# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah04654.fasta.huge -Q ../query/KIAA0476.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0476, 1626 aa vs ./tmplib.23147 library 1985879 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9779+/-0.00936; mu= -4.1938+/- 0.634 mean_var=346.9265+/-84.974, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.068858 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1766 ( 1123 res) fj16085(revised) (1123) 433 58.1 1.2e-08 KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359) 318 46.8 3.8e-05 KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039) 289 43.8 0.00023 KIAA0358 ( 1584 res) hh00017 (1584) 241 39.2 0.0084 >>KIAA1766 ( 1123 res) fj16085(revised) (1123 aa) initn: 409 init1: 324 opt: 433 Z-score: 247.1 bits: 58.1 E(): 1.2e-08 Smith-Waterman score: 546; 28.361% identity (56.722% similar) in 543 aa overlap (348-874:1-495) 320 330 340 350 360 370 KIAA04 PGMWGPAVYLCYKVGLAKANTLVYEAELLGRYPEEDNEAFPLPESVPVFCLPMGATIECW :.:..: . :.:... .:: : : : KIAA17 RFPQKDWDDTPFPQGIELFCQPGG-----W 10 20 380 390 400 410 420 430 KIAA04 PAQTKYPVPVFSTFVLTGAAGDKVYGAALQFYEAF-----PRARLSERQARALGLLSAVE . . :.: . ::: .:. : . : :::: . . : .:.. ::.. .: KIAA17 QLSRERKQPTFFVVVLTDIDSDRHYCSCLTFYEAEINLQGTKKEEIEGEAKVSGLIQPAE 30 40 50 60 70 80 440 450 460 470 480 490 KIAA04 RGRALGGRAVRSRRAIAVLSRWPAFPAFRAFLTFLYRYSVSGPHRLPLEAHISHFIHNVP : . ......:: ::: : ..: :.. . . ::. :... . 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