# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff02431.fasta.nr -Q ../query/KIAA0453.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0453, 3209 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826786 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6531+/-0.000185; mu= 15.2230+/- 0.010 mean_var=81.2276+/-15.828, 0's: 36 Z-trim: 36 B-trim: 7 in 1/66 Lambda= 0.142306 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 46, opt: 34, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|74756617|sp|Q5THJ4.1|VP13D_HUMAN RecName: Full= (4387) 21137 4351.2 0 gi|54607139|ref|NP_056193.2| vacuolar protein sort (4388) 21125 4348.8 0 gi|42406433|emb|CAE75586.1| VPS13D-1A protein [Hom (4388) 21120 4347.7 0 gi|114554038|ref|XP_514406.2| PREDICTED: vacuolar (4388) 21034 4330.1 0 gi|149695384|ref|XP_001490982.1| PREDICTED: vacuol (4388) 20150 4148.6 0 gi|122889948|emb|CAM14727.1| vacuolar protein sort (4384) 19952 4107.9 0 gi|126329078|ref|XP_001362445.1| PREDICTED: simila (4388) 19252 3964.2 0 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: gi|149 PFALRNHTGCTLWFATLTTTPTRAALSHSGSPGVVPEGNGTFLDDAHNVSEWREVLTGEE 2890 2900 2910 2920 2930 2940 1770 1780 1790 1800 1810 1820 KIAA04 IPFEFEARGKLRHRHTHDLRIHQLQVRVNGWEQVSPVSVDKVGTFFRYAAPDKNSSSSTI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::: gi|149 IPFEFEARGKLRHRHTHDLRIHQLQVRVNGWEQVSPVSVDKVGTFFRYAAPDKNSSFSTI 2950 2960 2970 2980 2990 3000 1830 1840 1850 1860 1870 1880 KIAA04 GSPSSRTNIIHPQVYFSSLPPVRVVFAVTMEGSARKVITVRSALIVRNRLETPMELRLDS ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: gi|149 GSPSSRTNIIHPQVYFSSLPPVRVVFAVTMEGSARKVITVRSALIVKNRLETPMELRLDS 3010 3020 3030 3040 3050 3060 1890 1900 1910 1920 1930 1940 KIAA04 PSAPDKPVVLPAIMPGDSFAVPLHLTSWRLQARPKGLGVFFCKAPIHWTNVVKTAEISSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.::: gi|149 PSAPDKPVVLPAIMPGDSFAVPLHLTSWRLQARPKGLGVFFCKAPIHWTNVLKTTEVSSS 3070 3080 3090 3100 3110 3120 1950 1960 1970 1980 1990 2000 KIAA04 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