# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01387.fasta.huge -Q ../query/KIAA0521.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0521, 1050 aa vs ./tmplib.23663 library 1986455 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4298+/-0.0103; mu= -24.5862+/- 0.693 mean_var=532.3282+/-128.983, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.055588 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0651 ( 1114 res) sj09778 (1114) 1449 131.6 5.7e-31 KIAA0380 ( 1539 res) hh00518 (1539) 515 56.8 2.6e-08 KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443) 496 55.3 7.1e-08 >>KIAA0651 ( 1114 res) sj09778 (1114 aa) initn: 1479 init1: 1076 opt: 1449 Z-score: 647.8 bits: 131.6 E(): 5.7e-31 Smith-Waterman score: 1581; 37.229% identity (67.108% similar) in 830 aa overlap (11-826:242-1015) 10 20 30 40 KIAA05 WRRAACGRSGRASLKEHPRGTLLSDGSPALSRNVGMTVSQ .....:.: ... :. : .. :. 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KIAA06 RLGDLLISQFSGPSAEQMCKTYSEFCSRHSKALKLYKELYARDKRFQQFIRKVTRPAVLK 450 460 470 480 490 500 280 290 300 310 320 330 KIAA05 RLGVQECILLVTQRITKYPVLVERIIQNTEAGTEDYEDLTQALNLIKDIISQVDAKVSEC : :::::::::::::::::.:. ::.:.... :. .::: ::.:.:...:.:: . . KIAA06 RHGVQECILLVTQRITKYPLLISRILQHSHGIEEERQDLTTALGLVKELLSNVDEGIYQL 510 520 530 540 550 560 340 350 360 370 380 390 KIAA05 EKGQRLREIAGKMDLKSSSKLKNGLTFRKEDMLQRQLHLEGMLCWKTTSGRLKDILAILL ::: ::.:: ..:: .... . . : .:..:.:.: .: : :::..::.::.:..:. KIAA06 EKGARLQEIYNRMDPRAQTPVPGKGPFGREELLRRKLIHDGCLLWKTATGRFKDVLVLLM 570 580 590 600 610 620 400 410 420 430 440 450 KIAA05 TDVLLLLQEKDQKYVFASVDSKPPVISLQKLIVREVANEEKAMFLISASLQGPEMYEIYT ::::..::::::::.: ..: :: :.:::.::::..::.::.::::::. :::::..: KIAA06 TDVLVFLQEKDQKYIFPTLD-KPSVVSLQNLIVRDIANQEKGMFLISAA--PPEMYEVHT 630 640 650 660 670 680 460 470 480 490 500 510 KIAA05 SSKEDRNAWMAHIQRAVESCPDEEEGPFSLPEEERKVVEARATRLRDFQERLSMKDQLIA .:..::..:. ::..:..::..:. :. :.: . :: .. .:..::. .. 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KIAA03 EKLCRARDQCREILKYVNEAVKQTENRHRLEGYQKRLDATALERASNPLAAEFKSLDLTT 930 940 950 960 970 980 380 390 400 410 420 KIAA05 RQLHLEGMLCWKTTSGRLKDILAILLTDVLLLLQEKDQKYVF--------ASVDSKP--- :.. :: : :. .. . :. ..:: :.:.:::..:.: .. .: ::: KIAA03 RKMIHEGPLTWRISKDKTLDLHVLLLEDLLVLLQKQDEKLLLKCHSKTAVGSSDSKQTFS 990 1000 1010 1020 1030 1040 430 440 450 460 470 KIAA05 PVISLQKLIVREVANEEKAMFLISASLQGP-EMYEIYTSSKEDRNAWMAHIQRAVESC-- ::..:. ...: ::....:.:.: .: :: ..::. . .. :.:.:: ...::.. KIAA03 PVLKLNAVLIRSVATDKRAFFIICTSKLGPPQIYELVALTSSDKNTWMELLEEAVRNATR 1050 1060 1070 1080 1090 1100 480 490 500 510 520 KIAA05 -PDEEEGPFSLPEE-ERKVVEARATRLR------DFQERLSMKDQLIA-----QSLLEKQ : : : :. .. : : : . ..: . : . :. KIAA03 HPGAAPMPVHPPPPGPREPAQQGPTPSRVELDDSDVFHGEPEPEELPGGTGSQQRVQGKH 1110 1120 1130 1140 1150 1160 530 540 550 560 KIAA05 QIYLEMAEM-GGLED-----LPQP--------RGLFRGGDPSE-TLQGELILK----SAM :. :: :. :. :. :: : ::. : .: . .. : :... ::. 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KIAA03 EDVENLRHLILWSL--LPGHTMETQAAQEPED--------DLTPTPS--------VISVT 1220 1230 1240 1250 1260 630 640 650 660 670 680 KIAA05 PRPRDWRGPPNSPDLKLSD-SDIPGSSEESPQVVEAPGTESDPRLPTVLESELVQRIQTL .: : .: ..: .: ... : : :. : : : .:: KIAA03 SHPWDPGSPGQAPPGGEGDNTQLAGLEGERPEQ-EDMGLCSLEHLPPRTRNSGIWESPEL 1270 1280 1290 1300 1310 1320 690 700 710 720 730 740 KIAA05 SQLLLNLQAVIAHQDSYVETQRAAIQEREKQFRLQSTRGNLLLEQERQRNFEKQREERAA KIAA03 DRNLAEDASSTEAAGGYKVVRKAEVAGSKVVPALPESGQSEPGPPEVEGGTKATGNCFYV 1330 1340 1350 1360 1370 1380 >>KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443 aa) initn: 520 init1: 195 opt: 496 Z-score: 233.3 bits: 55.3 E(): 7.1e-08 Smith-Waterman score: 640; 27.559% identity (58.858% similar) in 508 aa overlap (35-511:571-1070) 10 20 30 40 50 60 KIAA05 ACGRSGRASLKEHPRGTLLSDGSPALSRNVGMTVSQKGGPQPTPSPAGPGTQLGP---IT : . ::.:: . . : .: . 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KIAA03 AQTVSEKTVWQDLICRMAASVKEQSTKPIPLPQSTPGEGDNDEEDPSKLKEEQHGISVTG 1020 1030 1040 1050 1060 1070 520 530 540 550 560 570 KIAA05 QLIAQSLLEKQQIYLEMAEMGGLEDLPQPRGLFRGGDPSETLQGELILKSAMSEIEGIQS KIAA03 LQSPDRDLGLESTLISSKPQSHSLSTSGKSEVRDLFVAERQFAKEQHTDGTLKEVGEDYQ 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1050 residues in 1 query sequences 1986455 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:05:27 2008 done: Thu Dec 18 15:05:28 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]