# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hm00132.fasta.huge -Q ../query/KIAA0481.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0481, 732 aa vs ./tmplib.23147 library 1986773 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8858+/-0.00813; mu= -8.1968+/- 0.550 mean_var=253.2777+/-60.972, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.080589 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1145 ( 467 res) hk10430 ( 467) 1571 195.8 8.2e-51 KIAA0779 ( 320 res) hk05356 ( 320) 1260 159.5 4.7e-40 >>KIAA1145 ( 467 res) hk10430 (467 aa) initn: 1522 init1: 516 opt: 1571 Z-score: 1004.1 bits: 195.8 E(): 8.2e-51 Smith-Waterman score: 1578; 55.699% identity (81.720% similar) in 465 aa overlap (273-731:17-466) 250 260 270 280 290 300 KIAA04 SSSTTDTALLLADGSNVYLLAEEAEGIGDKVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPD :.. :. .:::: . .: .: ...:::: KIAA11 ASCRSCSAPGFAVWPLVERHDMNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPD 10 20 30 40 310 320 330 340 350 360 KIAA04 GAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFE : : ...: . : :.:::::.:::::::: .:: ::::::::.:::::::..::::::: KIAA11 GILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFE 50 60 70 80 90 100 370 380 390 400 410 KIAA04 KKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRA :::::::..::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. KIAA11 KKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK- 110 120 130 140 150 160 420 430 440 450 460 470 KIAA04 GISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGP : . .:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. KIAA11 --SRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFR 170 180 190 200 210 220 480 490 500 510 520 530 KIAA04 PEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAP :: .::: .::::.:..:::::::::::....:: ...:.. : ::: . . KIAA11 PEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQ 230 240 250 260 270 540 550 560 570 580 590 KIAA04 GNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLT :.: ..::::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.::: KIAA11 GKLAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLT 280 290 300 310 320 330 600 610 620 630 640 650 KIAA04 ELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEG .:::.: .::::::::.:::::::.:::.::::::.::: ::..::::.::.::..: . KIAA11 DLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDT 340 350 360 370 380 390 660 670 680 690 700 710 KIAA04 VENANARALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWK : ::..:::. ::::::.:.:.:: :::::.:..:.::.: .: .: . : .: .. : KIAA11 V---NAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCK 400 410 420 430 440 450 720 730 KIAA04 HWDSLTYLLEHVLLPS .:: . .:....: KIAA11 NWDHILCAIERMIIPR 460 >>KIAA0779 ( 320 res) hk05356 (320 aa) initn: 1162 init1: 862 opt: 1260 Z-score: 811.0 bits: 159.5 E(): 4.7e-40 Smith-Waterman score: 1260; 64.013% identity (86.624% similar) in 314 aa overlap (416-726:1-313) 390 400 410 420 430 440 KIAA04 EIEQNGPSRQPKDVLRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTA-- : ..::. :::..:::..:..:::::.: KIAA07 AKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAG 10 20 30 450 460 470 480 490 500 KIAA04 -VVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDEC :::::::.:::::::::::::: .::: ::.: ..:..::. ... :::::::...: KIAA07 AVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDC 40 50 60 70 80 90 510 520 530 540 550 560 KIAA04 SSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMED :::...:.::.:..:. :: .: :.:.: ...::::.:..::.: :..::.:.: KIAA07 SSATSGSVGANSTTGGIAVGA-SSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFET 100 110 120 130 140 570 580 590 600 610 620 KIAA04 LKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSY :: . ::::. . : ::::::: :::::::::::::::::. ::::::::::::.::::: KIAA07 LKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSY 150 160 170 180 190 200 630 640 650 660 670 680 KIAA04 ERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARALLGKFINVILALMAVLLV :::::::::.:.: ::..:.::::::::::::::.:::.:: ::::.::..::.:::::: KIAA07 ERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLV 210 220 230 240 250 260 690 700 710 720 730 KIAA04 FVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS ::::.:: ..:::::: : :: .::. . .::::::.: .: KIAA07 FVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR 270 280 290 300 310 320 732 residues in 1 query sequences 1986773 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:32 2008 done: Thu Dec 18 15:23:33 2008 Total Scan time: 0.570 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]