# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pj00552.fasta.huge -Q ../query/KIAA0443.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0443, 1404 aa vs ./tmplib.23147 library 1986101 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7561+/-0.00591; mu= 19.8459+/- 0.404 mean_var=118.9564+/-27.780, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.117593 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1701 ( 570 res) fj15383 ( 570) 799 147.5 6.4e-36 KIAA0512 ( 710 res) hf00239 ( 710) 362 73.5 1.5e-13 >>KIAA1701 ( 570 res) fj15383 (570 aa) initn: 717 init1: 270 opt: 799 Z-score: 736.7 bits: 147.5 E(): 6.4e-36 Smith-Waterman score: 850; 29.508% identity (60.328% similar) in 610 aa overlap (793-1388:14-570) 770 780 790 800 810 820 KIAA04 WKEDEAISEATDREESRPEAEEGDIIGSWFWAGEEDRLEPAAETREEDRLAA--EKEGIV :.: . : :... : : ::.. . KIAA17 DFDLGHIENQGQDWTGPYNWASTMAGTKNKTRAQAKTEKKAAI 10 20 30 40 830 840 850 860 870 KIAA04 GSWFGA-REET--IRREAGSCSKSSPKAEEEEVIIGSWFWEEEASPEAVAGVGFESKPGT . :: :: : .: : . .:.. :. . .. . .: . :.. :.: :. KIAA17 QAKAGAEREATGVVRPVAKTRAKAKAKTGSKTDAVAEM---KAVSKNKVVA---ETKEGA 50 60 70 80 90 880 890 900 910 920 930 KIAA04 EEEEITVGSWFWPEEEASIQAGSQAVEEMESETEEETIFGSWFWDGKEVSEEAGPCCVSK : :.:. . . . .::. : : ..:. .::: : KIAA17 LSEPKTLGKAMG---DFTPKAGN---ESTSSTCKNEAGTDAWFWAG-------------- 100 110 120 130 940 950 960 970 980 990 KIAA04 PEDDEEMIVESWFWSRDKAIKETGTVATCESKPENEEGAIVGSWFEAEDEVDNRTDNGSN :: ..::::. ..: .. .: ..::: .:. ::. . :.. KIAA17 ----EEATINSWFWNGEEA---GNSFSTKNDKPE------IGAQVCAEEL---EPAAGAD 140 150 160 170 180 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA04 CGSRTLADEDEA--IVGSWFWAGDEAHFESNPSPVFRAICRSTCSVEQEPDPSRRPQSWE : :. :.:.: ..:.::: ::.. :. ::.:: : . . : . . ::..: KIAA17 CKPRSGAEEEEEENVIGNWFWEGDDTSFDPNPKPVSRIVKPQPV---YEINEKNRPKDWS 190 200 210 220 230 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA04 EVTVQFKPGPWGRVGFPSISPFRF--PKEAASLFCEMFGGKPRNMVLSPEG---EDQESL :::. : . . :.. :: :.::. .... .: : . . ... KIAA17 EVTIW----PNAPAVTPAVLGFRSQAPSEASPPSYIVLASAEENACSLPVATACRPSRNT 240 250 260 270 280 290 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA04 LQPDQPSPEFPFQYDPSYRSVQEIREHLRAKESTEPESSSCNCIQCELKIGSEEFEELLL . .:: :: :. :: ....:::...: .: . . .: : . : . :::::.:. KIAA17 RSCSQPIPECRFDSDPCIQTIDEIRRQIRIREVNGIKPFACPC-KMECYMDSEEFEKLVS 300 310 320 330 340 350 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA04 LMEKIRDPFIHEISKIAMGMRSASQFTRDFIRDSGVVSLIETLLNYPSSRVRTSFLENMI :... ::.::.:..::::.... :...:: . :::.:::.::..:: ..: ...: KIAA17 LLKSTTDPLIHKIARIAMGVHNVHPFAQEFINEVGVVTLIESLLSFPSPEMRK---KTVI 360 370 380 390 400 410 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA04 RMAPPYPN--LNIIQTYICKVCEETLAYSVDSPEQLSGIRMIRHLTTTTDYHTLVANYMS . :: . :. .. ..:.::... ..:: : ::.... .::: .: .::::.: KIAA17 TLNPPSGDERQRKIELHVKHMCKETMSFPLNSPGQQSGLKILGQLTTDFVHHYIVANYFS 420 430 440 450 460 470 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA04 GFLSLLATGNAKTRFHVLKMLLNLSENLFMTKELLSAEAVSEFIGLFNREETNDNIQIVL .. ::..:: ::: :::.:::.::: ...... .:.. . .::..:.. :. . KIAA17 ELFHLLSSGNCKTRNLVLKLLLNMSENPTAARDMINMKALAALKLIFNQKEAKANLVSGV 480 490 500 510 520 530 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA04 AIFENIGNNIKKETVFSDDDFNIEPLISAFHKVEKFAKELQGKTDNQNDPEGDQEN ::: :: ..:.: .. : .. . :.. :..:... . . KIAA17 AIFINIKEHIRKGSIVVVDHLSYNTLMAIFREVKEIIETM 540 550 560 570 >>KIAA0512 ( 710 res) hf00239 (710 aa) initn: 362 init1: 321 opt: 362 Z-score: 335.1 bits: 73.5 E(): 1.5e-13 Smith-Waterman score: 362; 28.436% identity (69.194% similar) in 211 aa overlap (1160-1370:461-670) 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA04 SVQEIREHLRAKESTEPESSSCNCIQCELKIGSEEFEELLLLMEKIRDPFIHEISKIAMG .: ......: :..: ::::.... .... KIAA05 DSEPETQRRGRGRRPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLS 440 450 460 470 480 490 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA04 MRSASQFTRDFIRDSGVVSLIETLLNYPSSRVRTSFLENMIRMAPPYPNLNIIQTYICKV . . ... :: : . .: ...: . ... . : : .. : : . .:.:. :: KIAA05 NNANYSCNQETIRKLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKV 500 510 520 530 540 550 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA04 CEETLAYSVDSPEQLSGIRMIRHLTTTTDYHTLVANYMSGFLSLLATGNAKTRFHVLKML .. .: ...: :. :.... ..: :.::. :..: ...:. ::. :..: . ..::.: KIAA05 MDDIMASNLNSAVQVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKIL 560 570 580 590 600 610 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA04 LNLSENLFMTKELLSAEAVSEFIGLFNREETNDNIQIVLAIFENIGNNIKKETVFSDDDF :..:: : :.:::... . : .:.: .. . .:..:: : .:.. : ::. .: KIAA05 SNFAENPDMLKKLLSTQVPASFSSLYNSYVESEILINALTLFEIIYDNLRAE-VFNYREF 620 630 640 650 660 1370 1380 1390 1400 KIAA04 NIEPLISAFHKVEKFAKELQGKTDNQNDPEGDQEN : KIAA05 NKGSLFYLCTTSGVCVKKIRALANHHDLLVKVKVIKLVNKF 670 680 690 700 710 1404 residues in 1 query sequences 1986101 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:48 2008 done: Thu Dec 18 15:21:49 2008 Total Scan time: 0.820 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]