# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02165.fasta.huge -Q ../query/KIAA0434.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0434, 1571 aa vs ./tmplib.23147 library 1985934 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.6990+/-0.0132; mu= -24.8179+/- 0.894 mean_var=769.4115+/-184.913, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.046238 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212) 719 64.3 1.7e-10 >>KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212 aa) initn: 1218 init1: 344 opt: 719 Z-score: 280.5 bits: 64.3 E(): 1.7e-10 Smith-Waterman score: 1370; 32.881% identity (60.039% similar) in 1031 aa overlap (542-1510:1-973) 520 530 540 550 560 570 KIAA04 RFSLYQHQGGLGSQVSALPPNSLVRKVKRTLPSPPPEEAHLPLAGQASPQLYAASLLQRG ::.::::: .: : ... .: KIAA05 LPNPPPEEIS---TGTQSTFSTMGTVSRRR 10 20 580 590 600 610 620 630 KIAA04 LTGPTTVPATKASLLRELDRDLRLVEHESTKLRKKQAELDEEEKEIDAKLKYLELGITQR . .:. ..:..:...::.: :::.::.::::::::::::::::::::.:::.::..: KIAA05 ICRTNTM--ARAKILQDIDRELDLVERESAKLRKKQAELDEEEKEIDAKLRYLEMGINRR 30 40 50 60 70 80 640 650 660 670 680 690 KIAA04 KESLAKDRGGRDYPPLRGLGEHRDYLSDSELNQLRLQGCTTPAGQFVDFPATAAAPATPS ::.: :.: :. :.:..: :::.::::... : . : .. : :: :. 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KIAA05 GIPLTSKTYEEVQSIISQQSGEAEICVRLDLNMLSDSENSQHLELHEPPKAVDKAKSPGV 840 850 860 870 880 890 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA04 RQIPSGAASRQPQTQQQQQGLGLQPPQQALTQARLQQQSQPTTRGSAPAASQPAGKPQPG :. :.. ... ::. : :. .... . .: ::. ::. . :.:: KIAA05 D--PKQLAAELQKVSLQQSPLVLS----SVVEKGSHVHSGPTSAGSSSV-------PSPG 900 910 920 930 940 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA04 PSTATGPQPAGPPRAEQTNGSKGTAKAPQQGRAPQAQPTPGPGPAGVKAGARPGGTPGAP ::..: ... .:: . : .: ..: : KIAA05 -------QPGSPSVSKKKHGS----SKPTDGTKVVSHPITGEIQLQINYDLGNLIIHILQ 950 960 970 980 990 1530 1540 1550 1560 1570 KIAA04 AGQPGADGESVFSKILPGGAAEQAGKLTEAVSAFGKKFSSFW KIAA05 ARNLVPRDNNGYSDPFVKVYLLPGRGQVMVVQNASAEYKRRTKHVQKSLNPEWNQTVIYK 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1571 residues in 1 query sequences 1985934 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:25 2008 done: Thu Dec 18 15:21:26 2008 Total Scan time: 0.870 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]