# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00752.fasta.huge -Q ../query/KIAA0517.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0517, 792 aa vs ./tmplib.23663 library 1986713 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9693+/-0.00552; mu= 16.5713+/- 0.375 mean_var=141.9321+/-32.787, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 3 in 1/39 Lambda= 0.107655 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1113 ( 1131 res) hj06379(revised) (1131) 249 51.3 6.7e-07 KIAA0298 ( 901 res) hf00341(revised) ( 901) 233 48.6 3.3e-06 KIAA0898 ( 979 res) hk09541 ( 979) 196 42.9 0.00019 KIAA0378 ( 970 res) hh00502s1 ( 970) 170 38.9 0.003 KIAA1098 ( 504 res) hk07318 ( 504) 156 36.3 0.0097 >>KIAA1113 ( 1131 res) hj06379(revised) (1131 aa) initn: 391 init1: 223 opt: 249 Z-score: 215.8 bits: 51.3 E(): 6.7e-07 Smith-Waterman score: 311; 23.980% identity (50.255% similar) in 392 aa overlap (35-367:110-481) 10 20 30 40 50 60 KIAA05 GCGELSPQIGGGWLWSSMHRSGRYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQI : . .:::: :.: . . 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