# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj12051.fasta.huge -Q ../query/KIAA0474.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0474, 782 aa vs ./tmplib.23147 library 1986723 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8930+/-0.00605; mu= 13.9410+/- 0.412 mean_var=157.5686+/-37.136, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.102174 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1039 ( 444 res) fh02337 ( 444) 1217 191.3 1.9e-49 KIAA0440 ( 1817 res) ah05029 (1817) 683 113.4 2.1e-25 KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514) 676 112.2 3.9e-25 KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368) 672 111.6 5.6e-25 KIAA1272 ( 1023 res) hk07611 (1023) 286 54.5 6.3e-08 >>KIAA1039 ( 444 res) fh02337 (444 aa) initn: 1233 init1: 1083 opt: 1217 Z-score: 979.8 bits: 191.3 E(): 1.9e-49 Smith-Waterman score: 1373; 54.916% identity (75.779% similar) in 417 aa overlap (321-737:1-392) 300 310 320 330 340 350 KIAA04 SNNFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQ : :::..::. . ::::::::::::::::: KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ 10 20 30 360 370 380 390 400 410 KIAA04 TGTESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENTPFVPDMI ::.:::: .::..:::::::::::.:.::::::::::::::::::..::.:::::::::: KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENTPFVPDMI 40 50 60 70 80 90 420 430 440 450 460 470 KIAA04 ASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKL ::::::::.:::.: : . : ::::::::.::: ::::::.: ::.:::::.::::::: KIAA10 ASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTKL 100 110 120 130 140 150 480 490 500 510 520 530 KIAA04 INAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFFE ::: :: :..::::::.:::::::..:..::: :.:.:.::: .:::.::: : :::.: KIAA10 TNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENG-GHGGFLE 160 170 180 190 200 540 550 560 570 580 590 KIAA04 SFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLLIPGKSASRFG ::::.:: ::.::..: ..:: ::::.. :.. : : : . . 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KIAA04 EKNVTNTPIDPSGKFPFISLASKKKEKSKPYPGAELSSMGAIVWAVRAEDYNKAMELDCL 840 850 860 870 880 890 >>KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514 aa) initn: 797 init1: 422 opt: 676 Z-score: 543.0 bits: 112.2 E(): 3.9e-25 Smith-Waterman score: 754; 36.842% identity (67.036% similar) in 361 aa overlap (164-502:249-608) 140 150 160 170 180 190 KIAA04 VHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIEGTNHEITSIP-ETEPLQSPTTK--VKLECNPTARI . .: :..:.. .: . . . : KIAA13 SRANSSSFSSGESCSFESSLSSHCTNAGVSVLEVPRENQPIHREKVKRYIIEHIDLGAYY 220 230 240 250 260 270 200 210 220 230 KIAA04 YRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVI-------GDQEHLRLLLRTKCRT----- ::: : :::: ::...: :: .. :.. . . :.: . :. .::. : KIAA13 YRKFFYGKEHQNYFGIDENLGPVAVSIRREKVEDAKEKEGSQFNYRVAFRTSELTTLRGA 280 290 300 310 320 330 240 250 260 270 280 290 KIAA04 -YHDVIPISC----LTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFYPVLY-PKASRLIVTFDEHVISN .:.:: . .: . .. . : ..... . . ::.:. .. .::. .: KIAA13 ILEDAIPSTARHGTARGLP-LKEVLEYVIPELSIQCLRQASNSPKVSEQLLKLDEQGLSF 340 350 360 370 380 390 300 310 320 330 340 350 KIAA04 NFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTG . :.:..: : ::..:::..... .::: :::..:::.:.:. :. .:. :: .:: KIAA13 QHKIGILYCKAGQSTEEEMYNNETAGPAFEEFLDLLGQRVRLKGFSKYRAQLDNKTDSTG 400 410 420 430 440 450 360 370 380 390 400 410 KIAA04 TESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENT-PFVPDMIA :.:.: .... :.:::::: ::: .. ::: ::::::::::..:::. .. ::.: : KIAA13 THSLYTTYKDYELMFHVSTLLPYMPNNRQQLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGALPFTPKSIR 460 470 480 490 500 510 420 430 440 450 460 470 KIAA04 SNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKLI :.: :..:.:.... .. :.:.:. ::: ::::.: ..: :. :..:::.:.: KIAA13 SHFQHVFVIVKVHNPCTENVCYSVGVSRSKDVPPFGPPIPKGVTFPKSAVFRDFLLAKVI 520 530 540 550 560 570 480 490 500 510 520 530 KIAA04 NAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFFES ::: : .:.::: . ::: :. : :.. KIAA13 NAENAAHKSEKFRAMATRTRQEYLKDLAENFVTTATVDTSVKFSFITLGAKKKEKVKPRK 580 590 600 610 620 630 540 550 560 570 580 590 KIAA04 FKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLLIPGKSASRFGR KIAA13 DAHLFSIGAIMWHVIARDFGQSADIECLLGISNEFIMLIEKDSKNVVFNCSCRDVIGWTS 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368 aa) initn: 771 init1: 413 opt: 672 Z-score: 540.3 bits: 111.6 E(): 5.6e-25 Smith-Waterman score: 757; 37.360% identity (65.730% similar) in 356 aa overlap (164-500:62-417) 140 150 160 170 180 190 KIAA04 VHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIEGTNHEITSIP-ETEPLQSPTTKVKLE-CNPTARIY . .: : . :: . ..: . :: : KIAA05 SRASVGSPSSGEGHLAEPALSAYRTNASISVLEVPKEQQRTQSRPRQYSIEHVDLGARYY 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 KIAA04 RKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGD-QEH-----LRLLLRTKC------RTY . .:.:::: ::...: :: .. :.: . . : .:: :...::. KIAA05 QDYFVGKEHANYFGVDEKLGPVAVSIKREKLEDHKEHGPQYQYRIIFRTRELITLRGSIL 100 110 120 130 140 150 240 250 260 270 280 290 KIAA04 HDVIPISCLTEFPNVVQMA---KLVCEDVNVDRFYPVLY-PKASRLIVTFDEHVISNNFK .:. : . . . . : ..:. . .: ::... .. .::. . . : KIAA05 EDATPTATKHGTGRGLPLKDALEYVIPELNIHCLRLALNTPKVTEQLLKLDEQGLCRKHK 160 170 180 190 200 210 300 310 320 330 340 350 KIAA04 FGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTGTES :..: : ::.::::.....: .::: ::: ..:.:: :. : . . ::: .:::.: KIAA05 VGILYCKAGQSSEEEMYNNEEAGPAFEEFLSLIGEKVCLKGFTKYAAQLDVKTDSTGTHS 220 230 240 250 260 270 360 370 380 390 400 410 KIAA04 VYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENT-PFVPDMIASNF .: ... :::::::: :::: .. ::: ::::::::::...::. .. ::.: : :.: KIAA05 LYTMYQDYEIMFHVSTLLPYTPNNRQQLLRKRHIGNDIVTIIFQEPGALPFTPKNIRSHF 280 290 300 310 320 330 420 430 440 450 460 470 KIAA04 LHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKLINAE :....:.... :. :...:: :.: ::::.:. ..:::. :..:::.:.:::: KIAA05 QHVFIIVRVHNPCTDNVCYSMAVTRSKDAPPFGPPIPSGTTFRKSDVFRDFLLAKVINAE 340 350 360 370 380 390 480 490 500 510 520 530 KIAA04 YACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFFESFKR : .:..:: . ::: :. : : KIAA05 NAAHKSDKFHTMATRTRQEYLKDLAENCVSNTPIDSTGKFNLISLTSKKKEKTKARAGAE 400 410 420 430 440 450 >>KIAA1272 ( 1023 res) hk07611 (1023 aa) initn: 235 init1: 84 opt: 286 Z-score: 234.2 bits: 54.5 E(): 6.3e-08 Smith-Waterman score: 286; 28.500% identity (60.500% similar) in 200 aa overlap (277-476:818-1009) 250 260 270 280 290 300 KIAA04 CLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFYPVLYPKASRLIVTFDEHVISNNFKFGVIYQKLGQT : : . ..: . .. :..:.: :: KIAA12 PFYFCRLLLDDLGMNSWDRRKNFHLLKKNSKLLRELKNLDSRQCRETHKIAVFYIAEGQE 790 800 810 820 830 840 310 320 330 340 350 360 KIAA04 SEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTGTESVYCNFRNKEIM .. ..:... : :. .:. :: .: :. :: :::. .:.:: . : . :.. KIAA12 DKCSILSNERGSQAYEDFVAGLGWEVDLSTHCGFMGGLQ-RNGSTGQTAPYYATSTVEVI 850 860 870 880 890 900 370 380 390 400 410 420 KIAA04 FHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENTPFVPDMIASNFLHAYVVVQAEGG :::::..: ...: . .. ::.::: : .:..... . .: . : . ... KIAA12 FHVSTRMP-SDSDDSLTKKLRHLGNDEVHIVWSEHSRDYRRGIIPTAFGDVSIIIYPM-- 910 920 930 940 950 960 430 440 450 460 470 480 KIAA04 GPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKLINAEYACYKAEKFAKL . .. ...: . .:::::: : : :. .: . .. . ::: : KIAA12 --KNHMFFIAITKKPEVPFFGP-LFDGAIV-SGKLLPSLVCATCINASRAVKCLIPLYQS 970 980 990 1000 1010 490 500 510 520 530 540 KIAA04 EERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFFESFKRVIRSRSQSMDAM KIAA12 PRVR 1020 782 residues in 1 query sequences 1986723 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:15 2008 done: Thu Dec 18 15:23:16 2008 Total Scan time: 0.570 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]