAS 440 450 460 470 600 610 620 630 640 650 KIAA05 TEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDS .. :: :. : ...:. :..... .. : KIAA10 PPKS-------------GNLWPGL------------APPHKKAQSAS-PKRKKQHKKYRS 480 490 500 510 660 670 680 690 700 710 KIAA05 VGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRL : .: .. . . : :: . . :..: . : :.: ... ... . KIAA10 VISDI-FDGTIISSVQC---LTCDRVSVTLETFQDL-SLPIPG-KEDLAKLHSSSHPTSI 520 530 540 550 560 720 730 740 750 760 770 KIAA05 DERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPK--KPFVKLKDCIELFTTKEKL . . . . :. .: : . :. : : : : :.::. : ....: KIAA10 VKAGSCGEAYAPQGWIAFFME-----YVKRFVVSCVPSWFWGPVVTLQDCLAAFFARDEL 570 580 590 600 610 620 780 790 800 810 820 830 KIAA05 GAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDM ... . : .::. ....: . ..: .: .::::: . .. :..: :.::.. ::. KIAA10 KGDNMYSCEKCKKLRNGVKFCKVQNFPEILCIHLKRFRHELMFSTKISTHVSFPLEGLDL 630 640 650 660 670 680 840 850 860 870 880 890 KIAA05 SEFLINPN-AGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQI . :: . . : :.:..: :.: ..::: :. .:. .. :: :::.::. .::. . KIAA10 QPFLAKDSPAQIVTYDLLSVICHHGTASSGHYIAYCRNNLNNLWYEFDDQSVTEVSESTV 690 700 710 720 730 740 900 910 920 930 940 950 KIAA05 VSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHT . ::::::.. KIAA10 QNAEAYVLFYRKSSEEAQKERRRISNLLNIMEPSLLQFYISRQWLNKFKTFAEPGPISNN 750 760 770 780 790 800 >>KIAA1003 ( 917 res) hk09911 (917 aa) initn: 579 init1: 192 opt: 351 Z-score: 343.4 bits: 74.9 E(): 5.2e-14 Smith-Waterman score: 424; 23.494% identity (48.042% similar) in 664 aa overlap (248-903:136-687) 220 230 240 250 260 270 KIAA05 GTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQP-GLCGLSNLGNTCFMNSAIQ :: .. .: :: :..::::.:.::.:.: KIAA10 GSSSKFSEQDSPPPSHPLKAVPIAVADEGESESEDDDLKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQ 110 120 130 140 150 160 280 290 300 310 320 330 KIAA05 CLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKF-SYVTPRAFKT ::: ::::..:: : . . . ::: .:....: : :::.: ... KIAA10 ALSNCPPLTQFFL------ECGGLVRTDKKPALCKSYQKLVSEVWHKKRPSYVVPTSLSH 170 180 190 200 210 340 350 360 370 380 390 KIAA05 QVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWE . :.: :: ::: ::.: :.: :::.: :.: . :. .. . KIAA10 GIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLMDQLHEEL----KEPVVATVALTEARDSDSSDTDEK 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 450 KIAA05 NHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMD . :. : : : . .:. .. . : .: . :.. : KIAA10 REGDRSPS--EDEFLSCDSSSDRGEGDGQGRGGGSSQAETELLIPDEAGRVISEKERMKD 280 290 300 310 320 330 460 470 480 490 500 510 KIAA05 PLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIM . : .. .. . :. ::..::. ::. . . : :: KIAA10 RKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDQ-PAEAQPPSP-------R--------SS-- 340 350 360 370 520 530 540 550 560 570 KIAA05 ERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNTED . :: . .. . :: . : : .:: :. : . : . KIAA10 ----------SPCRTPEPDN---DAHLRSSSRPCSPVHHH----EGHAKLSSSPPRASPV 380 390 400 410 580 590 600 610 620 630 KIAA05 KLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDD- .. .:. . .. ... .. : . .. ..:. . .. . :. . KIAA10 RMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRK-EQRYRSVISDIFDGSILSLVQ------CLTCDRVSTT 420 430 440 450 460 470 640 650 660 670 680 690 KIAA05 -ESSQDQELP--SENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTED-TCKGQLTGHKKRLFTFQFNNL :. :: :: .... .. .... . .. : : .. . .: :. : KIAA10 VETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLA------FI------ 480 490 500 510 700 710 720 730 740 750 KIAA05 GNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYK ..::. :: . : : : KIAA10 ----VEYIR------RF---VVSCTPSWF----WGP------------------------ 520 530 760 770 780 790 800 810 KIAA05 PPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFS : :.::. : . ..: ... . : ::. ....: . :: .: .::::: KIAA10 -----VVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFR 540 550 560 570 580 590 820 830 840 850 860 KIAA05 YSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGP-CRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKN . .. :... :.::.. ::. :: . .. :.:..: :.: :.::: :. .: KIAA10 HEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQN 600 610 620 630 640 650 870 880 890 900 910 920 KIAA05 KDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIP .:.:: :::. :. . : . . .:::::.. KIAA10 VINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRF 660 670 680 690 700 710 930 940 950 KIAA05 LESDEDSNDNDNDIENENCMHTN KIAA10 YVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGG 720 730 740 750 760 770 >>KIAA1203 ( 727 res) fg03361 (727 aa) initn: 413 init1: 240 opt: 254 Z-score: 250.0 bits: 57.2 E(): 8.3e-09 Smith-Waterman score: 362; 43.571% identity (65.000% similar) in 140 aa overlap (787-904:1-140) 760 770 780 790 800 810 KIAA05 VKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMR ::.. :.::.:: ::..::::: : KIAA12 QQGSITLSLWTLPDVLIIHLKRFRQEGDRR 10 20 30 820 830 840 850 KIAA05 DKLDTLVDFPINDLDMSEFLIN--------PNA-GPCR-------------YNLIAVSNH ::...: ::.. :::. ... :. .: : :.: :: :: KIAA12 MKLQNMVKFPLTGLDMTPHVVKRSQSSWSLPSHWSPWRRPYGLGRDPEDYIYDLYAVCNH 40 50 60 70 80 90 860 870 880 890 900 910 KIAA05 YGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFP .: : ::::::. ::. :: :: ::::.:. :::.. ...::.:::::. KIAA12 HGTMQGGHYTAYCKNSVDGLWYCFDDSDVQQLSEDEVCTQTAYILFYQRRTAIPSWSANS 100 110 120 130 140 150 920 930 940 950 KIAA05 LDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN KIAA12 SVAGSTSSSLCEHWVSRLPGSKPASVTSAASSRRTSLASLSESVEMTGERSEDDGGFSTR 160 170 180 190 200 210 >>KIAA1594 ( 931 res) fj09468 (931 aa) initn: 246 init1: 105 opt: 233 Z-score: 228.1 bits: 53.6 E(): 1.4e-07 Smith-Waterman score: 327; 21.751% identity (50.342% similar) in 731 aa overlap (218-927:255-924) 190 200 210 220 230 240 KIAA05 FEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYTAYKNYDY : :. : .::. : .::.... KIAA15 RAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAKRSLGFLPQ-PVPLSVKKLR-CNQDYTGWNKPRV 230 240 250 260 270 280 250 260 270 280 290 300 KIAA05 SEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDN-PLGMR : ...: : :.:::::::.::. .: : . . : :: .. . . . ::. 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